Елизавета была самым опытным политиком в своем королевстве, всеми силами удерживая королевские прерогативы, но умея и идти на уступки; умело лавируя, одновременно не давая повода заподозрить себя в слабости; искусно управляя придворными и заставляя министров проявлять свои лучшие качества. У нее были фавориты, но она была готова принести их в жертву политическим интересам. Елизавета не оспаривала стереотипы своей эпохи, согласно которым женщина во всех отношениях стояла ниже мужчины, но утверждала, что она — исключение, поскольку избрана Богом в качестве орудия Божьей воли. Она удачно справлялась с разногласиями между своими советниками, но с трудом контролировала военачальников. Она была умна и прагматична, но с трудом привыкала к переменам.

Благоволение Елизаветы к протестантам вызывало тревогу у католиков.

Елизавета правила Англией 44 года, дольше, чем любой другой английский монарх, за исключением Эдуарда III. Она сыграла важнейшую роль в определении политического и религиозного характера тюдоровской Англии. Она была умна и прагматична, но с трудом приспосабливалась к изменениям. Елизавета не осуждала общественные стереотипы, при которых женщины считались существами низшего сорта, но считала себя исключением из этого правила, поскольку Бог избрал ее своим орудием.

Около 500 церковнослужителей отказались принять введенные ею правила, а многие удалились на континент, где создали семинарии для обучения будущих миссионеров, которые должны были проповедовать католицизм в Англии. Наибольшую известность стяжала семинария в Дуае, основанная в Нидерландах, в то время находившихся под властью Филиппа II Испанского, в 1568 г. В том же году Мария Шотландская, наследница английской короны, бежала в Англию, где была взята под стражу. Ее присутствие в стране способствовало активизации недовольных.

В 1569 г. при дворе возник заговор. Заговорщики ставили себе целью сместить главного министра Елизаветы Уильяма Сесиля, выдать Марию Шотландскую замуж за герцога Норфолка, вождя консервативной религиозной партии, и вынудить королеву признать ее наследницей престола. Заговор был раскрыт, но повлек за собой восстание на севере, которое подняли его участники, в частности графы Нортумберленд и Вестморленд, положение которых было весьма непрочным, так как они не пользовались расположением королевы. Графы подали знак к началу восстания, заняв Даремский собор и проведя в нем мессу. Католическое богослужение было восстановлено во многих церквях. Однако восставшим, двинувшимся на юг, не удалось освободить из заключения Марию Шотландскую. При наступлении более сильной королевской армии мятежники бежали. Граф Нортумберленд был казнен, а титулы и почести дома Невиллов — рода графов Вестморлендов — были уничтожены. Около 200 рядовых участников восстания были повешены в графстве Дарем, а дома их были разграблены. С более состоятельными мятежниками обошлись более милостиво, и, как замечает один комментатор, «простые люди говорили, что бедных казнили и ограбили, а знатным и богатым все сошло с рук».

За Северным восстанием последовало отлучение от церкви и низложение Елизаветы, объявленные папой в 1570 г., и ряд заговоров в пользу Марии Шотландской — в частности, заговоры Ридольфи (1571-1572 гг.), Трокмортона (1582 г.) и Бабингтона (1586 г.). Елизавета не хотела привлекать к ответственности Марию, царственную особу и свою родственницу, но в 1586 г. были перехвачены ее письма, из которых явствовало, что она согласилась с планами Бабингтона убить Елизавету. Вследствие этого Мария была обвинена в государственной измене, хотя это обвинение вызывало серьезные сомнения, поскольку Мария вовсе не была английской подданной, и обезглавлена в замке Фотерингей (1587 г.).

К тому времени Англия вступила в крупномасштабную войну, которая началась в 1585 г. из-за поддержки, которую Елизавета оказывала нидерландским повстанцам (по большей части, протестантам), поднявшим восстание против ее бывшего зятя Филиппа II Испанского. Особенно раздражение у испанского короля вызвала отправка войск под началом графа Лестера, фаворита Елизаветы, по Нансачскому договору с восставшими (1585 г.), а также морские набеги на испанские колонии и корабли, совершавшиеся с ее молчаливого согласия.

Английские войска не сыграли заметной роли в голландском восстании, но их участие подтолкнуло Филиппа к решению напасть на Англию. Однако Филипп не сумел привести к единому знаменателю два различных плана: план морского вторжения в Англию из Испании (короли которой были также королями Португалии с 1580 по 1640 гг.), и план переправки через Па-де-Кале из Нидерландов испанской армии под началом Алессандро Фарнезе, герцога Пармского. Испанцев также сильно задержали необходимые приготовления и успешное нападение сэра Фрэнсиса Дрейка на главную испанскую морскую базу в Кадисе (апрель 1587 г.). В следующем году армада, состоявшая из 130 кораблей, перевозивших 19 000-ю армию, выступила из Лиссабона с целью войти в Ла-Манш и прикрыть переправку войск Алессандро Фарнезе. Из-за штормов флот был вынужден зайти на ремонт в Ла-Корунью, а в июле он появился у входа в Ла-Манш. Направляясь к Кале, испанские корабли, держа строй, подверглись английской бомбардировке, но она почти не нанесла им вреда, и на протяжении девятидневных стычек испанцы не нарушили строй. Однако преимущество англичан заключалось не только в лучших мореходных качествах, но и в том, что их пушки стояли на компактных четырехколесных лафетах и потому быстро перезаряжались, а у испанцев подобное снаряжение отсутствовало.

Когда испанский флот встал на якорь у Кале, оказалось, что у Фарнезе не хватает судов, чтобы посадить на них свою армию. Испанский строй был нарушен из-за ночной атаки англичан, применивших брандеры, а затем английский флот нанес испанцам значительные повреждения в битве у Гравелина. Сильный ветер отнес армаду в Северное море, и она вернулась в Испанию, обогнув северный берег Шотландии и западный берег Ирландии, понеся серьезный урон из-за штормов и кораблекрушений.

Такие потери обученных и опытных солдат и моряков нанесли Испании серьезный удар, однако флот был вновь отстроен, а сами англичане не видели возможности одержать решительную победу. В 1589 г. Фрэнсис Дрейк произвел успешное нападение на Ла-Корунью, но после этого его экспедицию ждали одни неудачи. Дрейк не был стратегом: он не сумел взять Лиссабон; а попытка перехватить у Азорских островов испанский флот, везущий сокровища из Нового Света, закончилась провалом. Английские корабли изрядно потрепал шторм. На примере армады и «ответной английской армады» очевидны недостатки военно-морских операций той эпохи, не в последнюю очередь проистекающие от уязвимости кораблей к штормам, сложности проведения совместных действий армии и флота, а также проблем со снабжением больших флотов.

Поражение армады вызвало к жизни национальную гордость, отразившуюся в политическом языке и драматургии той эпохи. Ветер, разбросавший испанский флот, был приписан воле Провидения. Впоследствии, наряду с раскрытием Порохового заговора (1605 г.) и Славной революцией (1688 г.), это событие послужило основой для создания образа хранимого Богом государства.

Однако большие военные расходы вызвали затруднения. Королевская фискальная политика, особенно продажа монополий на производство или торговлю определенными товарами, а также дополнительные налоги, навлекла на правительство острую критику со стороны Парламента в 1597 и 1601 гг. и не доставила государству средств, необходимых для одержания победы в войне. Пуританство также служило предметом для парламентских споров, особенно обострившихся в 1587 г., когда пуритане, члены парламента, попытались провести законы в пользу пресвитерианской церкви. Это был неудачный ход, который вызвал ожесточенные споры между Елизаветой, не желавшей никаких перемен в религиозной сфере, и некоторыми членами Парламента. Елизавета столкнулась с определенными сложностями в попытках сформировать стабильное правительство после смерти своих давних соратников — Уильяма Сесиля (лорда Беркли), Лестера и Уолсингема. Борьба с Филиппом II набирала обороты, и Елизавета между 1589 и 1597 гг. отправляла войска на помощь антииспанской партии во французской религиозной войне. Экспедиции в Бретань и Нормандию не имели особого успеха, но, тем не менее, помогли Генриху IV упрочить свое положение. В свою очередь, Филипп поддерживал заговорщиков на Британских островах, вел переговоры с аристократами-католиками в Шотландии и Ирландии.