Трудности, с которыми сталкивались в Новгороде московские иерархи, обусловлены были рядом обстоятельств. Новгород принял крещение умеете с Киевом, и новгородская религиозная мысль имела самые древние корни. Новгородская республика избежала татарского погрома, благодаря чему сохранила рукописное наследие Древней Руси в неприкосновенности. Так называемая Геннадиевская библия засвидетельствовала этот факт с полной очевидностью. В конце XV века книжники и писцы Софийского дома, возглавляемого в то время Геннадием, составили первый полный свод библейских славянских книг, включавший множество книг кирилло-мефодиевского, болгарского и восточнославянского происхождения. Состав библии дал основание филологу А. А. Алексееву заключить, что в XV веке Новгород обладал, по всей вероятности, самым большим собранием рукописей во всем тогдашнем славянском мире. Ни один из кодексов XIV–XVI веков не давал такого подбора библейских текстов, как Геннадиевская библия. За несколько веков самостоятельного существования республики в православии новгородского толка появились черты, отличавшие его от московского. Новгородцы поклонялись своим чудотворцам и угодникам, крестились иначе, чем москвичи. Новгородская образованность порождала вольнодумство.
Московским начетчикам трудно было выдержать богословские диспуты с «книжными» людьми Новгорода. Когда для суда над новгородскими еретиками в Москве собрались на собор епископы, Геннадий Гонзов дал им дельный совет: «Да еще люди у нас простые, не умеют по обычным книгам говорити: таки бы о вере никаких речей с ними не плодили; токмо того для учинити собор, что их (еретиков. — Р.С.) казнити — жечи да вешати».
Архиепископ Геннадий предлагал лишить еретиков возможности высказать свои взгляды, а сразу послать их на казнь. Однако избежать словопрения на суде не удалось, и это привело к неожиданному эффекту. На суде в Москве многие из еретиков решительно отказались покаяться и стали смело отстаивать свою принадлежность к ортодоксальной православной вере. Решительнее всех защищал свои взгляды монах Захарий, надеясь на заступничество великого князя. Речи псковского вольнодумца привели благонамеренных московских епископов в ужас. На вопрос: «Захарие, что ради… не велиши ся кланяти иконам святым?» — чернец, по словам митрополита, «изрече хулу на господа нашего Иисуса Христа и на его пречистую богоматерь». Как видно, Захарий выразил критическое отношение к Троице. Рассуждения Захария привели епископов в такой же гнев, как и рассуждения о продаже высших церковных; должностей. Один из главных еретиков — кремлевский поп Денисьище подал собору покаянную грамоту. Однако он не признал за собой «жидовства» и каялся лишь в том, что сбился с пути истинного «невоздержанием языка».
Собор епископов призвал на помощь Боярскую думу. Суд продолжался во дворце в присутствии Ивана III. Если бы обвинения подтвердились, еретиков казнили бы, как того требовал Геннадий. Но все они энергично отстаивали свою приверженность к православной вере, ввиду чего собор и власти отклонили предложение о предании их смертной казни. Однако участь главных еретиков была незавидна. С Захария содрали иноческое платье и выдали епископу Нифонту, «а Дениса попа поточиша в Галич». Содержали их в таких нечеловеческих условиях, что Денис лишился рассудка, заблеял козлом и умер после месячного заточения.
Протопопа Софийского собора Гавриила, дьяка Гридю и других новгородцев отослали к Геннадию. В Новгороде еретиков обрядили в шутовские наряды и, посадив на лошадей лицом к хвосту, возили по всему городу. На берестяных остроконечных шапках, украшавших головы, красовалась надпись: «Се есть сатанино воинство». Казнь завершилась сожжением берестяных шлемов на голове у осужденных. Казни в Новгороде кратко и точно описаны в новгородской летописи — в 1490 году «Геннадий-владыка одних велел жечи на Духовском поле, иных торговые казни предали, а иных в заточение посла, а иные в Литву збежали, а иные в Немцы».
Объясняя возникновение еретического движения в России, историк А. А. Зимин писал, что изучаемое время характеризовалось обострением классовой борьбы, выразившейся «особенно в реформационно-гуманистическом движении конца XV — начала XVI века». Данную схему трудно согласовать с фактами. Автор специального исследования о русских ересях Я. С. Лурье пришел к выводу, что «новгородская ересь конца XV века была по своему характеру революционной оппозицией феодализму». Этот вывод подкреплялся рядом фактов и, в частности, наблюдениями за социальным составом еретиков. Движение, полагает исследователь, возглавляли рядовые священники, представители плебейской части духовенства, тесно связанные с новгородским плебсом. Можно заметить, что Алексей и Денис были видными фигурами в среде белого духовенства, связанного не только с низами, но и с власть имущими. Заметив Алексея, Иван III взял его в Москву и назначил протопопом Успенского собора — главного столичного храма. Денис стал священником второго храма — кремлевского Архангельского собора. Таким образом, высшее кремлевское духовенство приняло новгородцев в свои ряды.
К «плебейской» части духовенства никак нельзя отнести Гавриила — протопопа Софийского собора в Новгороде или Захара — влиятельного старца псковского монастыря. Помимо Алексея, Дениса и Гавриила Иосиф Волоцкий называет в числе главных еретиков Григория Тучина, «его же отець бяше в Новегороде велику власть имеа». Сын новгородского посадника Тучин принадлежал к верхам новгородского боярства. И Алексей с Денисом, и Тучин выступали сторонниками Москвы. Лояльность Алексея и Дениса по отношению к великокняжеской власти открыла перед ними двери кремлевских соборов.
Духовное развитие России уже тогда было неотделимо от общеевропейского культурного развития. Византийская христианская культура приобщила Россию к античному наследию. Когда Западная Европа встала на путь Возрождения, Русь не осталась в стороне от общего движения. Флорентийская уния, хотя и отвергнутая русскими властями, способствовала обмену идей между православным и католическим миром. Новгород был затронут новыми веяниями раньше других русских земель. Этому благоприятствовала оживленная торговля с германскими ганзейскими городами, тесные связи с Литвой и Польшей. Вольнодумство стало характерной чертой духовной жизни Новгородской феодальной республики. Традиции вольнодумства не исчезли и с падением ее независимости.
Москва шла по тому же пути, что и Новгород, хотя и с некоторым запозданием. Ее сближение с Западом было неизбежным следствием расширения торговых и дипломатических связей, а также династических браков в великокняжеской семье. Вторая жена Ивана III Софья Палеолог явилась в Москву в окружении итальянцев. Грандиозные строительные работы в Кремле, осуществленные под руководством итальянских архитекторов, знакомили русских с новой техникой и культурой.
Влияние «латинства» на русскую церковь проявлялось не только в возникновении ересей, но и в поведении воинствующих церковников. Новгородский архиепископ Геннадий пришел в восторг, познакомившись с практикой святейшей инквизиции. С нескрываемым одобрением владыка писал об испанском короле, учредившем святую инквизицию: с ее помощью «тот деи король очистил свою землю от ересей жидовских», так что «хвала того шпанского короля пошла по многим землям по латынской вере». Православных ортодоксов привлекало в «латинстве» совсем не то, что вольнодумцев.
В Москве ересь возникла как под влиянием новгородских еретиков, так и вследствие усилившегося общения с Западом. Полагают, что различия между московской и новгородской ересью были велики. По мнению А. А. Зимина, московский кружок еретиков был связан с феодальной знатью и играл реакционную роль. Я. С. Лурье пришел к иному выводу. В его глазах столичный кружок отражал идеологию передовых слоев дворянства.
Оценка взглядов новгородских и московских еретиков затруднена тем, что судить о них приходится преимущественно на основании сочинений их гонителей, в словах которых трудно отличить клевету от истины. Последователь Геннадия Иосиф Санин старался представить еретиков членами секты единомышленников. На самом деле на процессах 1488–1490 годов были собраны люди, придерживавшиеся различных взглядов. Общее обвинение в ереси служило для судей всего лишь средством для расправы с ними.
