В правление Фоки в стране по существу началась подлинная гражданская война, охватившая Киликию, Сирию, Палестину, Малую Азию и Египет. Внутренние смуты сделали доступной дорогу в империю ее внешним врагам.

Славяно-аварский натиск византийское правительство уже не могло остановить. Балканский полуостров был фактически открыт для вторжения северных соседей.

Значительно более напряженной стала ситуация и на восточной границе. Маврикию удалось стабилизировать отношения с Персией и в 591 году подписать выгодный для Византии договор. На протяжении целого десятилетия персы не нарушали мира, и восточные пределы империи пользовались столь необычным для них покоем.

Однако к началу VII века шах Хосров II Парвез укрепился на престоле, подавил оппозицию знати и жречества и вновь стал готовиться к войне с Византией. Переворот 602 года и жестокая расправа с покровителем Хосрова II Маврикием давали персидскому шаху повод для вмешательства в византийские дела в качестве защитника справедливости.

Особенно благоприятствовало намерениям персов то обстоятельство, что старший сын Маврикия, Феодосии, был предан казни вне столицы и в Константинополе усиленно распространялись слухи, будто ему удалось избежать плахи. При дворе Хосрова II появился самозванец, выдававший себя за Феодосия. По приказу шаха монофиситский патриарх венчал его на царство, и Лже-Феодосий отправился отвоевывать престол своего мнимого отца. Силы сторон сосредоточились вокруг крепости Дары: несмотря на упорное сопротивление гарнизона и прибытие подкреплений, византийцы не смогли удержать этот опорный пункт, и городом овладел Хосров II. Стены Дары срыли, и крепость перестала существовать.

После взятия Дары персидские войска устремились в Армению и Малую Азию. Эдесса, Феодосиополь, Кесария каппадокийская оказались под властью Хосрова, а один из его полководцев совершил успешный набег на Халкидон: персидские войска были остановлены у Босфора, напротив Константинополя.

В 608 году экзарх Карфагена Ираклий отказался прислать в столицу хлеб, который он до того регулярно отправлял сюда. В ответ Фока заключил в монастырь проживавших тогда в столице жену Ираклия Епифанию и невесту сына его Евдокию.

Это, по-видимому, ускорило развязку дел, заставив экзарха решиться на смелый шаг. Самую активную поддержку Ираклию оказали варварские племена маврусиев во главе со своим вождем Бонакисом. Соединенные войска под командованием Бонакиса и племянника Ираклия Никиты вторглись в Пентаполь, а затем и в Египет. Блестящая победа была одержана сторонниками Ираклия у канала Дракой, после чего немедленно восстало население Александрии: статуя Фоки была низвергнута, виднейшие его сторонники убиты, народ овладел дворцом префекта и казной. Вскоре Никите удалсь оттеснить из Египта верные Фоке войска. Если верить Иоанну Никиусскому, он на три года освободил население Египта от податей, и это способствовало водворению спокойствия в измученной налогами стране.

Тем временем сын карфагенского экзарха, носивший, как и отец, имя Ираклия, с большим флотом двинулся к Константинополю. Фока в полной растерянности следил, как африканские корабли с изображением богородицы на реях занимали острова Эгейского моря и прибрежные города. В сентябре 610 года Ираклий Младший высадился в Авидосе, в непосредственной близости от столицы, а в октябре его корабли встали в Пропонтиде.

Сопротивление было недолгим. Димоты из партии зеленых распустили цепь, прикрывавшую вход в Золотой Рог, и позволили пройти туда кораблям Ираклия. Фока искал спасения в храме, но был в ту же ночь разыскан и в жалком рубище доставлен к Ираклию. «Так-то ты, — сказал ему Ираклий, — управлял империей!». «Попробуй сам править лучше», — будто бы отвечал ему Фока. Уступая народной ярости, Ираклий предоставил толпе распорядиться с Фокой по ее желанию. Фока подвергся самому жестокому поруганию и 5 октября 610 года был сожжен на площади Быка. Вместе с ним нашли смерть несколько его преданных сторонников. В тот же день патриарх Сергий провозгласил Ираклия Младшего императором.

Успехи, достигнутые при императоpax Константе II и Константине IV, были закреплены в первой половине царствования сына и преемника Константина — Юстиниана II. Это был человек неутомимой энергии, чрезвычайно властолюбивый, воинственный, но безрассудный в своих решениях, невероятно подозрительный и беспощадный к действительным и мнимым врагам. Когда умер Константин IV, Юстиниану было всего 16 лет.

Военные круги использовали вступление на престол молодого императора для укрепления самостоятельности фем. Византийцы перешли в наступление против славян и подчинили всю территорию Фракии вплоть до Фессалоники, куда Юстиниан торжественно вступил в 688/689 году. Походы Юстиниана имели большое значение для восстановления торговых путей из Константинополя в Грецию и к Эпиру.

Завоевание сопровождалось чрезвычайными жестокостями. Громадное число славян (свыше 30 000 способных носить оружие) переселили в Вифинию в качестве поселенцев, обязанных военной службой. Учреждены были специальные славянские колонии, во главе которых стоял византийский чиновник — начальник «славянских рабов Вифинской провинции».

Военные вовлекли Юстиниана и в войну с халифатом, в которой к власти пришел энергичный Абдал-Мелик. Византийцы, однако, не пошли на Сирию, решив сначала отвоевать Армению и Кипр. Операции в Армении были удачны. Византийцы укрепились и на Кипре, жителей которого Юстиниан приказал перевести в опустошенный Кизик.

Большинство киприотов во время переселения погибло. Только после этого византийские войска были направлены в Северную Сирию. Несмотря на чрезвычайно тяжелое положение, халифу удалось заключить мир ценой уступки части Армении и Кипра и уплаты денежных сумм. Византийцы по соглашению 689 года обязались принять в пределы Византии христиан-мардаитов, которые жили в горах Ливана и которых арабы никак не могли подчинить своей власти. Мардаиты не получили определенной территории в Византии, но были распределены как по феме Кивиреотов, так и по горным округам Малой Азии и Греции.

Юстиниан видел главную военную силу империи в посаженных на землю переселенцах.

По его инициативе начали строиться пограничные опорные поселения, где жили воины-колонисты, так называемые акриты. Акритыпользовались самоуправлением и получали обычно щедрые денежные вознаграждения из казны. Однако попытки Юстиниана создать армию из славян и других народностей закончились неудачей. Когда в 692 году Юстиниан нарушил мир с арабами, продвижение византийской армии в Сирию обернулось катастрофой. Славянские переселенцы в бою под Севастополем (в Армении) перешли на сторону арабов; в результате поражения византийцам пришлось отказаться от Армении, чтобы купить мир.

Правительство Юстиниана обложило население тяжелыми налогами. Финансовое управление возглавлял опытный, но бесцеремонный финансист Стефан Перс, наделенный неограниченными полномочиями. Его власть была настолько велика, что он, по словам Феофана, приказал как-то высечь мать императора Анастасию, не подчинившуюся его распоряжениям. Это было время арестов, конфискаций имущества и казней знатных горожан. Налоговое бремя легло также и на городскую знать, и выполнения государственных повинностей (в особенности по строительству) требовали от нее с беспощадной строгостью. За медлительность в постройке зданий работников били камнями. Страдало и население деревни. Бегство крестьян сделалось обычным явлением.

Наиболее тяжелым было положение в Армении — области, где не прекращались военные столкновения арабов и византийцев. В Армении развернулось еретическое движение.

Византийцы называли армянских еретиков манихеями, и, может быть, действительно традиции учения Мани еще сохранялись в Армении. Юстиниан приказал самым свирепым образом расправиться с приверженцами ереси. По сообщению Петра Сицилийца, еретиков сжигали живыми.