1 апреля 1944 года ОКВ издало брошюру, озаглавленную «Военные действия против бандформирований», в которой описывались наиболее эффективные методы борьбы с партизанами. Вермахт, и в большей степени находившиеся в ведении РСХА «ягдкоммандо», взялись искоренять партизанское движение. Полковник Артур Кэмпбелл в своей книге на эту тему, в частности, пишет, что на совести этих немецких частей около двух миллионов замученных в тылу беззащитных мужчин и женщин… Но даже эти методы были обречены на провал, так как психологическая битва уже была проиграна; в самых главных аспектах партизанского движения русские теснили немцев на каждом шагу.

Советские партизаны мстили немцам тем, что вели войну без всяких правил. Попавших в плен пытали и расстреливали. Рассказы об их зверствах распространялись среди немцев с небывалой скоростью, что приводило к ответным действиям, столь же бессмысленным в своей жестокости. Зло воспроизводило себя, всякий раз все в большем масштабе.

Когда армии Жукова и Рокоссовского освободили районы, в которых действовал отряд Шерхорна, остатки немецких боевых подразделений присоединились к «ягдкомамидо» (карательные отряды). Число солдат под началом Шерхорна выросло почти до двух тысяч, но вскоре все они оказались полностью отрезаны от других частей немецкой армии. Гелен использовал Шерхорна для получения сведений об обстановке в советском тылу и в течение нескольких месяцев поддерживал с его отрядом радиосвязь, несмотря на то что отряд постоянно менял свою диспозицию. Гелен наверняка чувствовал личную ответственность за судьбу этих солдат, которые то и дело предпринимали, к сожалению, безрезультатно, попытки прорваться к своим, чтобы дальше отступать уже вместе с армией генерала Готтхарда Хейнрици. Гелен пытался давать Шерхорну инструкции через голову РСХА. Он также попросил начальника разведки в штабе группы армий «Центр», полковника Ганса Генриха Воргицки, чтобы тот взял на себя обеспечение отряда Шерхорна продовольствием и боеприпасами зимой 1944/45 года. Регистрационный журнал «Операция «Шерхорн» содержит огромное количество записей о сеансах радиосвязи — вплоть до марта 1945 года. К тому времени положение отряда стало безнадежным.

После нескольких обращений в РСХА Гелен 15 марта встретился со Скорцени. Он попросил обратить внимание Гиммлера на бедственное положение отряда Шерхорна. К тому времени рейхсфюрер СС был назначен командующим группы армий «Висла» — это была фикция чистой воды, поскольку армии этой как таковой не существовало. Верхушка СС с недовольством отнеслась к вмешательству Гелена; результат встречи был таков: Скорцени сказал Гелену, что «РСХА полностью взяло в свои руки контроль за операциями отряда Шерхорна». По телетайпу Гелену пришло распоряжение, отправленное из штаба «Цеппелина» за № 030416, предписывающее прекратить всякие радиоконтакты с Шерхорном. При этом подчеркивалось, что отныне вся радиосвязь будет осуществляться через радиоустановку РСХА в: городке Тутов в Мекленбурге. Гелен также получил приказ прекратить всякие контакты с карательным отрядом «Ренн-штреке», который, по словам Скорцени, «проводил успешные операции».

За два дня до этого Гелен попросил Гудериана повысить в звании некоторых офицеров из отряда Шерхорна, а также наградить — хотя бы ради поддержания боевого духа. 25 марта Гудериан дал ему помеченный более ранней датой приказ для передачи его Шерхорну. В нем говорилось, что 16 марта фюрер повысил в звании самого Шерхорна и четверых его офицеров: подполковников Эккардта и Михаэлиса, майора Шольца и старшего лейтенанта Фолльрата. Полковник Шерхорн был также удостоен почетного звания Рыцаря Железного креста. Вот таков был «утешительный» финал для людей, которых попросту списали со счетов. И хотя Шелленберг 10 апреля известил Гелена, что отряд Шерхорна удалось обнаружить в районе Налибоки, добавив при этом, не без злорадства, что честь обнаружения отряда и его спасения принадлежит РСХА, больше об этом отряде никто не слышал. Все из двух тысяч его солдат либо погибли, либо попали в плен; в Германию спустя много лет вернулась лишь горстка из тех, кто отсидел в советских лагерях для военнопленных.

Весь февраль Гелен занимался будущим своих радиостанций. Он поддерживал контакт с полковником Бауном из «Валли-I» и полковником Шмальшлегером из «Валли-Ш», пытаясь определить местонахождение их фронтовых отрядов с целью, их дальнейшего сохранения и использования. Гелен также не выпускал из поля зрения отряды «Вервольфа», хотя и не вмешивался в их деятельность. 6 февраля он посетил в качестве представителя руководящего состава ОКВ совещание руководителей «Вервольфа», выразив согласие с директивой, согласно которой «все армейские командиры в тех районах, где действуют отряды «Вервольфа», должны оказывать им поддержку в виде вооружения, боеприпасов, взрывчатых веществ и продовольствия».

Вскоре Гелен подготовил очередной пространный отчет о положении дел, куда более мрачный, нежели он составлял до этого, и 10 февраля показал черновой вариант Гудериану. Посоветовавшись между собой, они решили не показывать его Гитлеру. В геленовском архиве сохранился этот черновик. 25 февраля Гелен передал Скорцени меморандум, в котором в общих чертах описывался план создания радиосети. При этом подчеркивалось, что всех радистов следует снабдить передатчиками AFU. Возможно, Гелен хотел заручиться поддержкой Шелленберга, надеясь, что тот поможет ему приобрести новые передатчики, но Шелленберга это уже не интересовало. В своих послевоенных мемуарах он признался, что в тот момент он, по поручению Гитлера, вел переговоры с бывшим президентом швейцарской конфедерации о том, чтобы добиться от США и Великобритании помилования шефа РСХА в обмен на освобождение из концлагерей всех находящихся там евреев.

26 февраля Гелена вызвали в Ставку Гитлера. Он должен был предстать перед фюрером уже на следующее утро, после того как тот на протяжении нескольких недель отказывался его видеть. Гудериан ознакомил Гитлера с геленовским меморандумом по «Вервольфу», и тот выказал желание поговорить с Геленом лично. Вид Гитлера наверняка потряс Гелена, однако он пишет в своем дневнике, что «фюрер был сама обходительность» и они говорили на самые разные темы, в том числе и о возможной отправке на помощь группе армий «Висла» отрядов «фольксштурма». Гелен также высказал свои соображения относительно численности советских танковых войск, а также бедственного положения немецких военнопленных в советских лагерях. Гитлер приказал Гелену продолжить засылку разведгрупп в тыл врагу, но только совместно с РСХА. В конце разговора Гитлер преподнес Гелену «приятный сюрприз», объявив, что решил повысить его в звании до генерал-лейтенанта и уже отдал распоряжение генералу Бургдорфу обнародовать приказ. Правда, у фюрера на уме было для Гелена задумано нечто большее, и именно по этой причине он и позвал его к себе.

Ему нужны были граммофонные записи звуков боя и скрежета танковых гусениц — их предполагалось раздать фронтовым командирам, чтобы через усилители транслировать из немецких окопов на советские позиции. Гелен сказал Гитлеру, что его отдел располагает коллекцией грамзаписей, а кое-что можно будет позаимствовать со склада пропагандистских материалов Геббельса, хотя сама затея потрясла его своей чудовищностью. И ему не хотелось оказаться втянутым в эту безумную аферу. Гелен попросил Шелленберга, чтобы тот поручил ее выполнение военному отделу РСХА. Нежелание Гелена лично взяться за выполнение этой директивы фюрера, плюс его вмешательство в судьбу отряда Шерхорна сыграли на руку его соперникам из СС — те уцепились за это как за возможность его оклеветать. 9 марта Скорцени доложил о геленовской «неуживчивости». Теперь в ОКВ против Гелена накопилось уже несколько «черных шаров», и расположение к нему Гитлера сменилось гневом. Гелену об этом ничего не было известно, и 17 марта вместе с «Валли-J» он начал свою последнюю крупномасштабную операцию, вернее две, «Андерсен» и «Атлас», и отправил в неприятельский тыл диверсионную группу под командованием капитана Тренка.