Сергий поселился в Софийском доме в трудный момент. В 1483 году новгородские бояре в последний раз исполнили свои обязанности в качестве правителей Новгорода. По поручению Ивана III они ездили в окрестности Нарвы и заключили мир с ливонцами. Едва наступила зима, Иван III приказал арестовать «больших бояр новгородскых и боярынь и казны их и села все велел отписати на себя, а им подавал поместья на Москве под городом». Со времени присоединения Новгорода Иван III не раз чинил расправу над местными боярами, обвинявшимися в измене и крамоле. Вновь принятые меры носили совсем иной характер. Преследованиям впервые подверглись бояре, выступавшие сторонниками Москвы и не повинные ни в какой измене. Лишь некоторые из опальных были обвинены в крамоле, но они попали в Москве не на поместья, а в тюрьму. В 1478 году новгородские бояре присягнули на верность великому князю, а тот гарантировал неприкосновенность их вотчин. Гарантом соглашения выступила церковь. Теперь Иван III провел конфискации, грубо нарушив законы, а архиепископ Сергий санкционировал его действия. Все это навлекло на его голову презрение новгородцев. Сергий провел в Новгороде менее года. Он не смог управлять епархией по причине начавшегося психического расстройства. В Москве много толковали о том, что новгородцы «ум отняша у него волшебством». Сергию стали являться новгородкие святые, резко обличавшие его безумное дерзновение, поставление на святительское место при живом епископе. На владыку нашло «изумление», и на время он лишился дара речи. В своем послании от 26 июня 1484 года Сергий утверждал, что покидает кафедру «за немощью». Вернувшись в Троицкий монастырь, «немощный» Сергий пришел в себя и прожил еще двадцать лет.
На новгородское архиепископство Иван III распорядился поставить чудовского архимандрита Геннадия Гонзова. Во-первых, он был решительным и сильным человеком. Во-вторых, архимандрит поддержал Ивана III в споре с митрополитом об освещении церквей. В-третьих, Гонзов оказался самым богатым из претендентов и по случаю своего избрания поднес великому князю наибольшую сумму денег, в которых тот всегда нуждался. По словам осведомленного ростовского летописца, чудовский архимандрит получил архиепископство за мзду, «а дал от того (за назначение. — Р.С.) две тысячи рублев князю великому».
Геннадий оказался в Новгороде в столь же трудном и щекотливом положении, как и его предшественник Сергий. Древнейший русский город переживал одну из самых трагических страниц своей истории. Московские власти, чтобы покончить с республиканскими порядками, организовали самые крупные выселения новгородцев из пределов Новгородской земли. После записи о торговой казни еретиков зимой 1487–1488 годов летописец записал: «Тое же зимы посла князь великии, и привели из Новгорода боле седми тысячу житих людей на Москву». Новгородский архиепископ не только не заботился о своей пастве и не использовал старинное право печалования за опальных, но всеми мерами поддерживал беззаконные действия властей.
В 1488 году наместниками в Новгороде были бояре Яков и Юрий Захарьины, притеснявшие и грабившие население. Новгородцы обратились с жалобой на них в Москву. Тогда «наместники и волостели», желая оправдаться перед Иваном III, объявили, что новгородцы покушаются на их жизнь — «рекши, их думали убити». Под предлогом заговора Иван III «многих пересечи веле на Москве, что думали Юрия Захарыча убити». Одновременно начался вывод многих тысяч коренных новгородцев — мелких феодальных землевладельцев — за пределы Новгорода.
Архиепископ помог великокняжеским наместникам подвергнуть верхи новгородского общества форменному разгрому, а наместники столь же деятельно помогли Геннадию расправиться с его врагами — новгородскими вольнодумцами, не желавшими признать авторитет московского ставленника и несколько лет осыпавшими его язвительными насмешками. Мнимые еретики открыто изобличали владыку в том, что он купил себе место. Геннадию пришлось оправдываться и опровергать их слова, будто он «принял имением (за мзду. — Р.С.) сан святительский».
Среди противников архиепископа выделялся старец Захарий из псковского Немцова монастыря. Владыке стало известно, что Захарий постриг детей боярских «от князя Федора от Бельского да причастия три года не давал, а сам, деи, не причащал же ся». Князь Ф. И. Бельский выехал в Москву из Литвы в 1482 году и вскоре получил во владение городок Демон. Несколько его вассалов нашли прибежище в Немцове монастыре. Будучи вызван в Новгород, Захарий признал вину, но задал архиепископу вопрос: «А у кого, деи, ся, причащати? Попы, деи, по мзде ставлены, и митрополиты, деи, и владыки по мзде же ставлены». Слова чернеца попали не в бровь, а в глаз.
Геннадий обвинил чернеца в ереси, но тот не остался в долгу и назвал еретиком самого архиепископа. Могущественный архиепископ препирался с монахом более трех лет. В 1490 году он жаловался митрополиту на Захария: «Лает ми, господине, бепрестани уже третий год, на четвертой год настало, а посылает грамоты в мою архиепископью, и к черньцом, и к попом семисоборским, а что по Московской земли, то числа нет; а пишет в своих грамотах: послал, деи… на еретика грамоты; а яз не еретик».
Вызывающее поведение Захария объясняется достаточно просто. Чернец жил в Пскове, возглавляя там Немцов монастырь, и хотя псковская епархия подчинялась новгородскому владыке, но в Пскове сохранялись республиканские порядки и под их защитой Захарий чувствовал себя в безопасности. Геннадий объявил Захария стригольником и велел сослать его в заточение «в пустыню на Горнечно». Но Иван III отменил этот приказ и велел отпустить Захария в Псков. Его поступок едва ли был продиктован симпатией к еретикам. Причина заключалась в другом. Псков помог Москве разгромить Новгород, и Иван III подчеркивал, что Псков пользуется его особым покровительством. Избежав заточения, Захарий, не возвращаясь в Псков, уехал в Москву.
Геннадий, попав в Новгород, оказался в явно чуждой ему среде. Новгородцы не желали признавать авторитет московского святителя и честили его как еретика. Памятуя об участи своего предшественника Сергия и стремясь уничтожить своих хулителей, Геннадий организовал суд над новгородскими священниками-еретиками. Поводом к розыску послужил донос о пьяной болтовне двух священников — Григория и Ереса и дьяка Гриди. Вина их заключалась в том, что они «пьяни поругалися святым иконам». Архиепископ Геннадий сам подтвердил, что ересь новгородцев открылась во время пьяной перебранки — виновные «почели урекатися въпиане, и яз послышав то…» После ареста еретиков выдали на поруки, но они сбежали в Москву. На этом дело, может быть, и кончилось бы. Но среди новгородских священников нашелся ренегат поп Наум. Он покаялся, что вместе с беглецами молился «по жидовскы» и прельщал христиан «жидовским десятисловием». Иначе говоря, священники старались, чтобы их прихожане усвоили десять заповедей Моисея — «не убий», «не укради» и другие. Под видом десяти заповедей Ветхого завета священники, как утверждал Геннадий, учили людей богомильству. Затем он отослал донос в Москву, где обвинения против священников были признаны основательными, а в отношении дьяка решено было продолжить розыск. Еретиков под стражей вернули в Новгород и «били по торгу кнутьем». Но и на этом дело не закончилось. Геннадий постарался организовать новый процесс. В ход были пущены жестокие пытки. По поводу этих пыток архиепископ должен был оправдываться в грамоте собору 1490 года. «А яз ли того Самсонка мучил? — писал владыка. — Ведь пытал его сын боярский великого князя, а мой только был сторож». Под пыткой участник пьяной ссоры сын попа Григория дал показания о причастности к ереси видного московского дьяка Федора Курицына, придворных священников протопопа Алексея и попа Дениса и других лиц.
Новгородские наместники Захарьины деятельно помогали Геннадию в борьбе с его недругами-новгородцами, объявленными еретиками. Они лично участвовали в пытках заподозренных новгородцев, снимали допросы. Невзирая на помощь наместников, розыск в Новгороде протекал негладко. Новгородцы искали защиты от своего пастыря у великого князя. Явившись в столицу, они били челом Ивану III «на Генадиа архиепископа о том, что, рекши, он… (их) имал, и ковал, и мучил изо имениа, да грабил животы» их. Корысть, возможно, и была одним из побудительных мотивов Геннадия, поживившегося имуществом еретиков. Но еще более важно для него было другое. Владыка не мог управлять вольным городом, подвергаясь повседневным насмешкам новгородских священников и монахов. Только гонения могли заглушить их голоса.
