По русским источникам, Иеремия заявил Борису, что согласен основать свою резиденцию только в Москве, «занеже патриархи бывают при государе всегда; а то что за патриаршество, что жити не при государе, тому статца никак невозможно». Выслушав окончательное мнение Иеремии, Борис стал настаивать на том, чтобы в московские патриархи был поставлен кто-нибудь из русских. Но патриарх отклонил и эту просьбу, сославшись на то, что он волен распоряжаться только своей кафедрой. «Не будет законно, — сказал он, — поставить другого, если мне самому не быть на двух кафедрах». По словам очевидцев, правитель покинул патриаршее подворье чрезвычайно опечаленным. Дипломатическая игра была проиграна. Тогда на греков решили воздействовать иными способами. Годунов на время покинул сцену. «Черную работу» взялись выполнять братья Андрей и Василий Щелкаловы. Дьяки попытались купить согласие патриарха щедрыми посулами. Они обещали ему дорогие подарки, богатое содержание, города и области в управление. В то же время патриарху дали понять, что его не отпустят из Москвы, пока он не уступит. Под конец с греками заговорили языком диктата. Когда митрополит Дорофей отказался подписать грамоту «о поставлении» Иова, Андрей Щелкалов пригрозил утопить его в реке.
Переговоры с греками дают наглядное представление о распределении ролей между двумя главными правителями русского государства. В то время как Борис Годунов предпочитал уговоры и убеждения и употреблял все свое красноречие, Андрей Щелкалов действовал без всяких церемоний. Его угрозы произвели на греков, по-видимому, более сильное впечатление, чем красноречие Годунова. Тем не менее честь благополучного завершения переговоров с греками выпала на долю Годунова.
Борис не мог допустить срыва переговоров, получивших широкую огласку, и постарался закончить дело как можно скорее. Боярская дума вторично собралась в царских палатах и окончательно отклонила просьбу Иеремии о «поставлении его патриархом на Москве». Решено было еще раз держать совет с Иеремией о возведении в сан патриарха Иова. Бояре распорядились взять у Иеремии «чин» поставления патриархов и учредить новые митрополичьи, архиепископские и епископские кафедры в тех городах, где будет «пригоже». Решение о преобразовании московской церковной иерархии было принято еще до того, как дума получила формальное на то согласие патриарха.
13 января 1589 года Годунов и Щелкалов уведомили Иеремию обо всех предпринятых ими шагах. Беседа была продолжительной. Как повествует официальный отчет, «патриарх Иеремия говорил о том и советовал много с боярином, с Борисом Федоровичем Годуновым…» Под конец патриарх уступил по всем пунктам, выставив единственное условие, чтобы его самого «государь благочестивый царь пожаловал и отпустил». Греки капитулировали ради того, чтобы вырваться из московского плена. «В конце концов, — повествует Дорофей, — хотя и не по доброй воле, Иеремия рукоположил патриарха России».
Архиепископ Арсений старался представить дело так, будто в переговорах с Иеремией с самого начала деятельно участвовало московское духовенство. Священный собор будто бы дважды обращался к патриарху, и тот впервые заявил о своем согласии двум епископам — посланцам собора. Источники опровергают эту благочестивую легенду. Правитель созвал духовенство лишь на четвертый день после завершения переговоров.
Борис Годунов не считал нужным советоваться с «государевыми богомольцами» по поводу выбора кандидата на патриарший престол. Этот вопрос был предрешен с самого начала, и «отцам церкви» оставалось лишь выразить согласие с волей правителя. Иеремия представил властям подробную опись церемониала поставления патриарха. Следуя ему, царь и священный собор сначала должны были выбрать «втаи» трех кандидатов в патриархи, после чего царю надлежало утвердить на высокий пост одного из них. Такой порядок выборов главы церкви показался московским властям неудобным. Но по настоянию Иеремии они в конце концов согласились провести «тайные» выборы. Вся процедура свелась к чистой формальности. Власти расписали сценарий избирательного собора до мельчайших деталей, включая «тайну» выборов. В соответствии с этим сценарием Иеремия должен был провести «тайное» совещание с московскими епископами, после чего «избрати трех: митрополита Иова всеа Руси, архиепископа Александра Новгородского, архиепископа Ростовского Варлаама». «Потом, — сказано было в наказе, — благочестивый царь Федор изберет из тех трех одного Иова митрополита… в патриархи». Иеремия беспрекословно выполнил все предписания Годунова относительно «тайны» выборов и 26 января 1589 года возвел Иова на московский патриарший престол.
Греки надеялись, что теперь-то их отпустят на родину. Но им велели ехать на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. По возвращении они настоятельно просили отпустить их в Царьград. Правитель отклонил просьбу под тем предлогом, что ехать весною неудобно — плохи дороги. Новая задержка греков была вызвана тем, что в Москве спешно составляли соборное постановление об учреждении в Москве патриаршества. Собор, будто бы выработавший этот документ, в полном составе едва ли когда-нибудь заседал. В числе участников собора грамота называла Иеремию и Дорофея. Но, по свидетельству Дорофея, грекам на подворье принесли готовую грамоту, которую они не могли понять из-за отсутствия перевода. Угрозы заставили Дорофея подписать грамоту, но он тут же посоветовал патриарху тайно наложить на грамоту заклятье.
На соборном постановлении помимо подписи Иеремии обозначены были имена членов константинопольского Синода. Поскольку их фамилии написаны одним почерком и доподлинно известно, что большинство членов Синода не участвовало в путешествии в Россию, явились подозрения, что их подписи поддельны, а следовательно, грамота об учреждении патриаршества является подложной. Сомнения подобного рода все же беспочвенны. Как патриарх, Иеремия являлся главой Синода, и для удостоверения документа достаточно было одной его подписи. Перечень членов Синода имел не столько удостоверительный, сколько осведомительный характер.
Пробыв в Москве без малого год, патриарх 19 мая получил наконец разрешение выехать на родину. Правитель не жалел казны, чтобы одарить освобожденных пленников. Не скрывая восхищения, Арсений писал, что царь и царица обогатили их всех. Что же касается субсидий на строительство новой резиденции патриарха в Константинополе (за этим Иеремия и приезжал на Русь), то выдачу их откладывали до последнего момента. Только после отъезда Иеремии Годунов «помянул» царю о забытом ходатайстве, после чего в догонку грекам послали тысячу рублей на новую патриаршую церковь. Царь Федор на прощание поднес Иеремии митру, украшенную драгоценными камнями. На ней жемчугом была сделана надпись: «От царя — патриарху». По случаю учреждения патриаршества в Москве устроили грандиозный праздник. Во время крестного хода новопоставленный патриарх выехал верхом из Фроловских ворот и объехал Кремль. «Ослять» под ним вел Борис Годунов. Процессию провожала праздничная толпа.
Затем была составлена утвержденная грамота об избрании первого московского патриарха, санкционировавшая преобразование высшей церковной иерархии. Вместо одной митрополичьей кафедры учреждено было четыре. Митрополичий сан получили прежде всего бывший архиепископ Новгородский и Псковский Александр и бывший архиепископ Ростовский и Ярославский Варлаам. Эти двое фигурировали на «выборах» патриарха в качестве кандидатов наряду с Иовом. Основаны были также Казанская и Крутицкая митрополии, шесть новых архиепископств и шесть новых епископств.
Принятое священным собором уложение установило порядок избрания русских патриархов. Оно декларировало право московской церкви на поставление патриарха без участия восточных патриархов, которых надлежало лишь известить о принятом решении. Право окончательного утверждения русского патриарха всецело принадлежало царю, что закрепляло зависимость церкви от светской власти.
Утвержденная грамота содержала указание на историческую роль Русского государства как оплота вселенского православия. Напомнив о гибели двух столиц Римской империи, составители грамоты адресовали царю Федору следующие слова: «Ветхий Рим падеся аполинариевой ересью; вторый же Рим, иже есть Константинополь… от безбожных турок, обладаем; твое же, о благочестивый царю, великое Российское царствие, третей Рим, благочестием всех превзыде, и вся благочестивая царствие в твое едино собрася, и ты един под небесем христианский царь именуешись в всей вселенной, во всех христианех».
