Отец Чезаре, Родриго Борджиа — выходец из знатной дворянской семьи — был вначале военным, приобретя, впрочем, славу не на ратном поприще, а разгульной жизнью и безудержным распутством. Духовная карьера Родриго началась после того, как в 1455 году его дядя с материнской стороны, валенсийский кардинал Алонсо Борджиа, был избран папой под именем Каликста III. Родриго вскоре стал кардиналом и к тому же одним из богатейших князей церкви, нахватав множество доходных бенефиций и не гнушаясь участием в самых сомнительных спекуляциях.

Не отказывался Родриго и отувлечений молодости. Среди множества любовниц одна пользовалась особым вниманием прелата — замужняя римлянка Ванноцца Катанеи, которая родила от него трех сыновей — Чезаре (1475), Хуана (1476), Джофре (1482) и дочь Лукрецию (1480).

Родриго признал всех детей своими. При всем этом кардинал умел напускать на себя вид святоши. Благодаря лицемерному смирению он снискал добрую славу среди населения Рима. И когда, используя политические маневры, благоприятное стечение обстоятельств и щедро подкупая кардиналов, Родриго в 1492 году добился избрания на папский престол (под име нем Александра VI), население Вечного города громко выражало радость по поводу решения конклава. Радость длилась недолго — новый первосвященник вскоре раскрыл себя. Кажется, трудно было удивить чем-либо много повидавших на своем веку римлян, и все же им пришлось удивляться небывалой пышности папского двора, поглощенного планами расширения церковного государства, глубоко погрязшего в омуте самого грязного разврата, не брезгующего никакими средствами для пополнения вечно пустой от непомерных трат казны римского первосвященника.

Кардинал приготовил сыновьям блестящую карьеру в Испании. Судьба Хуана была решена после смерти его старшего брата Педро Луиса: он должен был унаследовать после него герцогство Гандийское. А Чезаре, согласно планам отца, должен был укрепить влияние своей семьи внутри Церкви. В апреле 1480 года буллой Сикста IV ему даровано право, хотя он был «незаконнорожденным сыном кардинал-епископа и замужней женщины», доказать законность своего рождения, чтобы получить доступ к церковным бенефициям. В 1481 году король Арагонский признал законность его происхождения и присвоил ему право быть подданым королевств Арагона и Валенсии. Позже он был назначен папским протонотариусом, то есть стал высшим сановником папской канцелярии. 5 апреля 1483 года он получил еще одну должность — каноника в Валенсии, а также сан ректора в Гандии и сан архидиакона в Хативе. В 1484 году Чезаре стал прево в Альбаре, потом — в Хативе, а потом, по другой булле, он был назначен казначеем в Карфагене, когда ему только что исполнилось 9 лет. Все эти бенефиции, которые папа Сикст IV пожаловал Чезаре, в действительности исходили от его отца, Родриго, который таким образом отделял их от своего церковного имущества в королевстве Валенсия. И каждый раз король Арагона подтверждал назначение. И светское княжество Гандия оказалось окруженным княжеством церковным, принадлежавшим Борджиа в королевстве Валенсия еще со времен Каликста III.

Чезаре получил очень хорошее воспитание. До 12 лет он воспитывался в Риме, а в 1488 году отправился в Перузу со своим наставником Джованни Вера, уроженцем Валенсии, впоследствии ставшим архиепископом Салернским и кардиналом. В университете Сапиенци он изучал право а также гуманитарные науки в компании ученых испанцев.

В 1491 году молодой Борджиа переехал из Перузы в Пизу, где посещал лекции по теологии Филиппо Дечио. Он встретился с молодым кардиналом Джанни Медичи, который уже заканчивал учебу. Там же, в Пизе, он узнал, что 12 сентября 1491 года папа Иннокентий VIII пожаловал ему епископство Памплонское, а в следующем году получил архиепископство Валенсийское и кардинальскую шапку.

Это было время перемен — новой перекройки границ внутри сложной мозаики итальянских государств, территориальных изменений, при которых рушились старинные троны, исчезали традиционные правящие фамилии и местные тираны. И над всем этим довлела мрачная фигура «папского сына» Чезаре Борджиа, официального главы армии святого престола, умного, проницательного политика, готового любой ценой идти к намеченной цели — расширению церковного государства, а вернее, к созданию собственного княжества, включавшего большую часть Апеннинского полуострова, которое должно было играть решающую роль на европейской арене.

Сложен был путь «папского сына» к этой цели. Без колебаний готов он перешагнуть на этой дороге через трупы самых близких к нему по крови людей. Его старший брат, Хуан, герцог Гандийский, любимец отца, получил львиную долю владений и денег от Александра за счет римской казны, подношений от иностранных государей. В душный летний вечер 14 июня 1496 года Чезаре и Хуан участвовали в шумной дружеской пирушке. По дороге домой братья расстались. Хуан, попрощавшись с Чезаре и остальными участниками компании, уехал в сопровождении слуги. Это было последнее мгновение, когда Хуана видели живым. На следующий день возникла тревога по поводу исчезновения герцога Гандийског. о А еще через сутки труп Хуана был выловлен из Тибра. На теле нашли девять ран. Александр, тяжело переживавший смерть любимого сына, приказал произвести тщательное расследование — подозревались несколько римских аристократов, принадлежавших к семьям, которые традиционно были враждебны святому престолу, особенно роду Орсини, против которых герцог Гандиа незадолго до этого довольно неудачно воевал, возглавляя папские войска. Но неожиданно папа распорядился прекратить дальнейшее следствие — не потому ли, что он узнал имя убийцы? А приказ этот он мог отдать, лишь убедившись в том, что убийцей был Чезаре. Как бы то ни было, титул главнокомандующего папскими войсками, который принадлежал Хуану, перешел к Чезаре. А командование войсками папы — ступень к достижению планов Чезаре.

Головокружительная духовная карьера, однако, не удовлетворила честолюбивого Чезаре, которому хотелось больше владеть шпагой, чем ходить с кадильницей. 17 августа папа собирает консисторию. Кардинал Валенсийский сообщает своим собратьям, что у него никогда не было духовного призвания, а выбрать духовную карьеру его принудил отец. Но теперь он хочет освободиться от своего сана и жениться, потому что именно в этом видит свое истинное предназначение. Чезаре получает младший церковный чин, поэтому легко может вернуться к мирской жизни.

В тот же самый день он встречает важного сеньора, который с пышностью въезжает в Рим через Порта Портезе — королевского камергера Луи де Вильнева, барона де Транс. Он приехал от имени своего повелителя, короля Людовика XII, пригласить Чезаре во Францию. В качестве подарка дипломат передает бывшему кардиналу Валенсийскому в Испании два графства во Франции и владение Иссуденом. Все это позволит Чезаре вознаградить себя за потерю церковных доходов.

Нуждаясь в деньгах и людях для достижения своих грандиозных целей, Чезаре пустил в ход папскую дипломатию. В это время Людовик XII нуждался в разводе с хромоногой Жанной Французской, чтобы вступить в брак с Анной Бретонской. Чезаре доставил французскому королю разводную фамоту. В благодарность за это Людовик подарил Чезаре герцогство Валентинуа и ежегодную пенсию в 20 000 ливров, а в 1499 году устроил его брак с Шарлоттой д'Альбре, сестрой короля Наварры. Вернувшись в Италию с небольшой армией в 2000 всадников и 6000 пехотинцев, завербованных во Франции, Борджиа вскоре овладел всей Романьей, затем ему покорились мелкие княжества средней Италии — Имела, Форли, Чезене, Цезаро, Римини и др, составившие владения герцога Валентинуа. Жестокий в отношении представителей отдельных родов, Чезаре Борджиа раздавал вольности горожанам, которые приветствовали его.