Царствование Алексея Михайловича было несколько отраднее для псковичей. Этот государь обеспечил их границу и торговлю подтверждением в 1646 году со шведами Столбовского мира и отличил некоторыми преимуществами псковское духовенство. Но псковичи сами впали в непростительную перед ним вину, заразившись мятежом от московских и новгородских бунтовщиков, которые в 1650 году рассеяли слух, будто бы царский свояк боярин Морозов согласился с иностранными купцами выпускать за границу деньги российские и съестные припасы, от чего могли-де оскудеть россияне. Мятеж этот, начавшийся еще в Москве, усмирен был там самим царем, а в Новгороде – митрополитом Никоном, но псковичи гораздо далее простерли свою дерзость. Они видели сами, что один купец их, Федор Емельянов, со шведским поверенным Левином Нуммерсом, по препоручению псковского окольничьего Пушкина, скупает для Швеции хлеб, и 12 июля, пришедши в ярость, убили окольничьего, десять человек помещиков и многих богатых людей, отняли у Нуммерса и хлеб, и везенные им из Москвы деньги и обругали его; а увещевавшего их архиепископа своего Левкия засадили в темницу. В то же самое время пришло во Псков из Польши письмо, написанное от появившегося там нового Самозванца Лжедмитрия, который объявлял себя псковичам единственным законным наследником российского престола, увещевал народ упорно защищаться и обещал сам скоро прибыть к ним с сильным войском. Для бунтовщиков случай этот показался единственным к избежанию наказания. Все отреклись от повиновения царю и решились предаться Самозванцу, но другие, усомнившиеся в нем, предлагали лучше предаться или польскому, или шведскому королю, так как намерены были то же сделать и бунтовавшие новгородцы. Царь принужден был послать во Псков боярина князя Ивана Никитича Хованского с несколькими тысячами войска, а псковичи не только заперлись от них в городе, но делали вылазки на лагеря их, били многих, отбивали орудия и запасы, посылали даже и по уездам разгонщиков для грабежа идущих к войску обозов. Царь назначил воевод и в уезды для защиты от мятежников и для подвоза припасов; притом, не желая проливать кровь, прислал к ним с Коломенским епископом Рафаилом и многими почетными духовными особами свою и патриаршую увещательную грамоту, коими наконец преклонены были они к раскаянию и повиновению и прощены, кроме зачинщиков; но архиепископ их Левкий был вызван в Москву и неизвестно за что лишен епархии. А убитых бунтовщиками повелено было в память потомству и в укоризну мятежникам погребсти на площади, и над могилой их поставить часовню с надписью имен их, которые в следующем году царским указом велено было записать по городам в синодики соборные и монастырские для всегдашнего поминовения и совершения памяти о них ежегодно 18 июля. Часовня эта и надпись доныне существуют на площади.

В 1654 году по случаю неприязненных намерений со стороны Польши государь начал готовиться к войне и разослал бояр для набора войска. Во Псков прислал он для сего в октябре окольничьего и воеводу Семена Лукьяновича Стрешнева. Но, для облегчения подданных своих, в том же году отменил он все мелочные казенные сборы и ограничил некоторые важнейшие земские подати. Ибо царствование Михаила Федоровича стеснило и отяготило все внутренние торги, промыслы, ремесла и купли откупами и пошлинами. Везде по большим дорогам взыскиваемы были с мостовых, речных перевозов, с прохожих людей, с провозимых харчей и всяких мелких промыслов многочисленные государевы пошлины откупщиками. Подражая сему, и помещики на своих землях и проселочных дорогах сами то же делали; а иные отдавали также на откуп эти пошлины, даже с излишком, перед казенными сборами. Царь Алексей Михайлович изданной 30 апреля сего года уставной грамотой повелел уничтожить все такие сборы и откупы казенные и частные с промышленников и харчевых подвозов и продаж. Оставлен был только весьма умеренный назначенный сбор с воскобоен, ледокольней, бань, соляных и рыбных промыслов, перевозов и мостов, а преступникам этого устава обещана была смертная казнь.

С мая месяца того же года выступили со всех сторон государевы войска в Польшу; а псковский отряд – под Дисну, Друю, Озерище и Усвят, которые оный и взял. Вслед за этой войной началась другая – со шведами, от Лифляндии по всей границе, и российские войска доходили до Риги, которой, однако же, не взяли. Но в следующем, 1656 году заключено с обоими государствами перемирие. В 1659 году началась опять война с Польшей, продолжавшаяся до 1667 года, и на сей случай войско во Пскове обучали уже по немецкой дисциплине; а в 1661 году при заключении мира со Швецией постановлен сверх того торговый договор, по которому шведским купцам позволено было иметь во Пскове открытую церковь на своем дворе. Поелику же до сего времени новгородцы и псковичи продолжали еще сверх иностранных и общих российских денег торговать и своими собственными, то в 1663 году государь отменил торги талерами, четвертями и московскими медными деньгами, указав торговать общими российскими серебряными, а собственные новгородские и псковские штемпели монет отобрал в Москву и упразднил у них монетные дворы. В 1667 году при издании таможенного устава Псков положен был в числе пограничных таможенных городов, и тогда же учреждены были для сбора пошлин псковские таможни под Печерским монастырем и на Желатском острове и выбраны из гостей и лучших торговых людей таможенные головы и целовальники, сменявшиеся по очереди. Но в 1677 году повелено и со псковских купцов за привозные чужестранные товары брать в таможне, как с иностранцев, ефимками.

Царствование преемников царя Алексея Михайловича до времен государя Петра I знаменательно еще для Пскова в 1678 году бывшей переписью не только дворов, но и душ, и взятием с каждого двора, кроме духовных, по рублю подати. Духовенство тогда просило снять с их вотчин рыболовные, соляные и другие торговые пошлины по древним Тарханным грамотам: но не получило этой свободы. А так как при вышеупомянутой переписи от присланных из Москвы переписчиков производимы были многие притеснения, притом и по таможенным пропускам у откупщиков и купцов тогда открыты были многие злоупотребления и в продажах обмеры, а за все это произведены были строгие многим истязания, то с 18 февраля 1679 года открылись ужасный во Пскове бунт и междоусобие, продолжавшиеся пять месяцев с половиной, так что никакой силой народ укротить было невозможно, и, по сказанию летописи, только чудом, явившимся от иконы Пресвятой Богородицы в церкви Святого преподобного Сергия Радонежского, прекращено было смятение. После этого учреждены были новые меры в торгах, продажах и отдачах; а старые, как неудобные, отменены. Таможенные же сборы повелено было с 1681 года содержать уже на вере с крестным целованием, а за утаенные товары и цены преследовать строжайше, даже до пытки. Если же у кого найдутся вино церковное, и другие напитки, и ладан подделанные, то, сверх отобрания всего этого в казну, виновных уставлено было наказывать кнутом. С тех пор торговля сделалась несколько совестнее; а в 1686 году 26 апреля заключенный с Польшей вновь дружественный и торговый союз открыл и псковичам новый путь к торгам.

Наконец, со времени царствования государя Петра I наступила решительная эпоха обезопасения Псковской области от соседей, которые несколько веков заставляли псковичей беспрестанно быть на страже своих пределов. Случай к этому дала начавшаяся в 1700 году война со шведским королем Карлом XII. Псковская область, как пограничная к шведским провинциям, была также театром этой войны и до 1710 года участвовала во всех тягостях ее содержанием войска, крепостными работами, мостами, подвозом военных снарядов и прочим. Описание всех этих пожертвований и военных происшествий, бывших на псковских границах, слишком распространило бы эту историю. Но важнейшие случаи этой пограничной войны означены в сокращенной Псковской летописи, приобщенной к этой же истории. Псковичи больше всего тогда потерпели от прекращения вдруг всех торгов своих с иностранцами по Финскому заливу.