Следующим летом Кромвель использовал свой перевес на море, чтобы обойти с фланга шотландцев в Стерлинге и занять Перт, но тогда Карл двинулся в Англию, надеясь поднять роялистов на восстание. Он прибыл в Виган 15 августа, но, не сумев набрать достаточно сил, решил отправиться к границам Уэльса, а не идти прямо на Лондон. Однако Шрусбери закрыл перед ним ворота, и, когда Карл 24 августа прибыл в Вустер, его войско практически не пополнилось сторонниками. Его противники 24 августа сосредоточили свои силы у Уорика, а затем двинулись на Вустер, сумев захватить переправу через Северн у Аптона. Парламентские войска, насчитывающие около 30 000 человек под началом Кромвеля, 3 сентября начали наступление на Вустер с нескольких направлений. Роялисты, численностью около 12 000 человек, предприняли поначалу успешную лобовую атаку на позиции Кромвеля, но численный перевес парламентской армии дал себя знать, и роялисты были разгромлены. Прячась по домам своих приверженцев, Карл II бежал во Францию, но дело Стюартов в Англии погибло. К лету 1652 г. англичане захватили всю Шотландию. Шотландский государственный строй больше не мог служить примером альтернативного устройства. Шотландский Парламент и исполнительный совет были распущены. В 1654 г. шотландцам предложили послать своих представителей в лондонский Парламент. Принимались меры по введению в Шотландии английских законов. В шотландских крепостях были поставлены английские гарнизоны, а управление осуществлялось комиссарами, присланными из Англии. В 1650-х гг. положение в Шотландии ухудшилось: знать лишилась своих наследственных прав, а народ был обложен высокими налогами.

Сила, активность и энергия республиканского правительства в полной мере проявились в его агрессивной внешней политике. Торговое соперничество с Голландией и подозрения относительно ее намерений привели к Первой Англо-голландской войне (1652-1654 гг.). Мощь республиканского флота и искусство его адмиралов, особенно Роберта Блейка, позволили Англии выиграть морскую войну, хотя она и вызвала большие расходы. Военные успехи способствовали международному признанию республики. В отличие от эпохи Реформации, было ясно, что республике не страшно иностранное вторжение; ее основные проблемы исходили изнутри.

В самом республиканском лагере, действительно, существовали серьезные различия. Разногласия по религиозным вопросам были связаны со спорами о положении армии и конституции. Раз изменив положения конституции силой, было сложно устоять перед желанием внести в нее следующие изменения, прибегнув к испытанному средству — насилию. Социальный и религиозный радикализм, какой бы незначительной поддержкой он ни пользовался на самом деле, чрезвычайно беспокоил многих сторонников республики. Множество сект и групп, включая маглетонов, диггеров, квакеров и рантеров, выдвигали различные радикальные требования, включая обобществление пустующих земель и отмену Церкви и сословия юристов, провозглашали главенство личного откровения над писанием и утверждали, что Второе пришествие грядет в ближайшее время.

Эти разногласия заставили Кромвеля, главнокомандующего республиканской армией, в апреле 1653 г. закрыть Парламент, в котором заседало «охвостье», оставшееся после чистки Прайда. Был созван новый государственный совет для управления страной, состоявший по большей части из военных, и назначенный «Парламент», известный под названием «Бэрбонский Парламент», по имени одного из его радикальных членов, «Благословенного Бэрбона». В этом Парламенте впервые появились представители от Шотландии и Ирландии, хотя в большинстве своем это были англичане, служившие в этих странах. Парламент состоял преимущественно не из членов традиционной правящей элиты, а из мелкопоместного дворянства. Впрочем, вряд ли можно сказать, что они лучше представляли народные интересы, чем бывшие парламентарии, поскольку они не избирались, а назначались советом офицеров. В ходе единственной систематической реформы избирательной системы до первого акта о реформе (1832 г.) места от городов с незначительным числом избирателей были заменены местами от графств и отдельным представительством от развивающихся индустриальных центров, таких как Бредфорд, Лидс и Манчестер. Было расширено право голоса. Однако оторванный от основной массы населения режим не предпринимал шагов, чтобы повысить свою популярность.

Парламент Бэрбона разделился между радикалами, которые хотели, например, отменить церковную десятину и право элиты назначать приходских священников, а также право собственности, и более умеренной частью. Это привело к роспуску Парламента в декабре 1653 г., оставившему после себя вакуум власти, который Кромвель, как главнокомандующий, был обязан заполнить. Он так и сделал, став лордом-протектором. Для человека, рожденного в среде хантингдонского мелкопоместного дворянства, не имевшего арендаторов и вынужденного зарабатывать себе на жизнь, это был, возможно, самый поразительный пример социальной мобильности в британской истории, хотя на самом деле это следует считать побочным эффектом самой масштабной политической революции за все время существования Англии. В 1657 г. Кромвель сказал членам Парламента, что он занял этот пост, «из желания предотвратить величайшие несчастья и злодеяния, которые, как я видел, нависли над народом». До своей смерти в 1658 г. Кромвель самовластно управлял страной, пусть и не носил короны, но его ждали непростые отношения с Парламентом, а на местах не пользовалось популярностью решение облечь властью генерал-майоров, получивших указание обеспечивать безопасность и способствовать созданию праведного и деятельного королевства (1655 г.). К тому же это решение затрудняло демилитаризацию власти. Готовность Кромвеля принести в жертву конституционную и институционную преемственность и его пренебрежение внешними формами не вызывали одобрения, как и религиозные «реформы» республиканской Англии, такие как введение гражданского брака, нападки на воцерквление женщин после рождения ребенка, изменения в обряде крещения, допуск в страну евреев (после их изгнания при Эдуарде I в 1290 г.) и терпимость по отношению к сектам и обрядам, которые у многих вызывали негодование. Парламент уже запретил есть пироги с начинкой и рождественский пудинг на Рождество в 1646 г. Политический, социальный и религиозный консерватизм, и так бывший достаточно сильным, еще больше укрепился опытом, испытанным обществом в 1650-е гг. «Набожные» фанатики не были ни многочисленны, ни едины: некоторые их проповедники сравнивали Англию с Израилем после Моисея, так как она проявила черную неблагодарность, получив Божьи дары. Гонения на народные обряды, сочтенные суеверными, папистскими или невежественными, такие как Рождество или танцы вокруг майского дерева, а также на театры, вызвали недовольство: позднее Даниель Дефо утверждал, что за первые пять лет после Реставрации монархии в 1660 г. было воздвигнуто 6325 майских деревьев. В 1650-х гг. враждебность к пуританству переплеталась с недовольством жестким, радикальным и незаконным режимом. Война с Испанией (1655-1659 гг.) позволила Англии завладеть Ямайкой, но надежды на завоевание Кубы и Гаити оказались сверхоптимистичными, а военные расходы вызвали финансовый кризис.

В Уэльсе за поражением роялистов последовало создание нового порядка управления, в котором главную роль сыграла попытка насадить радикальное пуританство. По Акту от 1650 г. о «Наилучшей Пропаганде Евангелия в Уэльсе» был назначен 71 комиссар для организации евангелической церкви. 278 священников-англикан были лишены имущества, их десятины и приходы переданы в распоряжение комиссаров, которые по своему усмотрению пользовались этими доходами, а вместо них были назначены странствующие пуританские проповедники. Одним из самых выдающихся проповедников был Вавасор Пауэлл, получивший на войне пулевое ранение и услышавший голос с небес: «Я избрал тебя для проповедования Евангелия». Как и в Англии, в Уэльсе междуцарствие отличалось общей растерянностью и неспокойствием. Радикальные политические и религиозные идеи, как, например, движение квакеров, вызывали повсеместную неприязнь, и большинство валлийцев остались приверженцами Англиканской церкви. Подобная приверженность могла принимать и уродливые формы. Квакер-проповедник Элис Беркетт был раздет догола и побит камнями на погосте при церкви в Лландафе. Этот консерватизм в будущем обеспечил благожелательное отношение к Реставрации Стюартов.