Английской короне пришлось также вступить в серьезные конфликты на Британских островах. Отчасти они являлись естественным продолжением давнего противостояния. Это в особенности относится к нежеланию независимой Шотландии следовать английской политике и к ослабевшей власти англичан в Ирландии.

Первое застарелое противостояние переходило в войну дважды за правление Генриха VIII. Шотландия рассчитывала на поддержку Франции, так как Франция была главным соперником Англии и потому была кровно заинтересована в шотландской независимости. Шотландские отряды оказали французам значительную помощь в войне с Англией в начале XV в. Французско-шотландский союз, возобновленный в 1512 г., привел к войне между Шотландией и Англией в 1513 г., когда разгорелся очередной англо-французский конфликт. Яков IV, имевший некоторые причины для недовольства Генрихом VIII, своим шурином, включая разногласия по поводу пограничных набегов, исполнил свои обязательства перед Францией, вступив в Англию с самой большой армией, которая когда-либо до сих пор вторгалась в английские земли с севера и насчитывала 26 000 человек, включая французский контингент, призванный обеспечить применение новейших военных приемов. 20-тысячное английское войско во главе с графом Серреем остановило шотландское наступление при Флоддене. Шотландские копейщики были разбиты более мобильными английскими алебардщиками. Поражение при Флоддене имело весьма серьезные последствия для Шотландии. В битве погибли сам Яков IV и по меньшей мере 5000 (а возможно, и 10 000) его подданных.

Его юный наследник Яков V (1513-1542) сначала состоял под покровительством своего отчима Арчибальда Дугласа, 6-го графа Ангуса, однако в 1515 г. Джон Стюарт, 4-й герцог Олбани, захватил регентство и вынудил мать Якова Маргариту передать короля под его опеку. Герцог Олбани утратил власть в 1524 г., однако в 1528 г. Яков во время охоты бежал от графа Ангуса. Замок Дугласа в Танталлоне был осажден королевскими войсками, и Дуглас был вынужден бежать в Англию. Оппозиция со стороны аристократии была сломлена походами Якова в пограничные области в 1530 г. и на Западные острова в 1540 г. Укрепление королевской власти в областях, где до сих пор она имела слабое влияние, характеризует также и правление Генриха VIII. Оба короля стремились к упрочению королевского могущества.

Яков оказывал сопротивление распространению протестантизма, предложив Парламенту 1541 г. меры для защиты католичества, хотя, с другой стороны, понимал необходимость определенных реформ и использовал беспокойство папского престола, чтобы увеличить свое влияние на церковь. В 1542 г. на Шотландию напал Генрих VIII, который стремился обеспечить себе тыл перед планируемым вторжением во Францию. Шотландское нападение на Англию было отбито при Солуэй-Мосс в ноябре 1542 г., а через месяц Яков скончался, оставив престол своей недавно родившейся дочери Марии. Когда в 1547 г. умер Генрих VIII, и в Англии, и в Шотландии ситуация оказалась весьма шаткой, поскольку в обеих королевствах царствовали юные и слабые монархи.

Английское давление на Шотландию возросло начиная с 1547 г., когда в страну вступил с войском герцог Сомерсет, который стремился укрепить английское и протестантское влияние в Шотландии, чтобы тем самым оторвать ее от союза с Францией. В битве при Пинки шотландская армия была наголову разгромлена английской артиллерией и лучниками. Сомерсет воспользовался победой, заняв много замков, в которых поставил английские гарнизоны, но эта политика не доставила англичанам популярности, ввела казну в огромные расходы, и в 1549 г. правительство было вынуждено отказаться от ее проведения ввиду французского вмешательства. Шотландия была завоевана только в 1650-1652 гг. Впрочем, до тех пор исторические судьбы Шотландии и Англии все больше сближались как вследствие принятия шотландцами Реформации по итогам деятельности Парламента 1560 г., так и в результате династической унии, установившейся в  1603 г.

Благодаря принятию Реформации Шотландия и Уэльс интегрировались в общебританскую политику и обрели британское самосознание. Однако Ирландия Реформацию отвергла, и это явилось ключевым фактором, обусловившим отклонение Ирландии от общей модели британского развития. Генрих VIII стремился продолжить политику отца и упрочить власть Тюдоров в Ирландии, но Реформация изменила положение дел. В 1534 г. поднял восстание Томас, граф Килдар, предложив звание верховного правителя Ирландии вместо раскольника Генриха VIII папе или императору Карлу V, однако в следующем году потерпел поражение от англичан. Парламент 1536-1537 гг. признал Генриха верховным главой ирландской церкви, объявил законными наследниками потомков Генриха от брака с Анной Болейн, а позднее одобрил роспуск монастырей. В 1541 г. ирландский Парламент признал Генриха «королем Ирландии», а не просто ее правителем. Гэльским вождям предложили следовать английским законам и принять хартии, подтверждающие их права на земельные владения. Это можно рассматривать как попытку безболезненно включить их в структуру английского управления. Подобная примирительная политика не нашла продолжения после смерти Генриха VIII, однако она в любом случае вряд ли имела бы успех, учитывая призрачность английской власти над большей частью острова.

Уэльс принял Реформацию почти что без противодействия, и это облегчило изменения в административной системе. Полагали, что существует угроза вторжения в Уэльс со стороны Испании и Ирландии, а управление пограничными областями оставляло желать лучшего. Законодательными актами  1536-1543 гг., актами об объединении, весь Уэльс был включен в английскую систему управления. Статуты  1536 г. устанавливали представительство в Парламенте от всего Уэльса. Валлийские подданные уравнивались с англичанами перед законом, хотя юридическим и судебным языком объявлялся английский. Пограничные области превращались в графства и как таковые получали представительство в Парламенте. На Уэльс распространялись все английские нормы наследования, правосудия и администрирования. В 1543 г. было отменено валлийское земельное право. Введение мировых судов, состоявшееся в 1536 г., дало в руки валлийского дворянства важный инструмент самоуправления.

Впрочем, Уэльс не управлялся точно так же, как Англия, поскольку в приграничных областях продолжали существовать Советы, а с 1542 г. Уэльс получил собственную судебную систему — общие сессии, которая продержалась до 1830 г. И все же самостоятельность приграничных областей ушла в прошлое, а в Уэльсе была создана единообразная система администрации. Обычное право служило важным фактором самоидентификации валлийцев, и вскоре после его отмены барды стали оплакивать упадок «валлийского духа». Однако уравнивание в статусе заложило основы более взаимовыгодных отношений между валлийской элитой и правительством. В преамбуле к Акту об Объединении от 1536 г. заявляется цель «искоренить темные устои и обычаи», разделяющие Англию и Уэльс, и постановляется, что валлиец не может занимать какую-либо должность, если он не знает английского. Это постановление преследовало задачу сохранить власть в руках тех, кто уже и так ею владел — дворян и духовенства, способных сотрудничать с англичанами и обладающих соответствующим образованием. Представители высших слоев валлийского общества отличались прекрасной мобильностью и издавна получали образование в Оксбридже и в Судебных иннах в Лондоне.

Реформация оказала на население Уэльса более непосредственное воздействие, чем административные перемены. Хотя к этому времени монастыри и часовни пришли в упадок, их роспуск принес выгоду местным дворянам-землевладельцам и нарушил жизнедеятельность многих общин. Изменения затронули образование и пособия для бедных. Хотя Реформация в Уэльсе была воспринята без особого энтузиазма, а в некоторых районах удерживалось католичество, здесь не было ничего похожего на то сопротивление религиозным реформам, которое наблюдалось в Англии, Ирландии и Шотландии.