На этот раз в России готовились к войне гораздо серьезнее, чем в предыдущую кампанию. 3 ноября 1806 года па помощь уже, по сути дела, разгромленной Пруссии был отправлен 60-тысячный корпус Беннигсена, а чуть позже — еще один корпус, насчитывавший 40 000 человек во главе с генералом Буксгевденом. Согласно коалиционному договору русские войска должны были действовать на территории Германии и снабжаться за счет Пруссии. Разгром пруссаков в корне изменил обстановку: теперь борьбу предстояло вести на территории Восточной Пруссии. В создавшихся условиях перед русской армией была поставлена задача не допустить вторжения французов в пределы Российской империи.

После перехода русских войск через границу выявилась необходимость установить единое командование, в силу того что из резерва прибыл к театру предстоящих действий корпус генерала Эссена-первого. С его прибытием все военные силы, образовавшие так называемую Заграничную армию, составляли 159 000 человек при 624 орудиях. Русские войска под общим командованием фельдмаршала Каменского сосредоточились к концу ноября в районе Пултуск, Остроленка, Брест Литовск, имея передовые отряды на Висле.

30 ноября Наполеон двинул свои войска к Висле, имея 150 000 человек и 600 орудий. Разделившись на две колонны, французская армия пошла в направлении Варшавы, Плоцка и Торна. У Торна разместились корпуса Нея, Бернадота и часть гвардии Бессьера; у Плоцка — корпуса Сульта и Ожеро; у Варшавы — корпуса Ланна, гвардия и кавалерия Мюрата; у Модлина — корпус Даву. Наполеон планировал разгромить русскую армию до соединения ее с прусским корпусом генерала Лестока, который прикрывал Восточную Пруссию. Активные действия начались 7 декабря. Левому крылу французской армии была поставлена задача выступить к Страсбургу, чтобы отрезать Лестока от русской армии, а затем действовать против русского правого фланга и тыла. Центр ударом на Са-хочин должен был отбросить русские войска на восток, к реке Нарев. Правое крыло должно было выступать из Варшавы к Черновой, обойти левый фланг русских и завершить их окружение.

 Русская армия, ведя упорные арьергардные бои, отходила к реке Нарев. В результате множества мелких стычек и маневров большая ее часть сосредоточилась у Пултуска, где Каменский решил дать генеральное сражение французам. В это время Наполеон, рассчитывая окружить и уничтожить русских в районе Голымина, северо-западнее Пултуска, где по ошибочным данным французской разведки находились главные силы противника, с основной группировкой своих войск двинулся к этому пункту, а корпус Ланна направил к Пултуску с задачей выйти в тыл русским и отрезать их от переправ через Нарев.

В ночь 26 декабря Каменский внезапно отказался от принятого решения и приказал войскам отступать в Россию. Сам же, сняв с себя командование, выехал в тыл. Его поступок историки объясняют только следствием душевного расстройства, у фельдмаршала попросту «поехала крыша». Последний его приказ об отступлении не дошел до всех частей, внес невероятную путаницу и едва не привел русскую армию к катастрофе.

Отъезд фельдмаршала означал безначалие. Никто из генералов, командовавших корпусами, не желал подчиняться друг другу. Особенно сильной была вражда между Беннигсеном и Буксгевденом, что, естественно, отрицательно влияло на ход боевых действий. Получив приказ об отходе к русским границам, Беннигсен решил не подчиняться старшему по чину Буксгевдену, мотивируя это необходимостью собрать все силы и все же дать бой. В составе корпуса Беннигсена было около 45 000 человек и 200 орудий. Корпус Эссена повернул на Россию, а Буксгевден нерешительно топтался на месте, не желая соединиться с Беннигсеном.

Утром 26 декабря под Пултуском произошло кровопролитное сражение, длившееся весь день. Весь корпус Беннигсена расположился впереди города, упираясь в него левым флангом. Пехота встала в две линии, впереди нее развернулись шесть полков регулярной кавалерии и казаки. Третью линию составлял резерв.

Подойдя к Пултуску, Ланн, имея 20 000 человек и 120 орудий, решил атаковать Беннигсена, рассчитывая на помощь Наполеона. Битва была яростной и французы вынуждены были отступить, потеряв около 6000 убитыми и ранеными. Русские потери составили более 3000 человек. Несмотря на полный успех, Беннигсен решил отойти к Остроленке. Он вынужден был это сделать, исходя из общего неблагоприятного положения дел и вследствие непосредственной угрозы со стороны главных сил Наполеона.

Одновременно произошло кровопролитное сражение у Голымина между дивизиями Дохтурова, Голицына и 12 кавалерийскими корпусами Беннигсена, с одной стороны, и корпусами Ожеро, Даву и Сульта — с другой. Невзирая на тройное преимущество неприятеля, русский войска под командованием Голицына сдерживали атаки главных сил французов в течение дня и только к вечеру начали отход. Русские полки отошли в полном порядке. Французы их не преследовали.

Декабрьские сражения показали наполеоновским солдатам, что им придется иметь дело не с упавшими духом пруссаками, а со свежими и стойкими полками русских. Уже на первом этапе войны достаточно ясно выявились преимущества новой организации русских войск. С переходом в 1806 году к дивизионной системе в руках командира дивизии находилось 15—20 тысяч человек, дивизия могла в течение 1—2 суток вести самостоятельный бой до подхода главных сил. Это было неожиданностью для Наполеона. Задуманный им план окружения и разгрома русской армии у Пултуска провалился. Перспектива затяжной войны не устраивала Наполеона, поэтому он сделал попытку приступить к мирным переговорам, но неудачно.

Противники разошлись на зимние квартиры, при этом, как писал Меринг: «Обе стороны были охвачены неприятным ощущением того, что здесь столкнулись противники, непобедимые друг для друга. Французские войска еще никогда не сражались в такой суровой и негостеприимной местности; искусство их стрелков, умевших сбивать своим метким огнем тонкие и длинные линии наемного войска, было бессильно против крепких, стоявших друг за другом бесконечных рядов русской пехотной массы, привычной ко всем невзгодам северного климата; Наполеон был принужден... возвратиться к старому, отвергнутому им методу войны, расположив свои войска на зимних квартирах и начав брать крепости, находившиеся у него в тылу».

После сражения у Пултуска Наполеон, не решившись преследовать русскую армию, принял решение утвердиться на Висле, подтянуть подкрепления из Франции и подготовиться для дальнейшего ведения войны. К началу 1807 года французская армия насчитывала до 200 000 человек, а русские увеличили свои силы до 105 000 человек. Боевые действия были перенесены с польского театра военных действий в Восточную Пруссию, там у пруссаков сохранилась последняя военная база в Кенигсберге. Наполеон рассчитывал пробыть в Варшаве до весны, где у него бурно развивался роман с Валевской, но уже в начале января он узнал, что русские начали движение, и спешно уехал в армию.

Русская армия под командованием генерала Беннигсена, базировавшаяся на Кенигсберг, развернула в начале января наступление от Бялы на запад, с целью разгромить по частям выдвинутые вперед корпуса Нея и Берна-дота. Русским удалось заставить отступить Нея, но из-за нерешительности Беннигсена поставленная задача выполнена не была.

20 января Наполеон, собрав свои войска с зимних квартир — около 70 000 человек при 450 орудиях — двинул их от Алленштейна на север с целью отрезать русскую армию от сообщений с Россией, окружить и уничтожить ее. Бениигсен, узнав об этом, отвел войска к Прейсиш-Эйлау 7 февраля на подступах к городу арьергард Багратиона сдержал превосходящие силы противника, обеспечив главным силам русской армии занятие позиций на высотах севернее города.

Задача русских заключалась в том, чтобы в оборонительном бою нанести противнику решительный удар и не допустить его прорыва к Кенигсбергу. В связи с этим их войска расположились северо-восточнее Прейсиш-Эйлау, упираясь своим правым крылом в деревню Шлодиттен, а левым к мызе Клейн-Саусгартен. Таки образом, русские войска занимали позицию, которая одновременно прикрывала две дороги — одну на Кенигсберг, а другую на Фридланд, ведущую к русской границе. Две линии фронта сходились под тупым углом в одной версте от Эйлау. В вершине этого угла была сооружена мощная батарея, вооруженная 70 орудиями. У деревни Шлодитен была возведена батарея на 60 орудий, у Заусгартена находилась батарея в 40 орудий. Русская армия построилась по дивизиям, имея в первой линии развернутые батальоны с действующими впереди в рассыпном строю стрелками, во второй — батальонные колонны, в третьей — общий резерв. Две легкие артиллерийские роты были поставлены рядом с шлодитенской батареей, а остальные — в интервалах между полками. Центральная батарея была прикрыта с фронта Московским и Шлиссельбургским полками. Наполеону не удалось своевременно обнаружить эту батарею, и данное обстоятельство стало роковым для корпуса Ожеро. Начальником всей русской артиллерии был назначен генерал Резвый. Конницу разделили на три группы, которые располагались за правым флангом, центром и левым флангом, находясь под общим командованием генерала Голицына.