Иоанн Златоуст настаивал на необходимости законного собора по правилам. И правительство, несомненно по желанию перетрусившей императрицы Евдоксии, разослало вновь приглашение на собор. Оно было направлено и к Феофилу Александрийскому, который даже y себя в Александрии был освистан за его интригу против Златоуста. Он сам на собор не решился поехать, a послал своих заместителей с инструкциями: настаивать на реальности соборного («под Дубом») извержения Иоанна из сана, ссылаясь при этом на четвертое правило Антиохийского собора. Защитники Златоуста отрицали общеобязательность этого правила, ибо отрицали и вероопределение этого собора (341 г.) как порочное по своей арианской тенденции и вражде к св. Афанасию. Данные соборные совещания длились, но согласия партий не получилось. Однако власть политическая пришла к подсчету голосов сама в пользу осуждения Златоуста.

Власть трусливо не объявляла приговора, скрывала его от народа в расчете, что голос толпы сам собой замрет и погаснет.

Иоанн был подвергнут бойкоту двора. На Рождество 403 г. императорская фамилия не пришла в церковь, также и на Пасху 404 г. B клире продолжался раскол. Иоанн Златоуст был заперт в своем жилище, т.е. фактически содержался под арестом. Наконец его враги – Севериан Кавалльский, Акакий Веррийский и Ко. – добились от императрицы Евдоксии дозволения привести судебный приговор в исполнение. Приговор своего собора об устранении Иоанна с константинопольской кафедры и о ссылке его в неведомые народу области (по-нашему – в Сибирь) для создания атмосферы забвения. На пятый день по Пятидесятнице добились своего. Назначили 20 июня день отправки арестанта в дальний путь через Малую Азию и разрешили Златоусту прощание с близкими ему клириками и диаконисами. Иоанн Златоуст при прощании завещал друзьям позицию покорности власти его преемника. Просил их лишь не подписываться под актами, его осуждающими. Народная толпа в это время осаждала здания, примыкающие к св. Софии. Иоанна потайными ходами вывели и увезли.

Тотчас после увоза обманутые и озлобленные низы учинили месть. Неведомо кто подложил огонь под самую кафедру Софийского храма. И вся блестящая по тогдашнему времени базилика и соседние дворец и Сенат оказались объятыми пламенем, который не смогли остановить. Все было за три часа превращено в развалины. Погибло много античных украшений в Сенате. Конечно, обвинили в этом «иоаннитов». Так стали называться приверженцы Златоуста. Многих из них казнили. Златоуста первые дни тайно укрывали в Никее и вскоре также тайно увезли в ссылку. В дороге через Малую Азию струсившие местные епископы прятались, боясь оказать даже простую вежливость и помощь арестанту. Никто нигде, ни в Анкире, ни в Кесарии Каппадокийской, его не повидал и не помог избавиться от желудочных болей, которыми он страдал.

Привезли Златоуста в так называемый Кукуз, глухое селение в пределах нашего Закавказья. Это теперь исчезнувший городишко между Кутаисской губернией и Батумской областью. Местное население, по преданию, дружественно и почетно отнеслось к гонимому святителю. Да и местная администрация не пресекала потока писем к нему и из столицы, например от Олимпиады, и из родных антиохийских пределов.

Через неделю после увоза Иоанна Златоуста из Константинополя поставлен был на его место брат покойного Нектария 80-летний старик Арсакий. Но он в следующем же году скончался (405 г.). Ha место Арсакия назначен из столичных пресвитеров враг Златоуста Аттик, который приступил к радикальной чистке всех сторонников Златоуста. Все такие епископы и клирики были низложены. Даже все давшие им приют подверглись конфискации имущества и многие отправлены в ссылку.

Иоанн Златоуст был передан на расправу императорскому двору своими восточными собратьями из Александрии и Антиохии. Ему оставалось апеллировать в Рим тотчас же после неправедного суда над ним «под Дубом». Но он и с этим не торопился, пока не узнал, что папе донес о своем суде над Златоустом и о низложении последнего сам Феофил. Тогда, не откладывая, Златоуст отправил с сообщением о своем деле в Рим трех епископов с письмами: и от себя, и от 40 своих епископов, и от верного ему константинопольского клира. Златоуст протестовал против беззакония. Подобные же докладные письма и апелляции он направил со своими посланниками и двум автономным митрополитам: Миланскому и Аквилейскому. Папа Иннокентий I (401–417 гг.) ответил и Феофилу и Златоусту, отвергая, αθετησας, суд Феофила и требуя для этого нового собора епископов Востока и Запада, из которого были бы удалены все острые партийцы той и другой стороны ради полного беспристрастия. Феофил вынужден был послать в Рим более подробный доклад с текстом протокола бывшего судебного заседания «под Дубом». Папа увидел, что заседало всего 36 епископов и из них 29 египтян – «подголосков» Феофила, что обвинения несерьезные. И папа Иннокентий послал Феофилу грозное письмо, вызывая его на суд собора, который соберется на Западе и будет судить дело по канонам Никейского собора, единственно признаваемого на Западе. Это намек на непризнание Римом обязательности четвертого правила Антиохийского собора, по смыслу которого судили тогда (341 г.) св. Афанасия.

По изгнании Златоуста его приверженцы во множестве бежали в Рим и там дружелюбно принимались. Это были священники и епископы не только из Константинополя, но и из Фессалоники и с Востока, земляки Златоуста до Месопотамии включительно. Папа доложил об этом гонении своему западному императору Гонорию, прося созвать собор в Фессалонике. Тот согласился и обратился с этим к императору Аркадию. Об этом же написали письма к Аркадию и папа римский, и автономные архиепископы Милана и Аквилеи. Большое и почетное посольство направилось в Константинополь. Под защитой этого посольства возвращалась в Константинополь и часть греческих беженцев, скопившихся в Риме.

Уже в Афинах посольство по приказу императора Аркадия было задержано. В Фессалонику его не пустили. И когда довезли до Константинополя, то с берега увезли на берег Мраморного моря как своего рода арестантов. До впуска в столицу y всех этих «римлян» потребовали предварительно признания поставленного на место Златоуста Аттика. Все отказались. Тогда посольская неприкосновенность этой группы лиц была отвергнута. Письма императора и папы y послов были отобраны, a сами они арестованы. Итальянцев отвезли обратно в Рим. Греков развезли по разным местам ссылки. B частности, Палладия Елеонопольского отправили в верхний Египет до Ассуана (Сиены).

Оскорбленный папа Иннокентий I должен был разорвать общение с врагами Златоуста и посылал много раз ссыльному святителю утешительные письма. На Востоке во власти императора Аркадия все приверженцы Иоанна Златоуста были гонимы как ромофилы.

Златоуста защищал не только Рим, но и свой антиохийский Восток. B Антиохии почти столетний архиепископ Флавиан скончался (26 сентября 404 г.). B следующем месяце (6 октября 404 г.) скончалась и императрица Евдоксия, имя которой заставляло воздерживаться от излишних жестокостей по отношению к Златоусту. Партия императора Аркадия на место скончавшегося Флавиана постаралась провести врага Златоуста пресвитера Порфирия. Приверженцы Златоуста возглавлялись пресвитером Констанцием и хотели бы видеть его заместителем Флавиана. Но Констанций мужественно отправился в Закавказье, как бы посланником к Златоусту от антиохийской паствы. За время его отсутствия императорская власть и водворила в Антиохии Порфирия. Особый указ императора повелевал не допускать в церковь отвергающих общение с Феофилом, Акакием и этим новым – Порфирием.

Императоры Аркадий и Гонорий в это время были почти в войне из-за Иллирика. На Востоке y Аркадия все приверженцы Златоуста тем самым причислялись к западному лагерю и были для императора его врагами.

Переписка Иоанна Златоуста с папой и с антиохийцами тревожила его константинопольских врагов – Севериана и Порфирия. Они просили императора Аркадия убрать Иоанна из Кукуз, ставших очень известными, и сослать в местечко более глухое и отдаленное. Назначен был приморский Питуинт, ныне Пицунда. Ссыльного, по-прежнему слабого, истощенного, не способного тащиться «по этапу», опять повезли к северо-западу по бездорожью. Но поблизости, около селения Команды, Иоанн свалился с ног – силы ему изменили. Его занесли в ближайшую церковку мученика Василиска, где он и отдал Богу душу, сказав: «δοξα τω Θεω παντων ενεκα – Слава Богу за все!»