С 1576 года, во время лифляндской войны, частое пребывание царя Ивана Васильевича во Пскове удерживало как гражданские, так и духовные дела псковские в надлежащем порядке. Но с 1580 года, во время жестокой осады от польского короля Стефана Батория, все оставлено было на произвол самим псковичам, которые, однако же, от несчастий больше прежнего тогда обратились к благочестию, и оно спасло их столько же, как и мужество, вдыхаемое оным. Тогда многие были граду явления святых, и многим благочестивым мужам – откровения, по которым, между прочим, в Покровской церкви на проломе написана была икона Пресвятой Богородицы с преподобными Антонием и Корнилием, с благоверными князьями Владимиром Киевским и Псковскими Гавриилом и Тимофеем и Николаем юродивым Псковским. На той же иконе помещено и описание всех этих происшествий, а с тех пор сочинена и особая на память случая сего служба. Из Псково-Печерского монастыря принесены были тогда старая хоругвь и чудотворная икона Успения Богородицы, с которой после уставлен был в память избавления ежегодный во Пскове крестный ход в неделю седьмую по Пасхе, который и доныне продолжается.

В 1589 году при установлении в Москве патриаршего престола Псков наконец отделен был от епархии Новгородской и получил особого своего епископа, который в числе 13 тогдашних епархий поставлен степенью одиннадцатым, с наименованием Псковского и Изборского. После первых трех псковских епископов царь Михаил Федорович в 1619 году, сделав новое распоряжение и прибавление российских епархий, учредил во Пскове архиепископию, и Псковский архиепископ в общих степенях епархии поставлен был между архиереями по-прежнему одиннадцатым, а между архиепископами – седьмым. С тех пор архиепископов было во Пскове шесть. В 1682 году патриарх Иоаким учредил во Пскове митрополию, степенью шестую, и от того времени до 1717 года было три митрополита. Потом были иногда епископы, а иногда – архиепископы до самых штатов духовных 1764 года; по штатам же этим положено во Пскове быть архиепископам между общими степенями российских архиереев в девятой, а между архиепископами – в шестой степени. По последнему штату духовному 1799 года оставлена также во Пскове архиепископия между архиереями обще, по-прежнему в девятой степени, а между архиепископами в пятой. Исторический список всех доныне бывших псковских архиереев предложен будет ниже.

Второй псковский епископ Геннадий в 1596 году от царя Федора Ивановича получил для своей епархии тарханную грамоту, по тогдашнему времени весьма нужную от вмешательства мирских властей в духовные дела. Этой грамотой воспрещалось великокняжеским наместникам псковским и пригородским, и волостелям, и их тиунам во всей Псковской области вступаться в епископские суды и в дела священно-церковнослужителей, а велено предоставлять оные епископу, или кому он прикажет, и самим им по духовным делам подлежать епископскому суду, а епископу брать со всех судную пошлину от печати и от духовных грамот, кормовые же и пошлинные деньги – с игуменов, попов и дьяконов по прежнему указу. А поскольку данная тарханная грамота в пожаре Троицкого собора сгорела со всеми грамотами и казной, то вторая такая же дана была по просьбе Псковского архиепископа Иоакима в 1616 году 6 июля. Какие духовному суду тогда принадлежали дела, о том именно писалось в сих грамотах на основании первоначальной Владимира Великого грамоты, данной Киевскому митрополиту. Но после в духовном регламенте и в прибавочных к оному докладных пунктах число их было ограничено.

Первоначально эта епархия составлена была из пяти городов и уездов, а именно: Псковского, Изборского, Островского, Опочецкого и Гдовского с принадлежащими к ним пригородами, или безуездными городами. Число тогдашних во всей епархии церквей неизвестно, а в 1687 году насчитывалось 160, и почти все они были вотчинные; совокупно же имели за собой более 1000 дворов крестьян.

После учреждения Псковской провинции государем Петром I приписаны к ней и к Псковской епархии часть холмского посада и города Заволочье, Красное Городище, Пусторжевский уезд и Кобылинск. После третьей ревизии в 1762 году, после приписки Великолуцкого уезда, значилось в епархии этой 205 церквей действительных и 16 праздных. Со времени преобразования этой провинции в губернию в 1773 году, и потом в 1777 году – в наместничество, после отделения от Новгородской и Смоленской губерний и епархий городов Холма и Порхова, а от Белорусской – Себежа, Полотска, Невеля, Динабурна, Витебска число церквей прибавилось. Но в 1781 году Лугский и Гдовский уезды были отделены от С.-Петербургской губернии и епархии, а с 1798 года отошли и белорусские города к Белорусской епархии, но между тем из Смоленской с 1787 года приписан Торопец. С 1817 года в Псковской епархии состояло всех церквей 480, между ними: соборных – девять, приходских ружных – 25, приписных к ним – 22, простых приходских – 382, кладбищенских – 11, домовых – 25. При всех них дворов приходских – 73 747, а духовенства: протопопов – 17, священников – 537, дьяконов – 287, причетников – 1042, их детей мужского пола – 1231, в том числе обучающихся в духовных школах всего 682, а в одном губернском городе Пскове церквей – 47, из них монастырских – 4, соборных – 2, приходских – 15, в том числе 2 монастырских с приходами, а остальные приписные к ним. Духовенства же: протопопов – 5, священников – 24, дьяконов – 12, причетников – 32, и их детей мужского пола, обучающихся и необучающихся, – 36, а всего – 109.

Монастырей в Псковской епархии по духовным штатам 1764 года оставлено только мужских девять, женских три. Из них один мужской Якобштадский упразднен в 1817 году и обращен в приходскую церковь. Во всех мужских братий с настоятелями монашествующих, бельцов священствующих и послушников – 107; в женских монашествующих с настоятельницами и послушницами – 46.

По летописям видно, что во Пскове издревле были просвещенные люди в духовенстве и были их школы. Но первое училище епархиальное славяно-русское по правилам духовного регламента заведено здесь епископом Рафаилом Заборовским в 1728 году, и тогда детей обучали только чтению, пению, письму, катехизису с десятословием и славянской грамматике, а семинарию славяно-латинскую учредил в 1733 году архиепископ Варлаам Леницкий, но до 1738 года классы в ней оканчивались только риторикой, философский же и богословский открыты были уже епископом Стефаном Калиновским. С начала заведения школ содержались они по духовному регламенту на сборе от знатнейших монастырей двадцатой доли всякого хлеба и тридцатой доли с земель церковных, а по состоянии духовных штатов с 1765 года положено было на содержание семинарии по 816 рублей 93 копейки ежегодно; с 1784 года – по 3500 рублей; по издании же нового с 1808 года проекта уставов для духовных училищ положено было на псковскую семинарию ежегодно 17 000 рублей и после в разные времена сделаны еще прибавки к жалованью профессоров. В следующем, 1809 году по новым уставам открыты были в Псковской епархии по уездам уездные и приходские духовные училища – всего девять, а в 1810 году прибавлено еще приходских пять. Семинария же по новому уставу преобразована была в сентябре 1814 года. Ныне число уездных и приходских училищ уменьшено, и находятся они только в Порхове, Торопце, Великих Луках, Опочке и при семинарии.

Выше уже в истории псковской иерархии сказано, что с начала просвещения Псковского княжества христианской верой все церкви его состояли под одним иерархическим правлением с Новгородом и, хотя псковичи трижды покушались испросить себе особенного епископа, но тщетно, и принуждены были 597 лет быть в зависимости от новгородских. Наконец, уже в 1589 году при установлении в Российской церкви патриаршества отделено было Псковское княжество по церковному правлению от Новгородского и вновь учреждена была особая Псковская епархия под названием Псковской и Изборской. С тех пор и доныне были в ней следующие архиереи: