В конце 1571 года на архиепископство в Новгород был прислан Леонид — бывший архимандрит кремлевского Чудова монастыря. Ученик и преемник известного царского «ласкателя» Левкия, в свое время заслужившего проклятия от Курбского, Леонид пользовался полным доверием опричного руководства, был корыстолюбив и неразборчив в средствах. Едва прибыв в Новгород, он объявил, что будет штрафовать попов и монахов, которые осмелятся звонить в колокола раньше, чем позвонят у Софии. Сумма штрафа была исключительно велика и составляла 2 новгородских рубля. Это первое распоряжение архиепископа сильно охладило радость местного духовенства по поводу назначения нового пастыря.
Архиепископ, не стесняясь, вымогал подарки у своих подчиненных. Во время церковной службы он стал ругать юрьевского архимандрита Феоктиста за то, что тот не «кажет» и не подписывает у него «настольной грамоты». Феоктист достаточно хорошо знал владыку и решил объясниться с ним начистоту: «Тоби деи у мене хочется содрать, а мне тобе нечего дать… хочешь, де, с меня, владыко, и ризы здери, и я о том не тужю».
При посещении Новгорода в 1572 году царь пожаловал новгородскому духовенству «милостинные деньги», которые целиком присвоил себе Леонид. Игумены и попы пытались искать справедливости у Грозного. Тогда архиепископ вызвал всех жалобщиков в Софийский собор, велел им снять ризы и обругал последними словами: «Собаки, воры, изменники, да и все новгородцы с вами, вы, де, меня оболгали великому князю». Оскорбленные священники отказались служить обедню во всех городских церквах. Разразился скандал, который удалось замять лишь после вмешательства царя. Леонид объявил «прощение» монахам, но еще целый месяц держал гнев на городских священников. Вскоре он придрался к софийским дьякам и поставил их на правеж, требуя по полтине с головы за их опоздания, «что дьяки не ходят к началу к церкви».
В годы опричнины лишь немногие святители подобно Филиппу Колычеву не боялись монаршего гнева и не щадили живота во имя исполнения своей пастырской миссии. Большинство иерархов в страхе молчало и заботилось лишь о том, чтобы пережить кровавое время. Но были и такие деятели, как Пимен и Леонид. Они угодничали перед самодержцем и поддерживали все его начинания. Приняв новгородскую кафедру, Леонид полностью подчинил новгородскую церковь целям опричной политики.
За время существования Новгородской феодальной республики Софийский дом канонизировал множество местных владык и угодников. Церковные меры призваны были подкрепить политический принцип независимости новгородцев. После крушения республики немногие из местных чудотворцев удостоились чести стать общерусскими святыми. Лишь в середине XVI века митрополит Макарий, много лет управлявший новгородской епархией, включил в общерусский пантеон святых четырех самых знаменитых новгородских владык, а также двух игуменов. Стремясь вернуть авторитет разгромленной новгородской церкви, архиепископ Леонид выступил с почином канонизации новых чудотворцев, которые проявили себя в самое подходящее время — в дни посещения города царем.
В июле 1572 года царь жил в Новгороде в тревожном ожидании исхода схватки с татарами, напавшими на Москву. В то время случился ураган. У государева двора на Никитской улице на одной церкви крест на маковке сломало, на другой покривило. Все это было воспринято как дурное предзнаменование. Но помимо разрушений смерч принес и некое чудо, о котором Леонид тотчас дал знать государю. После урагана за церковью Фрола и Лавра «обретоша гроб верх земли, и обретоша в гробе тело цило, а не все, а руци накрест согбены, девицю именем Гликерию, старосты Пянтелия тоя же улицы Легощи, а сказывала жена старая Настасия владыки Леониду, помнила, как тоя девицю тут провожали лет с пятдесят». Архиепископ устроил торжественное богослужение, и «со кресты всем собором» проводили мощи Гликерии к новому месту захоронения. После «провоженья» у гроба случилось первое чудо: прозрел четырехлетний отрок Агафон, сын новгородского подьячего. По случаю чуда владыка велел целый день звонить в колокола. Не прошло и месяца, как еще один слепец обрел зрение у могилы дочери старосты Пантелея с Легощи улицы.
Древний новгородский пантеон превосходил пантеон других земель, и при желании архиепископ мог обратиться к любому из знаменитых новгородских подвижников. Однако Леонид не желал делать уступок новгородской старине. Во время пребывания Грозного в Новгороде зимой 1572 года там много говорили о чудесах Якова Боровичского. Сразу после отъезда царя Леонид послал в Боровичи священника Софийского собора Посника с целой комиссией «смотрити чюдотворца Якова мощей, есть ли от него исцеление о телесе или нет». Через несколько дней комиссия вернулась в Новгород и подтвердила: «Чюдес исцеления много есть от телесе святого Иякова». О жизни Якова Боровичского было известно не больше, чем о жизни девицы Гликерии. Никто не мог утверждать, что их жизнь была подвигом благочестия. В одном позднем предании о Якове сообщалось следующее. Некогда жители Боровичей по весне обнаружили вмерзшее в лед тело. Судя по одежде, погибший был мирянином. Никто не знал ни его имени, ни обстоятельств кончины, но вскоре у могилы неизвестного стали проявляться чудеса исцеления, после чего чудотворец явился во сне одному из местных жителей и открыл свое имя. Из других сновидений стало известно, что погибший был то ли крестьянин, то ли судовой бурлак, принявший Христа ради юродство. Согласно легенде, Якова убило громом, хотя погиб он, скорее всего, в разгар зимы. В период боярского правления боровичское духовенство ходатайствовало о канонизации Якова, но не добилось успеха. Положение переменилось, когда новгородскую кафедру занял Леонид, близкий к опричному правительству. Праздники в честь чудотворцев помогли Леониду заглушить толки о мучениках новгородской церкви, принявших смерть от опричников.
Старания Леонида способствовали примирению Грозного с Новгородом. Прошло два года со времени великого погрома, и самодержец стал оказывать опальному городу разного рода милости. Объяснялось это довольно просто. Следуя излюбленному принципу «разделяй и властвуй», монарх пытался противопоставить очищенный от «измены» Новгород боярской Москве. После сожжения столицы татарами Иван IV дважды в 1572-м, а затем в 1573 году уезжал в Новгород и подолгу жил там, оставляя Москву на попечение бояр.
Выехав в Новгород в конце 1571 года, Грозный отправил перед собой гонца с объявлением, «чтобы новгородцы не боялись от государя ничего». По приказу благочестивого государя лучшие мастера отлили в слободе «колокол новый» для Новгорода. В самый день завершения работы над колоколом новгородцам явилось видение — «по всему небеси лучи были, аки вода на море ветром колебалось, да ти лучи по всему небеси ходили, всякими цветы, и до света». «И паки, — завершал сей рассказ новгородский летописец, — господь милосердный свет нам дарова». Прошло полгода, и новый колокол был водружен «на место, на колоколище во владычном дворе».
Нрвгородской Софии были возвращены две знаменитые иконы: одна — Спасов образ и другая — святых Петра и Павла, увезенные из Новгорода в дни разгрома. Местное духовенство устроило торжественную встречу образам и водрузило святость на их прежние места в Софии.
Царь основательно устраивался на новом месте. На Никитской улице чистили «государев двор» и приводили в порядок хоромы. На Ярославлевом дворище «у дворца государского» повесили колокол новый «на четырех столбех на переклади». В селе Королеве и под Хутынским монастырем поставлены были царские конюшни, а в селе Холынь основана государева слобода. Иван IV многократно пировал на дворе у владыки и в Юрьевом монастыре, принимал духовенство у себя, а под конец сделал крупные пожертвования в пользу новгородской церкви. Характерно, что царской милости сподобились не самые знаменитые, ограбленные опричниной монастыри, а небольшая Отеньская пустошь в окрестностях Новгорода. Пустошь получила неслыханно большую сумму — более 2600 рублей.
Одна за другой с политического горизонта исчезли фигуры, несшие наибольшую ответственность за новгородский разгром. Малюта Скуратов неотступно следовал за царем, куда бы тот ни поехал. Он находился в свите царя в Новгороде летом 1572 года. Последним подвигом обер-палача явились казни, проведенные в Новгороде в дни подготовки указа об отмене опричнины. Тогда, записал новгородский летописец, царь православный «многих своих детей боярских метал в Волхову реку с камением, топил».
