Бояре спешили использовать поражение Бориса, чтобы избавиться от него. Они вознамерились развести царя Федора с женой Ириной Годуновой и тем нанести смертельный удар влиянию Бориса. Союзником Шуйских выступили митрополит Дионисий и крутицкий епископ Варлаам Пушкин. Церковники, по их словам, руководствовались благочестивой заботой о будущем династии. Федор не имел детей в браке с Ириной, и Церковные правила разрешали развод с бесплодной женой. Митрополит и прочие сторонники развода составили прошение на имя Федора, чтобы он, государь, «чадородия ради второй брак принял, а первую свою царицу отпустил во иноческий чин». Прошение подписали регент Иван Шуйский и другие члены Боярской думы, митрополит и епископы, дворяне, столичные гости и торговые люди. Участники собора пытались привлечь на свою сторону Федора Ивановича Мстиславского, занявшего пост главы Боярской думы после пострижения регента Ивана Мстиславского. Они обещали женить царя на сестре Федора.
Явившись во дворец, митрополит Дионисий и земские чины подали челобитную царю Федору. Попытки вмешательства духовенства в семейную жизнь царя не имели успеха. Слабовольный Федор всеми силами противился разводу с женой, которую любил и во всем слушался.
Над головой духовенства разразилась гроза. 13 октября 1586 года митрополит Дионисий был лишен сана. Правитель Борис Годунов мягко обошелся с впавшим в немилость святителем. Дионисия отослали в тот самый Хутынский монастырь в Новгороде, игуменом которого он был до своего поставления на митрополию. Его «собеседника» — сарайского и крутицкого епископа Варлаама Пушкина от правили в новгородский Антониев монастырь. Опальные церковники получили возможность продолжать свои «беседы» в тиши и уединении. Годуновы сделали карьеру в опричнине, что побуждало их искать союзников в среде бывшего опричного духовенства. Благодаря проискам Бориса преемником Дионисия на митрополичьей кафедре стал Иов.
«История патриарха Иова» рассказывает, что первый духовный чин он получил в Старице «благорассмотрением» благочестивого царя Ивана. Можно установить, что произошло это в разгар казней, когда Иван сделал Старицу своей главной опричной резиденцией и произвел там обычный «перебор людишек». При таких обстоятельствах Иов получил в управление опричный старицкий Успенский монастырь. Как человек средних способностей, Иов не добился повышения в течение десятилетия, хотя и находился постоянно на виду у Грозного. Лишь в 1581 году он возглавил коломенское епископство и, казалось бы, достиг предела своих возможностей. Однако с приходом к власти Годунова все переменилось.
В разгар кризиса, 9 января 1586 года, Иова перевели из Коломны в Ростов и посвятили в сан архиепископа Ростовского, Ярославского и Белозерского. Бывший опричный архимандрит сделал головокружительную карьеру. Пробыв архиепископом менее года, Иов 11 декабря 1586 года занял митрополичью кафедру.
Однако князья Шуйские не смирились с поражением. По некоторым сведениям, их сторонники столичные купцы Федор Нагой, Голуб и другие пытались спровоцировать уличные беспорядки и использовать их для разгрома дворов Годуновых. Достоверность этих сведений не поддается проверке. Как бы то ни было, правитель Борис использовал версию о заговоре Шуйских для расправы с теми лицами, которые участвовали в подаче челобитной царю Федору.
Шесть сообщников Андрея Шуйского из числа «торговых мужиков» были выведены на пустырь у стен Кремля и обезглавлены. Боярин Андрей Шуйский и его братья Василий (будущий царь), Дмитрий, Иван и Александр были сосланы в свои вотчины, а позднее взяты под стражу. Боярина И. П. Шуйского арестовали в его вотчине, отправили в Кирилло-Белозерский монастырь и там насильно постригли в монахи. Шуйский был одним из лучших воевод России. Именно он возглавил оборону Пскова от войск короля Батория и спас страну от полной катастрофы в конце Ливонской войны. 16 ноября 1588 года старец Иов — регент и воевода — был тайно умерщвлен в монастыре по приказу Бориса Годунова. Полгода спустя в темнице при неизвестных обстоятельствах скончался Андрей Шуйский. Сторонники Шуйских князья Татевы-Стародубские и И. Ф. Крюк-Колычев угодили в ссылку. Боярин Ф. И. Шереметев вынужден был уйти в монастырь.
Попытка Шуйских захватить власть не удалась. Борис Годунов и его помощник думный дьяк и «канцлер» Андрей Щелкалов сосредоточили в своих руках бразды правления государством. Столкновение с боярской аристократией породило глубокий политический кризис, чреватый новой опричниной. В трудный момент Годунов показал себя мудрым государственным деятелем. В разгар кризиса он не побоялся распустить «двор» — последыш опричнины. Политическое наследие Грозного было уничтожено. Роспуск вооруженного охранного корпуса — «двора» — ослабил позиции правителя. Тем не менее Годунов подавил боярскую крамолу, не прибегая к кровавой резне и погромам.
Стремясь найти опору в дворянстве, Борис Годунов приступил к социальным реформам. Власти стали освобождать от податей помещичью запашку в дворянских усадьбах. Эта мера провела глубокую борозду между привилегированным неподатным дворянским сословием и низшими податными сословиями. В угоду помещикам приказные ведомства А. Я. Щелкалова временно наложили запрет на выход крестьян в юрьев день. Как раз в конце 1580-х годов в России начал складываться режим «заповедных лет». Заповедью на Руси называли всякого рода запреты. В заповедные годы власти запретили жителям городов — посадским людям — покидать тяглые (податные) дворы, а крестьянам уходить со своих тяглых пахотных наделов. Феодальное государство сделало решительный шаг к закрепощению крестьян.
Правление Бориса Годунова явилось важным этапом в развитии самодержавно-крепостнического строя в России. Переход трона к слабовольному и неспособному к управлению Федору лишь на время ослабил власть. Поражение Шуйских знаменовало возврат к прежним порядкам, установленным Грозным. По иронии судьбы, недееспособный Федор, за которого правил Борис Годунов, впервые официально усвоил титул самодержца.
При Грозном Россия превратилась в мировую державу, ставшую после падения тысячелетней Византийской империи главным оплотом православной религии. Начавшаяся перестройка ее государственной системы на самодержавных началах неизбежно должна была повлечь за собой перестройку церкви. Величие самодержавия было неполным без великой церкви. Церковь освящала власть московских государей, и ее главе надлежало носить высший церковный титул.
Безвозвратно минуло время, когда вселенская православная церковь, возглавляемая царьградским патриархом, рассматривала русскую митрополию как второстепенную периферийную епархию. Падение Византийской империи привело к перераспределению ролей. Некогда могущественная церковь пришла под властью турецких завоевателей в полный упадок, в то время как русская достигла наивысшего расцвета. В Московском царстве митрополиты располагали несравненно большими возможностями и богатствами, чем константинопольский патриарх под властью иноверцев. Положение же младших патриархов Александрии и Антиохии было и вовсе бедственным.
Новая действительность получила отражение в сочинениях русских книжников, сформулировавших доктрину «Москва — третий Рим». Гибель второго Рима (Византии), утверждали они, превратила Московское царство («третий Рим») в главный оплот православия. Со временем идеологи сильной церкви дополнили эту доктрину новыми рассуждениями. Если Россия стала главным средоточием всемирного православия, утверждали они, ее церковь должно возглавлять лицо с высшим духовным саном. Подле православного самодержца должен стоять патриарх, как это и было прежде в Константинополе.
Попытки католической церкви подчинить себе посредством унии православные епископства Западной Руси в пределах Речи Посполитой придавали особое значение церковной реформе в России. Сторонники учреждения патриаршества в России мечтали о том, чтобы собрать рассыпанную храмину русской православной церкви — митрополии Киевской и всея Руси — под эгидой московского патриарха.
