Мережковский стал одним из зачинателей так называемого "нового религиозного сознания", ставшего сущностным признаком "серебряного века". О. Василий Зеньковский, выделяя важнейшее в этом «сознании», утверждает, что оно "строит свою программу в сознательном противопоставлении себя историческому христианству, — оно ждёт новых откровений, создаёт (под влиянием Вл. Соловьёва) утопию "религиозной общественности", а в то же время насыщено эсхатологическими ожиданиями".

Активно проповедуемое религиозное мировоззрение Мережковского — стройно логично и целостно, в относительно завершённом виде, именно как система. Важнейшие свои идеи он повторял, и представить их в обобщённом итоге не столь сложно. Во многом эти идеи даже не система, а схема, под которую подвёрстываются все основные суждения Мережковского.

Можно составить такую цепь основных суждений и положений этой системы:

1) Необходимость религиозного пути обнаружила себя в истории окончательно. Всё, пребывающее вне религиозных исканий, есть фальшь и обман.

2) Христианство — важный, но не окончательный итог на таком пути.

3) Христианство исчерпало себя либо замыкаясь в индивидуальном аскетизме, либо изменив идее спасения в теократической идее, которою грешны как Западная, так и Восточная Церкви. И то и другое означает застой, конец развития.

4) Выход из кризиса христианства видится в создании Вселенской Церкви Духа.

5) Царство Духа, в котором осуществится не индивидуальное, личное, обособленное в себе, но всеобщее, всечеловеческое спасение, должно быть основано на Третьем Завете, естественно продолжающем Ветхий (Царство Отца) и Новый (Царство Сына) Заветы.

6) Переход от Второго (христианского) к Третьему (апокалиптическому) Завету должно осуществиться через революционное одоление теократического соблазна, несущего в себе идею Царства Зверя.

Для Мережковского христианство не есть нечто завершённое и окончательное. В том он — традиционный носитель либерального рассудочного сознания, ищущего во внешней для духовного делания постановке проблем более лёгкого пути к постижению Истины, путь рационального поиска, который грозит превратиться в блуждания по лабиринту всевозможных догадок и логических построений.

Православие Истины не ищет: она уже дана ему в Откровении. Эта Истина — Сам Христос Спаситель.

Вопрос "что есть истина?" — вопрос Понтийского Пилата. Для православного сознания вопрос в ином: как жить по Истине?

Проблема для подлинного христианина не во внешнем поиске рассудочной истины, но во внутреннем мучительном осознании и ощущении собственного несоответствия Истине. Православие ищет обретения Царства Божия не во внешнем (к чему неизбежно приводит либеральный рационализм, что мы и видим на примере Мережковского), но внутри себя, по заповеди Христовой (Лк. 17,21). Истину несложно понять, услышав Христа: "… последуй за Мною, взяв крест " (Мк. 10,21). Но как сделать это? Легче подменить всё рассудочностью и логистикой, выстраивая проблемы во внешнем уме, а не в глубине души.

Итак, если Бог есть Святая Троица, то почему всего два Завета, Ветхий и Новый? Должен быть Третий Завет, рассуждает Мережковский, Завет Духа, как Первый есть Завет Отца, Второй — Сына. Эту мысль писатель повторяет на разные лады едва ли не до самой смерти. Мережковский не отвергает Воскресения, но хочет дополнить неким откровением Духа, которое якобы приведёт человечество к блаженству Царства Божия на земле. Почему-то в событиях Новозаветной Истории он не хочет заметить нечто важнейшее: Святую Пятидесятницу. Дух уже сошёл на землю — и пребывает в бытии Церкви Христовой. То есть то, чего так страстно жаждет Мережковский (равно как и его предшественники), уже свершилось. Тысячелетнее Царство уже пришло: это земное бытие Церкви вплоть до Второго Пришествия. Отождествление же этого Царства с неким тысячелетним периодом земного блаженства после Второго Пришествия давно отвергнуто Церковью как хилиастическая ересь. Тысяча же, напомним вновь, здесь — не счёт лет, а обозначение некоего множества лет в его полноте.

Однако это церковное учение иными «ищущими» признавалось уже, в числе прочего, устарелым, требующим обновления. Мережковский видит в церковной жизни только застой и кризис. Прежде всего, конечно, в Церкви Православной (она ближе, постоянно перед глазами), но и Западная не превозносится им над Восточною. И та и другая Церкви зашли, по убеждённости Мережковского, в тупик, выход из которого только в откровении Третьего Завета.

Мережковскому не даёт покоя кажущееся ему "отвержение плоти" в христианстве. Это одна из принципиальных основ его религиозного беспокойства: нельзя отвергать плоть, если Христос воскрес во плоти.

А христианство вовсе и не отвергает плоти. Оно имеет целью преображение плоти, повреждённой первородным грехопадением. Христос явился в мир во плоти, чтобы взять на Себя, на Свою человеческую плоть грех мира (Ин. 1,29) и чтобы во плоти одолеть последствия греха, приняв страдания и смерть, воскреснув во плоти преображённой. Бог стал Человеком, чтобы человек стал богом. Христианство осуждает и отвергает не плоть, но грех во плоти, и именно такой смысл вкладывается в понятие отвержения плоти (Рим. 8,3-16). Отвергается не плоть, но плоть, живущая в страхе и грехе, утверждается же плоть, живущая в Духе вне греха, то есть плоть преображенная, обоженная. Причащаясь в таинстве Евхаристии плоти Христовой под видом хлеба, человек принимает в себя именно эту преображённую во Христе обоженную плоть, укрепляя себя во внутреннем стремлении к полному преображению мира.

Но Мережковский не хочет (или не может) отказаться от внерассудочного приятия христианской мудрости и приписывает христианству то, что сам в нём собственным рассудком разумевает, и отвергает плоды этого своего разумения, полагая, что таково именно христианство. Мережковский борется с иллюзией, созданной его рассудком. Плоть для Мережковского прежде всего — пол. Тут не обошлось без влияния Розанова. Именно Розанов навязал сознанию многих восприятие христианства как бесплотной духовности. А бесплотность воспринималась в этой системе взглядов как бесполость.

В своём отношении к полу Мережковский — не сознающий себя язычник. Собственно все его религиозные идеи — скрытая попытка соединить христианство и язычество, создать синтез несоединимых сущностей. Мережковскому дорог пол, он противится его отрицанию как может. И поэтому, хотя он порой глухо и пытается говорить о преображённой плоти в Царстве Духа, он преображённости-то не приемлет. Именно поэтому Мережковский выносит свой приговор не только православным святым (преподобному Серафиму Саровскому прежде всего), но и самой святости православной.

Здесь мы вновь сталкиваемся с тем, что уже часто встречалось и прежде: наличие двух точек воззрения на мир и на бытие человека в мире. Одна — изнутри времени, которое абсолютизируется и по меркам которого строится понимание смысла бытия. Стоящий на этом прежде всего обеспокоен устроением земной временной жизни, какие бы при том религиозные заклинания ни произносил. Едва ли не все ереси нового времени сопряжены с таковым пониманием бытия. Иное воззрение совершается как бы из вечности, оно с вечностью сопоставляет всё в земной жизни — и время оттуда воспринимается как нечто важное, но преходящее. Что важнее: судьба человека во времени или участь его в вечности? Состояние земного рабства — принадлежность времени, рабство же у греха губит душу для вечности. Святой взирает на мир из вечности. Плотской человек озабочен временным.

Для Мережковского "необходимо, чтобы Русская Церковь, сознательно порвав связь с отжившими формами русской самодержавной государственности, вступила в союз с русским народом и с русской интеллигенцией и приняла активное участие в борьбе за великое общественно-политическое обновление и освобождение России". Попросту — нужно включиться в революционную борьбу. Эта идея в неявном виде витала ещё в атмосфере "Религиозно-философских собраний" 1901–1903 годов, одним из инициаторов которых был Мережковский. Порочность начального замысла обрекла «Собрания» на неудачу.