Количество служащих в Святой Софии велико. Юстиниан ограничил их числом пятьсот двадцать пять, но в VII в. их было около шести сотен, позднее стало больше. Все обладатели должностей имели своих писцов, священников, дьяконов, помимо служек и церковных сторожей (манглавиты). Патриарх, как и другие епископы, избирался духовенством и народом; его избрание затем утверждалось светской властью, это устанавливалось епископом. Юстиниан сохранил это правило, но сократил число тех, кто мог избирать патриарха, кроме того, он сам оказывал сильное давление во время выборов. В IX в. обычай предписывал, что патриарха могут выбирать только митрополиты, но у императора сохранилось законное право вмешаться: митрополиты представляли список из трех имен, из которых правитель выбирал того, кого считал пригодным для этого сана, или называл четвертое имя, если ему это было угодно. Некоторые императоры прямо назначали патриархов: Василий II, находясь на смертном ложе, назвал Алексея Студита, который был немедленно возведен в сан; Иоанн Кантакузин последовательно назначал трех патриархов: Иоанна Калеку в 1334 г., Исидора в 1347 г., Каллиста в 1350 г. Утверждение патриарха в сане происходило во дворце по тому же протоколу, что и для светских званий; формула в XIV в. была следующей: «Святая Троица властью, которую она нам даровала, дает тебе сан архиепископа Константинополя, нового Рима, и вселенского патриарха». Затем патриарх, получив из рук императора посох, садился на лошадь, пересекал город от дворца Влахерны до Святой Софии, где его посвящал в сан архиепископ Гераклеи. Право выбора митрополитов сохранялось до самого падения империи, и император не мог упразднить его правовую силу. Патриарху, главе православной церкви, второму человеку в империи, подчинялся могущественный помощник, назначаемый императором и приравненный в X в. при дворе к магистрам, который обладал более высоким положением, чем митрополиты, — синкел, в чьи обязанности входило исполнение важных политических поручений. Затем функции стали титулом, количество синкелов увеличилось, а затем должность вообще исчезла. Архидиакона, первого помощника патриарха во время литургии, постигла та же участь. Пять служб обеспечивали управление церковью: великий эконом, назначаемый императором вплоть до вмешательства Михаила Керулария в 1057 г., он управлял значительными доходами патриархата; великий сакелларий помогал архонту монастырей следить за порядком и дисциплиной в монастырях; великий скевофилакс был хранителем священных сосудов, книг и одеяний, используемых во время службы, казны патриарха; великий хартофилакс, архивариус и библиотекарь патриархата, его функции постоянно умножались: он заверял документы патриарха и проверял правильность копий и переводов библиотечных книг, в конце концов он получил право надзора за всеми отделениями патриархата, «потому что он — уста и рука патриарха», писал Алексей Комнин, также вместе со своими канцеляриями он управлял всеми церковными чиновниками; и, наконец, сакеллий, который вместе с одним или несколькими архонтами обеспечивал контроль за приходскими церквями и их настоятелями; кроме того, существовали должности протекдикоса и коллегии экдиков (защитники), юристов и судебных помощников, они принимали участие в защите обвиняемых, делах, связанных с освобождением рабов, судили тех, кто пользовался правом убежища, и наставляли новообращенных (Ж. Даррузе). Затем следует отметить протонотария, секретаря патриарха, логофета, служащего аппарата, который, в частности, произносил речи во время праздников, kanstresios, который следил за пожертвованиями, референдарий, который вручал императору послания патриарха, ипомнематограф, который составлял торжественные документы и протоколы заседаний синода, иеромнемнон, чьей обязанностью было рукоположение новых священников, иеромимнесик, личный советник и секретарь патриарха, служащий канцелярии (секрет), служащий, выносивший судебные решения, служащий по ходатайствам, глава церемоний, нотарии, архонт монастырей, архонт церквей, дидаскалы Евангелия, Апостольских посланий и Псалтыря, архонт антиминса, который приводил верующих к причастию, архонт света, который принимал в лоно церкви неофитов, ритор, который был преподавателем и оратором, два остиария (привратники), нумодот, который выдавал деньги чиновникам и нищим, примикирий нотариев. Частым было совмещение должностей. Служащие получали документ, в котором было написано о назначении или повышении, после чего они письменно подтверждали, что они будут выполнять все требования этой должности, в противном случае они лишались этой должности. Почти всегда остается неизвестным, каким образом эти служащие получали жалованье.

В провинции административной единицей была фема. В каждой феме с самого начала было определенное число чиновников: возглавлял фему стратиг (Востока или Запада), ему подчинялись турмархи, которые стояли во главе турм, административных единиц, на которые делилась фема. Каждая турма делилась на отряды, которыми управляли друнгарии или комты. Также в штат чиновников фемы входили мерирх, комит шатра, в некотором роде начальник штаба, хартулярий фемы, который зависел от логофета армии в Константинополе, доместик фемы, командующий войсками тагмы, находящимися в распоряжении у стратига, кентарх (офицер) спафариев, протоканкелларий, протомандатор и мандаторы. Стратигам морских фем подчинялись кентархи, командовавшие военными кораблями, которые назывались дромонии, и протокаравы (штурманы). Ниже стратигов в служебной иерархии находились: эк-просопу (заместитель), который мог возглавлять фему (Н. Икономидис), клисурархи, чьей обязанностью была охрана ущелий, морские друнгарии командовали округами, откуда набирались моряки, дуки или катепаны, архонты, турмархи союзников Ликаонии и Памфилии, воинских подразделений, набранных в феме Анатолик, и, наконец, парафилаксы (охранники) крепостей. Гражданские чиновники фемы (судьи и протонотарии) зависели от соответствующих центральных канцелярий, налоговое управление зависело только от Константинополя, высшие должности занимались по императорскому назначению и были подвержены постоянным изменениям, воинские части тагматы зависели от центрального военного командования. Глубокие изменения в провинциальной администрации произошли во второй половине X в., одновременно с изменениями в организации армии. Стратиг стал офицером, подчиненным дуке или катепану, главам приграничных районов, причем под их командованием находилось несколько стратигов, которые могли утратить свои административные функции. Гражданская сфера в управлении фемой или несколькими фемами была отныне отделена от военной сферы, управлял ею kritespretor. Малая Азия, разрушенная тюркским вторжением, была реорганизована Мануилом Комнином в XII в.: фемы там снова стал возглавлять военный достаточно высокого звания, который также нес ответственность и за гражданские дела, в управлении которыми ему помогали energon katepanikon административной единицы фемы и прокатеминий (глава) городов, у каждого из которых был свой чиновник, занимающийся военными вопросами, — кастрофилакс. Однако фема Пелопоннес — Эллада всегда управлялась претором, гражданским чиновником. В целом реформа не была повсеместной, скорее это была попытка центральной власти приспособить унравление к политическим, экономическим и военным нуждам империи. Нужно отметить, что подобным преобразованиям подверглись не все фемы, а значит, чиновничий аппарат фем не был одинаковым.

Церковное управление находилось в руках митрополитов и епископов, которые возглавляли соответственно митрополии и викарные епископства, вторые подчинялись первым, за исключением архиепископов, которые были автокефальными и подчинялись патриарху. Митрополитами и епископами становились прежде всего высшие должностные лица патриархата и митрополий, затем игумены (настоятели монастырей) и простые монахи. Епископы подчинялись митрополитам. Митрополиты и епископы управляли церквями и их имуществом, помогали им дьяконы и многочисленные помощники. Структура воспроизводила организацию двора патриарха, хотя и в несколько меньшем масштабе: архидиакон, помощник митрополита или епископа, синкел, экдик (защитник), референдарии, апокрисиарии, диойкиты, скевофилаксы, нотарии и др. Митрополиты и епископы назначали их сами. В Константинополе, как и в провинции, «на основной принцип церковной иерархии никогда не посягали, в том смысле, что звание человека всегда основывалось на том сане, в который он был рукоположен (священник, диакон). Но внешне обязанности, которые имели разные ордена, подвергались изменениям и развивались, причем это неизменно было связано с изменениями в обществе и светских учреждениях» (Ж. Даррузе): церковная иерархия находилась в тесной зависимости от светской. В стороне остается только монашеский мир: его никогда не контролировала ни одна, ни другая сторона, даже если они и могли по праву на это претендовать.