Среди них были: К. Рокоссовский, К. Мерецков, А. Горбатов, И. Тюленев, С. Богданов, Г. Холостяков, А. Берг, А. Туполев, Л. Ландау, В. Мясищев, Н. Поликарпов и некоторые другие, сыгравшие важную роль в защите Отечества.
За первый месяц войны немцы захватили 175 000 квадратных километров советской территории. Используя превосходство в воздухе, механизированные соединения немцев прорывали линии обороны, окружали и уничтожали целые дивизии и корпуса. К началу сентября в условиях блокады оказался Ленинград, на московском направлении в конце июля был занят Смоленск, к концу сентября — Киев. За первые 15 недель войны потери Красной Армии убитыми и пленными составили свыше 3 миллионов человек. Однако в результате ожесточенного сопротивления советским войскам удалось сорвать немецкий план «блицкрига». В боях с Красной Армией, защищавшей каждую пядь земли, немцы, даже в период своего самого быстрого продвижения, несли ббльшие потери, чем в любой из своих предыдущих кампаний.
19 июля Сталин занял пост наркома обороны, а 8 августа он был назначен Верховным Главнокомандующим Вооруженными Силами СССР. Современники единодушно отмечают его удивительную способность разбираться в обстановке. Но его представления о стратегии были в определенной мере устаревшими, они были связаны с опытом гражданской войны. Большой вред принесло в начале войны его стремление постоянно навязывать советским войскам наступление. Даже в условиях катастрофического положения на Западном фронте он в первые дни войны понуждал к наступательным боям. Под Москвой Сталин нетерпеливо подстегивал войска к переходу в контрнаступление, когда сил хватало только для обороны. Наступление под Харьковом также было неудачным. После начального успеха советского наступления немцы развернули контрнаступление и окружили войска Красной Армии. Сталин приказал приостановить наступление, когда было уже поздно. Две армии попали в окружение. На Южном фронте немцы почти беспрепятственно продвигались вперед. В этот момент отчаянного положения Сталин отдает свой известный приказ № 227, в котором было сформулировано требование: «Ни шагу назад!». Позади линии фронта были поставлены заградительные отряды.
Осенью 1941 года смертельная угроза нависла над Москвой. 19 октября за подписью Сталина было опубликовано постановление ГКО о введении в столице осадного положения. В это время немцы находились в нескольких километрах от Красной площади. Только ценой неимоверных усилий, тотальной мобилизации в тылу и на фронте удалось переломить ход событий. Какой ценой был завоеван этот перелом, дает представление приказ Жукова генералу Панфилову, смысл которого сводится к следующему: или вы остановите наступление немцев, или мы вас арестуем и расстреляем.
Зимняя кампания 1941/1942 года началась контрнаступлением советских войск на западном стратегическом направлении, в ходе которого была снята угроза Москве и Северному Кавказу, а также облегчено положение Ленинграда. Решающую роль в ходе войны сыграла битва за Сталинград. Именно после победы под Сталинградом в стране началось прославление военного гения Сталина. 6 марта 1943 года Президиум Верховного Совета СССР издал указ о присвоении вождю, не имевшему ранее воинских чинов, звания Маршала Советского Союза.
Старший сын Сталина, Яков, перед войной стал офицером и был направлен в войска 2 июня 1941 года в качестве командира батареи 14-го гаубичного артиллерийского полка 14-й танковой дивизии. Он попал в плен в самом начале войны. Его перемещали из лагеря в лагерь. В состоянии сильного душевного стресса Яков «пошел на проволоку» — вошел в запретную зону и 14 апреля 1943 года был убит на месте. После пленения армии Паулюса немцы предлагали Сталину обмен. Известен не менее легендарный ответ вождя: «Я солдата на фельдмаршала не меняю». На самом же деле Сталин прекрасно понимал, чем может обернуться подобная «торговля», поэтому сказал «Они хотят (имеется в виду немецкое руководство), чтобы я начал торговлю с ними. Я не буду этого делать. Война — это война».
Осенью 1943 года после битвы под Курском и ликвидации Орловского плацдарма началось новое мощное наступление Советский Армии. 6 ноября, в канун праздника революции, Сталин был награжден орденом Суворова I степени. Тогда же, в ноябре 1943 году, в Тегеране состоялась конференция трех держав, на которой была принята Декларация о совместных действиях против Германии. США и Англия не могли остаться в стороне от предстоящего раздела мира и сфер влияния. К тому моменту Советская Армия находилась в ста километрах от Берлина.
20 июня 1944 года Сталину была вручена медаль «За оборону Москвы», а 29 июля того же года Президиумом Верховного Совета он был награжден орденом Победы № 1.
В начале февраля 1945 года состоялась Ялтинская конференция союзных держав, на которой рассматривались вопросы послевоенного обустройства Германии и Европы. Запад был напуган откровенно экспансионистскими замашками советского вождя, они хотели не дать ему продвинуться дальше Германии. Здесь же был решен вопрос о вступлении в войну против Японии.
2 мая 1945 года знамя Победы было водружено над рейхстагом, а 8 мая фельдмаршал Вильгельм Кейтель в присутствии советских военных руководителей подписал акт о безоговорочной капитуляции Германии.
24 июня 1945 года в Москве был проведен парад Победы. Сразу же после парада в маленькой комнате у кремлевской стены, где собрались только те, кто был допущен в узкий круг приближенных, Сталин в очередной раз решил проверить преданность себе соратников и военачальников. Он заявил, что собирается уйти на покой. Все присутствующие тут же наперебой стали уговаривать вождя не делать этого.
Чтобы еще больше выразить безграничную преданность вождю, соратники от имени Президиума Верховного Совета указом от 26 июня присвоили Сталину звание Героя Советского Союза, наградили вождя вторым орденом «Победа» (который он согласился принять только 28 апреля 1950 года). В этот же день было учреждено высшее воинское звание — Генералиссимус Советского Союза, которое должно было подчеркнуть безграничное величие вождя и которое присвоили ему на следующий день, 27 июня 1945 года.
С 9 августа по 2 сентября 1945 года в ходе проведения советскими войсками Маньчжурской операции была разгромлена Квантунская армия, что привело к капитуляции Японии и окончанию Второй мировой войны. Однако этим был положен конец лишь боевым операциям на суше и на море.
С 1947 года, после встречи в Москве министров иностранных дел держав-союзниц, выявившей острые противоречия между ними в отношении Германии, начинается период «холодной войны». В 1948 году обнаружились противоречия между Сталиным и Тито, а в июне того же года наступил разрыв отношений с Югославией. В августе 1949 года в Советском Союзе следом за США была испытана атомная бомба, а осенью было провозглашено создание КНР.
В октябре 1952 года в течение 10 дней заседал XIX съезд КПСС, первый после 13-летнего перерыва и последний при жизни вождя. Сталин выступил на нем лишь один раз, с заключительным словом, с которым по первоначальному замыслу должен был выступить Ворошилов. Как всегда, он изредка заглядывал в бумагу с текстом, напечатанным на специальной машинке с большими буквами. Генералиссимус не хотел надевать очки, нарушение привычного образа вождя могли обыграть в своих «злобных пасквилях» враги. Да и для советских людей нужно было сохранить привычный образ вождя, который они запомнили по фотографиям с 1924 года. Сталин читал медленно, часто замолкал на минуту и дольше, словно старался насладиться тишиной зала. В последние годы своей жизни он страдал гипертонической болезнью, у него все более усиливался атеросклероз сосудов головного мозга. В 1952, году его обследовал профессор В. Виноградов. Отметив явное ухудшение его здоровья, он прописал Сталину полный покой и прекращение всякой деятельности. Когда Берия доложил об этом Сталину, тот рассвирепел. В конце 1952 — начале 1953 года была арестована большая группа советских врачей, работавших в Лечкомиссии Кремля. 13 января 1953 года в печати сообщалось об аресте «группы врачей-вредителей», которые получали указания от международной еврейской буржуазно-националистической организации «Джойнт» через «еврейского буржуазного националиста Михоэлса».