7 и 8 июля 1-я армия сосредоточилась в Дрисском лагере. Осмотрев его, Барклай-де-Толли дал отрицательный отзыв об этой позиции. Тем не менее Александр продолжал настаивать на выполнении плана Фуля. Был созван военный совет, на котором генералы резко негативно оценили фланговую позицию, так как она не соответствовала стратегической обстановке. Клаузевиц, принимавший участие в этих событиях, вспоминал: «Если бы русские армии сами добровольно не покинули этой позиции, то они бы оказались атакованными с тыла, и безразлично, было бы их 90 000 или 120 000 человек, они были бы загнаны в полукруг окопов и принуждены к капитуляции». Таким образом, уже в самом начале кампании фулевский план был сведен к нулю. Массовое наступление противника на широком фронте привело к единственно правильному решению — отступать, чтобы соединиться с армией Багратиона и дать Наполеону генеральное сражение сосредоточенными силами двух армий.

Наполеон пробыл в Вильно с 28 июня по 16 июля. Жомини считал эту задержку величайшей ошибкой, какую совершил император за всю свою жизнь. По мнению этого военного историка, который прошел войну 1812 года в качестве бригадного генерала в наполеоновской армии, если бы Наполеон, не задерживаясь в Вильно, пошел прямо к Минску, он не дал бы ускользнуть Багратиону, настиг бы и уничтожил его. Но уже в это время император стал получать требования командиров корпусов дать войскам отдых. К тому же требовалось подтянуть отставшие обозы. От недостатка фуража начался падеж лошадей. Болезни угрожающе косили ряды армии с первых дней похода. Достаточно сказать, что при выступлении Наполеона из Вильно даже из немногих отборных полков, стоявших в самом городе, 3000 больных и раненых солдат были оставлены в городе. Но хуже всего, даже хуже болезнетворной жары, было неожиданное, в высшей степени тяжелое положение с продовольствием для людей и кормом для лошадей. Быстрота движения армии, за которой не мог угнаться обоз, порождала голод и мародерство.

У Наполеона были заготовлены колоссальные магазины, обильнейшие запасы, но все эти бесконечные фуры не могли догнать быстро двигающуюся армию, и, еще даже не войдя в пределы России, солдаты стали грабить население. Надежда на широкое использование местных продовольственных и фуражных ресурсов не оправдалась, русские старались уничтожать все, что могло бы оказаться полезным врагу. При остановках на ночлег в деревнях создавалось необычайное скопление войск, что лишало наполеоновских солдат необходимого отдыха. Даже когда были мука и мясо, полковые пекарни и кухни не успевали из них готовить еду для такого количества людей.

Уже 2 июля, через восемь дней после вторжения в русские пределы, Наполеон подписал суровый приказ по армии: арестовывать всех солдат, уличенных в грабеже и мародерстве, предавать их военно-полевому суду и в случае обвинительного приговора расстреливать немедленно. Но даже частые казни, перед чем никогда не останавливался маршал Даву, не помешали непрерывным грабежам со стороны войск 1-го корпуса французской армии, занявших Минскую губернию; о других корпусах нечего и говорить.

Дисциплина в «Великой армии» совсем не походила на обычную дисциплину наполеоновских войск, так восхищавшую военных того времени. Да и сама армия была не та, что прежде. Французы в ней на этот раз составляли меньшинство, преобладали же немцы, итальянцы, голландцы, португальцы, испанцы, хорваты, швейцарцы. Никогда еще Наполеону не приходилось в самые первые дни войны выслушивать столько докладов о дезертирах, об отстающих, о солдатах, покидающих ночью полк, чтобы, собравшись в шайки, заниматься мародерством. В немецких частях начались беспорядки. Вюртембергскую бригаду пришлось даже расформировать. Дело дошло до того, что император приказал своему начальнику штаба Бертье передать 4 июля маршалу Нею повеление: «Разослать отряды кавалерии под начальством офицеров главного штаба, чтобы изловить отставших, многие из них совершают преступления и кончают тем, что попадают в руки казаков».

Учитывая это, Наполеон решил приостановить действия против 1-й русской армии и ограничиться окружением армии Багратиона. Группу Даву император усилил дивизией Клапареда, входившей в состав Молодой гвардии.

Попытка Багратиона пробиться на соединение с 1-й армией через Вилейку не удалась, город уже был занят  французами. Тогда он повернул на Минск, но и здесь его армия была опережена войсками Даву. Положение Багратиона казалось отчаянным. У него насчитывалось около 40 000 человек, так как целых две дивизии были уже в начале преследования отброшены на Волынь. За ним гнались маршал Даву с 70 000, Понятовский с 35 000, король Вестфальский Жером Бонапарт с 16 000, Груши с 7000 и Латур-Мобур с 8000 солдат. Даже если из этого количества вычесть отставших, больных и мародеров, то все равно оставалось около 100 000 свежего, великолепно вооруженного войска с обильной кавалерией. И все-таки Багратион ушел. Французские командиры сваливали вину один на другого. Отбиваясь с обычным своим мастерством и упорством от наседавшего на него Даву, Багратион бросился к югу и здесь мог бы погибнуть, если бы Жером Бонапарт пришел вовремя и перерезал ему путь. Однако последний промедлил, и Багратиону удалось уйти раньше, чем сомкнулись французские клещи. Он повернул на Несвиж, чтобы, двигаясь через Слуцк, Бобруйск, Могилев, выйти на соединение с армией Барклая-де-Толли. При этом Александр I выражал недовольство действиями Багратиона, так как считал, что 1-я армия делает ошибку, отходя к Дриссе, и требовал от Барклая начать совместные действия. 3 июля он писал к Ермолову: «Стыдно носить мундир, ей-богу, я болен... Что за дурак... Министр Барклай сам бежит, а мне приказывает всю Россию защищать. Пригнали нас на границу, растыкали, как шашки, стояли, рот разинув, загадили всю границу и побежали...»

Отступление 2-й армии сопровождалось частыми стычками с наседавшими французскими войсками. Особенно ожесточенные бои вели казаки атамана Платова, которые прикрывали тыл армии Багратиона. 9 и 10 июля войска Платова разбили около местечка Мир кавалерийскую дивизию генерала Рожнецкого, а 14 июля около Романова уничтожили два кавалерийских полка противника. Эти победы облегчили отход 2-й армии, но положение ее оставалось опасным. Находясь в Слуцке, Багратион узнал, что кавалерия Даву движется на Бобруйск. И на этот раз русский генерал вывел свою армию из трудной ситуации. Осуществив переправу через Березину под прикрытием гарнизона Бобруйской крепости, он направился к Могилеву. Даву подошел к Могилеву раньше Багратиона. 22 июля французы заняли удобную позицию в 11 километрах от города у деревни Салтановка и стали ждать подходившую армию Багратиона. В тот же день состоялся встречный бой между французскими и русскими войсками. Багратиону не удалось прорваться, он оставил у Салтановки корпус генерала Раевского, а сам с основными силами скрытно отошел к Новому Быхову и 25 июля переправился через Днепр.

Весь день 23 июля кипело сражение у Салтановки, где держался арьергард Раевского. По напряженности боя Даву считал, что перед ним вся армия Багратиона, он даже начал готовиться к генеральному сражению. Но на следующий день Раевский отступил. Только через двое суток Даву узнал, что армия Багратиона вышла из окружения и находится уже на левом берегу Днепра, 2-я Западная армия через Чериков и Мстиславль двигалась к Смоленску. В это время армия Тормасова пыталась выдвинуться на сообщения противника, но после неудачного боя у Городечны начала отступление южнее Пинских болот.

Наполеон был очень недоволен неожиданным спасением Багратиона от неминуемого, казалось, разгрома и плена. Правда, все-таки частично Даву исполнил повеление императора: багратионовская армия не была допущена к Витебску и только в Смоленске могла соединиться с армией Барклая-де-Толли. Во всяком случае следовало немедленно извлечь пользу из того обстоятельства, что Багратион ушел, а армия Барклая-де-Толли могла располагать только собственными силами. Почти одновременно с сообщением о переходе 2-й русской армии на левый берег Днепра в Вильно к Наполеону пришла и другая весть: оказалось, что 16 июля Барклай-де-Толли со всем войском внезапно покинул укрепленный лагерь в Дриссе и пошел к Витебску.