Архиепископ Макарий пользовался популярностью у служилых людей Новгорода, что и помогло ему сразу после переворота занять высший церковный пост. Взойдя на митрополию, Макарий пытался защищать опальных, не уставая учил милосердию, за что подвергся нападкам со всех сторон. «Слышу во вся дни, — писал ему Максим Грек, — волнуема бывает священная ти душа от неких недобре противящихся твоим священным поучением».
В мае 1542 года член опекунского совета Иван Шуйский приказал тайно умертвить старшего боярина Ивана Бельского в тюрьме на Белоозере, но вскоре умер сам. Место Ивана Шуйского занял Андрей Шуйский. Распри в думе вспыхнули с новой силой. 9 сентября следующего года члены Боярской думы в присутствии великого князя Ивана и митрополита Макария учинили безобразную потасовку: Андрей Шуйский, братья Кубенские, Палецкий, Головины набросились на боярина Федора Воронцова, «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Воронцову пришлось бы совсем плохо, если бы за него не заступились Макарий и бояре Морозовы. Владыка дважды ходил к Шуйским и едва «умоли от убийства». Зачинщики крамолы не прочь были поступить с Макарием так же, как с Иоасафом. Один из них, Фома Головин, наступил на край одежды и «манатью на митрополите подрал».
Глинские — родня Ивана IV — использовали раздоры в думе для захвата власти. В декабре 1543 года Иван IV велел псарям убить Андрея Шуйского, а через три года послал на эшафот дворецкого Ивана Кубенского и Федора Воронцова. Заодно с Кубенским великий князь едва не казнил конюшего Ивана Петровича Федорова. Осуждение Федорова наглядно показало всем, кто направлял княжеские опалы. После ссылки Федорова его титул присвоил себе Михаил Глинский. Наследником богатств Федорова был его пасынок князь Иван Дорогобужский. «Повелением князя Михаила Глинского и матери его княгини Анны» Дорогобужский был обезглавлен на льду Москвы-реки, а сын Ивана Овчины — фаворита Елены Глинской — посажен на кол в январе 1547 года. Макарий пытался остановить кровопролитие, но не мог помешать Ивану казнить Шуйских и их приверженцев.
Великий князь Иван встал у кормила власти, не будучи подготовлен к роли правителя огромной державы. Любой властитель начинал свое правление с амнистий и милостей. Иван явился перед подданными в роли немилостивого государя. Чтобы исправить положение, Глинские решили короновать своего племянника царской короной. Макарий с воодушевлением поддержал их замыслы. При этом он заботился не столько о централизации государства, сколько о величии церкви.
Древнее византийское царство с его боговенчанными императорами всегда было образцом для православных стран. Но оно пало под ударами неверных. Москва, в глазах русских ортодоксов, должна была стать наследницей Царьграда. Торжество самодержавия для Макария олицетворяло торжество православной веры.
В 1547 году шестнадцатилетний Иван IV принял титул царя, равнозначный по тогдашним понятиям императорскому титулу. В день венчания в Успенском соборе Кремля митрополит Макарий торжественно возложил на голову государя царский венец и благословил «богом возлюбленного и богом избранного», «богом венчанного» православного царя.
По случаю коронации Глинские приобрели все, чего желали. Бабке царя Анне были пожалованы обширные вотчины. Князь Михаил получил титул конюшего, его брат Юрий стал боярином. Приход к власти Глинских не остался незамеченным для москвичей. Боярские холопы вели себя в столице как в завоеванном городе. Народу — «черным людям» — от них было «насилство и грабеж». Жарким летом 1547 года в Москве произошли крупные пожары, уничтожившие большую часть города. Чтобы успокоить город, власти стали казнить «зажигальников». На свою беду Глинские восстановили против себя и низы и верхи общества. Старомосковская знать — Федоров-Челяднин, Захарьины и другие — негодовала на Глинских не меньше, чем отстраненные от власти Шуйские. Бояре охотно подхватили слухи, будто Москву спалили колдовством, а виною всему — Глинские.
Пожар нанес страшный ущерб городу. Тысячи людей лишились крова и всего имущества. Макарий едва не погиб в огне на своем дворе. Через тайник в кремлевской стене его спустили «на взруб» к Москве-реке, но он сорвался на крутизне и получил множество ушибов. Владыку отвезли в Новинский монастырь, куда к нему «на думу» вскоре же приехал Иван с боярами. В тот день Иван Федоров, князь Федор Скопин-Шуйский и протопоп Федор из Благовещенского собора впервые поведали царю, что в пожаре Москвы повинны волхвы, вынимавшие сердца из людей. Бояре имели в виду Анну Глинскую, но едва ли осмелились назвать ее имя внуку «волховы».
Через три дня после совета возбуждение в городе достигло предела. Царь выслал к народу Федора Скопина-Шуйского, Ивана Федорова, Григория Захарьина, князя Юрия Темкина, Федора Нагого. Бояре должны были произвести розыск о причинах непрекращавшихся пожаров и одновременно утихомирить народ. Собрав посадских людей, они обратились к ним с вопросом: кто зажигал Москву? В толпе стали кричать, что виноваты в пожаре Глинские. Князь Юрий Глинский, выехавший на площадь с другими боярами, в страхе бежал от народа и укрылся в Успенском соборе, где в присутствии царя служили обедню. Малодушие Глинского погубило его. Толпа бросилась вслед за боярином, выволокла его из храма и добила камнями на площади. Царь испил чашу унижения до дна. Не раз безнаказанно покушавшийся на чужую жизнь, он должен был теперь подумать о спасении ближних. Покинув Кремль, Иван «утек» в подмосковное село Воробьево. Но через три дня туда явилась толпа горожан и потребовала на расправу бабку царя Анну Глинскую.
Московские события показали юному правителю разительное несоответствие между его представлениями о власти и реальным положением дел. Государь усвоил, что власть самодержавна и идет от бога. Но первые же шаги самостоятельного правления поставили его лицом к лицу с бунтующим народом, поднявшим руку на царскую семью.
Тотчас после венчания на царство Иван с благословения митрополита женился на боярышне Анастасии Романовой. Глинские не противились браку, так как невеста росла сиротой (без отца), ее братья были молодыми людьми и их соперничества можно было не опасаться. Прошло не менее двух лет, прежде чем Романовы прочно обосновались в думе и при дворе и начали участвовать в осуществлении реформ.
Церковное руководство в лице Макария приступило к преобразованиям раньше светской власти. В период раздробленности жизнь княжеств и земель была разобщена и материально и духовно. У каждого княжества имелась своя монета, а также свои мера и вес, свои чудотворцы. Государственное единство настоятельно требовало создания единого пантеона общерусских святых. В 1547 и 1549 годах Макарий провел два церковных собора, учредивших общерусский культ почти сорока новых чудотворцев (старых было немногим более двадцати, не считая местных святых). Вопреки мнению исследователя церкви А. С. Хорошева, влияние юного Ивана на составление канонизационных списков не было определяющим. Иначе трудно объяснить, почему к лику общерусских святых не был причислен ни один из московских князей. Зато этой чести сподобился их злейший враг Михаил Тверской, убитый в Орде из-за происков Даниловичей. В списки святых попал Александр Ярославович Невский, но не попали ни Дмитрий Донской, победивший татар на Куликовом поле, ни киевские князья Ярослав Мудрый и Владимир Мономах, отличавшиеся благочестием и много сделавшие для христианизации Руси. Исключение было сделано для новгородского князя Всеволода Мстиславовича, почитавшегося местным святым в Пскове. Вообще среди новых чудотворцев местные новгородские святые имели наибольшее представительство. Объяснялось это тем, что инициатор канонизации Макарий шестнадцать лет возглавлял Новгородско-Псковское архиепископство.
За время боярского правления старые сподвижники Василия III исчезли с политической сцены один за другим. Макарий принадлежал к немногим уцелевшим деятелям старой формации. После пожара Москвы его влияние на дела управления заметно усилилось. Отправляясь под Казань в конце 1547 года, Иван IV поручил брату Владимиру Андреевичу и боярам «ведать» Москву, приказав им о всех своих делах «приходити к Макарью митрополиту». Пять лет спустя, в дни нового казанского похода, московскую семибоярщину возглавил глухонемой князь Юрий — единоутробный брат царя. Вверив князя Юрия попечению митрополита, власти (от имени Ивана IV) наказали ему: «…елико тебе бог даст, во всем беречи царство… брата же нашего на благодарные дела поучай; такожда, господине, и жену мою царицу Анастасию, не праздну сущу, духовне во все побереги». Функции главы церкви были весьма обширны: от вразумления бояр до надзора за беременной царицей.
