Иван III предпринял грандиозную перестройку Кремля. Символом великокняжеской власти и стала шапка Мономаха — атрибут императорской власти, будто бы привезенный киевским князем Владимиром Мономахом как военный трофей из Константинополя. Государственным гербом России стал византийский двуглавый орел. По мере того как росло могущество великого князя, менялись его взаимоотношения с высшей аристократией. Приверженцы старины склонны были винить в этих переменах Софью Палеолог, племянницу последнего византийского императора. В самом деле, благодаря ее стараниям при московском дворе был введен новый пышный церемониал, копировавший церемониал императорского двора Византии. Много десятилетий спустя византийскому монаху Максиму Греку приходилось выслушивать от русских ревнителей старины такие упреки: «Как пришла сюда мати великого князя (Василия III) великая княгиня Софьа с вашими греки, так наша земля замешалася и пришла в нестроение великие». По иронии судьбы, греческие нововведения были употреблены поначалу противниками Софьи. Венчание Дмитрия-внука шапкой Мономаха грозило похоронить все ее честолюбивые замыслы. Однако Софья не желала признать свое поражение и использовала любые средства, чтобы разжечь распри между Иваном III и старшими боярами думы, поддерживавшими законного наследника Дмитрия. Интрига в пользу удельного князя разрешилась «великими нестроениями» — разрывом между Иваном III и думой.

В январе — феврале 1499 года Иван III приказал казнить главных бояр думы — князя И. Ю. Патрикеева, его сына Василия и зятя князя — С. И. Ряполовского. Заступничество митрополита спасло жизнь Патрикеевым. И. Ю. Патрикеев был пострижен в монахи и отправлен в Троицу, а его сын — в Кирилло-Белозерский монастырь. С. И. Ряполовский 5 февраля 1499 года был обезглавлен на льду Москвы-реки. Через месяц Иван III передал в управление сыну Василию Новгород и Псков. Фактически Василий стал удельным государем, но его владения именовались не уделом, а «великим княжеством». Он принимал участие в решении всех дел, касавшихся Новгородской земли. Что касается Пскова, то местные бояре и население поначалу отказались подчиняться Василию. Псковичи направили послов к Ивану III и его внуку Дмитрию и били челом, чтобы государи держали псковскую «отчину» по старине: «Которой бы был великий князь на Москве, той бы и нам был государь». Иван III велел арестовать послов, и псковичи смирились. Опалы и казни знатнейших бояр, много лет возглавлявших Боярскую думу, показали, что «золотой век» бояр вступил в пору заката. Династическая борьба при дворе Ивана III явилась не единственной и, может быть, не главной причиной падения боярского руководства, правившего страной несколько десятилетий.

После присоединения Новгорода дума должна была решить, как распоряжаться конфискованными землями. В дележе желали участвовать не одни братья Ивана III — Андрей и Борис, но и великие бояре, руководившие войной с Новгородом, а затем возглавившие управление Новгородской землей. Бояре проявили редкое усердие при выселении местных землевладельцев, а затем сделали все, чтобы воспользоваться плодами проведенных земельных конфискаций.

Власти отвергли домогательства удельных князей Андрея и Бориса, но образовали в пределах Новгородской земли удельное княжество для князя Федора Бельского, отъехавшего на Русь из Литвы. В 1482 году Бельский получил «городок Демон [в] вотчину да Мореву со многими волостьми». Не многим меньшие владения достались двоюродному брату Ивана III боярину князю И. Ю. Патрикееву и его сыну Василию. Обширные земли получил его зять слуга С. И. Ряполовский, новгородские наместники Захарьины и другие члены Боярской думы. Фактически члены думы и высшие воеводы разделили между собой лучшие новгородские земли. При этом имели место различные виды пожалований: от вотчин (полной собственности) и поместий (держание земли на условиях службы) до кормлений (право на сбор дохода с подвластного населения). Если бы ведущим боярским семьям удалось сохранить новгородские владения, это привело бы к невиданному усилению могущества московской аристократии. Однако этого не произошло.

Отказавшись от традиционного способа раздела завоеванных земель между боярами, власти приступили к организации поместной системы землевладения. Почти все бояре (Бельский, Патрикеевы, Ряполовский) утратили новгородские владения. Освободившиеся земли стали поступать в поместную раздачу. Служилый помещик зависел от монарха больше, чем боярин-вотчинник. Он владел поместьем, пока исправно нес службу в пользу государя. Среди помещиков можно было встретить знатных лиц, но в большинстве это были рядовые дети боярские — измельчавшие московские вотчинники. Организация поместной системы привела к перераспределению земель внутри российского феодального сословия. Наибольший выигрыш при этом получала не высшая московская аристократия, а казна и нарождавшееся дворянство. Казна сохранила право верховного собственника всех поместных земель. Она отбирала и вновь жаловала поместья, облагала их податями и натуральными повинностями. В распоряжение центральной власти поступали огромные материальные ресурсы. Началась перестройка управления на основах единодержавия. Организация поместного ополчения упрочила военную опору монархии.

Новый курс противоречил вековым обычаям и традициям. Он наносил ущерб материальным интересам боярского руководства, а потому неизбежно должен был вызвать резкие разногласия в думе. Следствием явилась казнь Ряполовского и заточение в монастырь Патрикеевых. Падение старого боярского руководства ускорило реорганизацию всей военно-служилой системы государства. Перед измельчавшими землевладельцами — московскими дворянами (так называли слуг — вольных и невольных — из состава великокняжеского двора) и детьми боярскими открылись перспективы неслыханного обогащения.

В 1499 году Иван III пожаловал Новгородскую землю сыну Василию, тем самым выведя ее из-под управления московской Боярской думы. Все больше служилых людей претендовали на новгородские поместные дачи, и правительству пришлось провести новые конфискации. На этот раз казна наложила руку на владения новгородской церкви. Наиболее точно все эти меры описал псковский летописец: «В лето 7007-го. Пожаловал князь великий сына своего, нарек государем Новугороду и Пскову… Генваря поймал князь великой в Новегороде вотчины церковные и роздал детем боярским в поместье, монастырские и церковные, по благословению Симона митрополита». В 1479 году Софийский дом потерял почти половину владений, а спустя двадцать лет у него отобрали еще половину из оставшихся земель. Из монастырей в том году пострадали лишь шесть самых крупных. Через двадцать лет конфискация коснулась нескольких десятков монастырей. От второй конфискации казна получила значительно больше монастырских сел, чем от первой.

Нетрудно объяснить отчуждение земель у крамольного архиепископа Феофила, возглавлявшего республиканское управление. Значительно труднее было объяснить гонения на Софийский дом, во главе которого стоял московский иерарх архиепископ Геннадий. Владыка пользовался благосклонностью Ивана III и его наместников в Новгороде, что помогало ему в течение многих лет отстаивать церковные земли от покушений казны. При Геннадии в Софийском доме был составлен синодик, грозивший церковным проклятием всем «начальствующим», кто обижает святые божии церкви и монастыри и отнимает у них «данные тем села и винограды». Однако угрозы отлучения не подействовали на правительство. В Москве Геннадий не пользовался прежним влиянием, а бояре Захарьины были уже давно отозваны из Новгорода.

Невзирая на старания Геннадия, вольнодумство в Новгороде не было искоренено. Покровитель новгородских еретиков дьяк Федор Курицын, не обращая внимания на проклятия архиепископа, благоденствовал при великокняжеском дворе. Софийский дом был посрамлен, когда в 1499 году московские вольнодумцы добились назначения своего единомышленника инока Касьяна на пост архимандрита Юрьевского монастыря. Юрьевский архимандрит был старшим после архиепископа иерархом Новгородской земли. Посылка Касьяна в Новгород, вероятно, была связана с готовившейся конфискацией монастырских земель. Несколько лет спустя Касьян был сожжен за ересь.