Риге, Ревеле и Юрьеве лифляндцы по обращении своем уже в протестантство начали ругаться с российскими церквами и духовенством, то, как пишет Арндт, великий князь Василий Иванович в 1525 году объявил им, что, хотя император и папа терпят оскорбление у них своему духовенству, но он не потерпит сего по своей вере и по истечении мирного договора объявит за это лифляндцам войну. По сказанию вышеупомянутой летописи ПсковоПечерского монастыря игумен его Корнилий, который с 1529 по 1570 год был настоятелем, обратил к православной вере и крестил соседнюю Печерскому монастырю лифляндскую чудь Новгородка (Нейгаузена) и учредил у них на Агиреве Троицкую, а на Топине, Рождественскую церкви и церковные причты. В Синодике, или Кормовой книге Псково-Печерского монастыря, начатом писаться с 1553 года, за 12 еще лет до кончины игумена Корнилия, под числом 5 февраля означена память преставления священноепископа Корнилия Юрьевского и Вильядского (Феллинского). В одной Новгородской летописи также сказано, «что в 1571 году октября 14 приехал в Новгород владыка из Москвы Корнилий Новой из города Юрьева Ливонского, а стоял в монастыре Юрьеве». В 1572 году он же приезжал к царю в Новгород с иконой и за государем поехал в Москву. Из чего неоспоримо явствует, что при царе Иване Васильевиче был в Юрьеве и русский православный епископ. Гельмс пишет, что во время союзной 1581 года шведской и польской войны с Россией шведский король Иоанн предводителю своих войск Понтусу де ла Гарди подтвердил щадить в завоеванных им эстляндских городах и землях русские церкви и монастыри, которых особенно по Дерптскому уезду много построили россияне. Уже по мирному договору, заключенному с польским королем Стефаном Баторием в 1582 году, при уступке ему всей Лифляндии, было принято соглашение беспрепятственно вывести из лифляндских городов русские церкви со всей утварью и принадлежностями. Из всех этих обстоятельств очевидна ревность псковских князей и духовенства к распространению и защите благочестия. Некоторые церкви у них были даже великолепны. В Псковской летописи упоминается, что в 1471 году новгородцы, воевавшие тогда со псковичами, перебежавшими через рубеж псковский от Вышгорода, в Навережской губе сожгли церковь святителя Николая, «велми преудивленну и чудну, и таковы не было во всей псковской волости, о полтретью десяти (25) углах».
Какие были во Пскове древнейшие и первоначальные церкви и когда именно были построены, того за недостатком сведений определить невозможно. Известно только, что первая во Пскове церковь, основанная благоверной Ольгой, есть Троицкая кафедральная, бывшая сначала деревянной, потом заложена была каменная, с 1138 года при Псковском князе Всеволоде Мстиславиче, в святом крещении нареченном Гавриилом. В 1362 году она обрушилась и перестроена была на том же месте с 1365 по 1386 год также камнем. Она стояла 320 лет. В 1685 году была перестроена в четвертый раз вся из тесаного плитного камня в два яруса, но до окончания верхняя часть опять обрушилась и вновь надстроена в 1698 году, а закончена и освящена уже в 1699 году при преосвященном Иосифе, с коего времени и доныне существует, с приделами в левой стороне во имя Святого благоверного великого князя Александра Невского, а в правой Святого благоверного князя Гавриила Мстиславича, князя Псковского, где находится и гробница его самого. В нижнем ярусе была еще церковь во имя Святой благоверной княгини Ольги, но после пожара 1770 года перенесена под зимний Благовещенский собор.
После Троицкого собора древнейшей из псковских церквей почиталась Власьевская на площади. Она задолго до 1420 года была разрушена, и псковичи в том же году, по случаю бывшей у них моровой язвы, с трудом отыскали основание ее и на этом месте построили тогда Спасскую церковь. В начале XVII столетия построена была Благовещенская церковь при архиерейских палатах и была архиерейской келейной. Прочих псковских церквей при конце этой истории приложена особая хронологическая роспись, из которой видно, что было их великое число, неравное, однако, в разные времена. В 1559 году сгорели 31 каменная церковь и 15 деревянных, в их числе две – в Домантовой стене, а три от жара развалились. После восстановления их опять в 1562 году, 28 апреля, вдруг выгорели во Пскове каменных и деревянных церквей и монастырей с соборной кафедральной 52, и остались только восемь церквей целыми. Следовательно, их тогда было 60 с монастырскими. А до состояния духовных штатов 1764 года было их соборных, монастырских и приходских 65, и в том числе по расписанию штатов этих в одном Пскове из церквей, имевших за собой более 20 душ крестьян, положено штатными с жалованьем два собора и 38 приходских, а остальные в штат не были введены.
Из монастырей древнейших упоминаются в летописях и грамотах только Спасо-Мирожский мужской, построенный в 1156 году, Иоаннопредтеченский женский, основанный около 1243 года, Снетогорский, разоренный в 1299 году, и Пантелеимонов в бору, славившийся около того же времени. А в одной грамоте царя Ивана Васильевича, данной псковичам в 1555 году о псковских доходах Новгородского архиепископа, названы большими монастырями псковскими четыре, а именно: Снетогорский, Мирожский, Великопустынский и Елизаров. Кроме того, и во Пскове, и в Псковской епархии исстари было их множество. Большая часть из них и до издания, и после издания духовного регламента 1721 года приписана была к знатнейшим, а иные вовсе уничтожены.
Однако же и до состояния духовных штатов 1764 года оставалось еще 11 мужских и 14 женских, а за всеми ними до 13 000 душ крестьян и за одним архиерейским домом до 8000. Из настоятелей монастырских до конца XVI столетия упоминаются только игумены, игуменьи и строители[58], а с XVII столетия по знатнейшим мужским учреждены и архимандриты. Впрочем, сколько можно было собрать из летописей и оставшихся разных грамот начало или хотя бы названия бывших в городе Пскове и епархии монастырей, оным приложен в конце хронологический список.
По связи псковской торговли с лифляндской, эстляндской и литовской псковичи терпели у себя и другие вероисповедания, хотя сначала и без церквей их. А с конца XIII века, когда ганзейские северные города основали у них свою контору, или, лучше сказать, маклерство, зависевшее от новгородской их конторы, то позволено было им иметь в своем гостином дворе на Завеличье и церковь римско-католического исповедания. Но шведам, по заключении с ними в 1617 году мирного и торгового трактата, не допущено строение лютеранской церкви, а предоставлено им отправлять свое богослужение только в домах. Уже по мирному трактату 1661 года дозволено им построение церкви на своем дворе.
Псков с областью своей, подобно другим благочестивым российским странам, благословен от Бога явлениями многих чудотворных икон и угодников Божиих, просиявших верой, добродетелями и чудесами. Некоторые из них признаны всей Российской церковью и помещены уже в церковных месяцесловах по определению Московского собора, бывшего в 1547 году при Всероссийском митрополите Макарии и после; других же память совершается в своих только местах. Список всех их предложен будет ниже. А по бывшему единоначалию в иерархии псковская церковь почитает своими святыми и тех новгородских иерархов, управлявших ею, блаженная память которых празднуется в Новгороде.
Поскольку епархия Псковского княжества первоначально, как выше уже сказано, в 992 году соединена была с Новгородской и в управлении церквей подчинена была первому Новгородскому и Псковскому епископу Иоакиму, то с этого в продолжение 597 лет во Пскове не было особого епископа и новгородские содержали здесь из духовных новгородских своего наместника, по большей части архимандрита, который надзирал за всеми церквами и духовенством, судил их дела и распри, собирал для епископа своего по древним церковным обыкновениям судные с решенных дел пошлины и доходы с епископских в Псковском княжестве земель, с рыбной ловли и с других угодий; а после них частные дела духовенства разбирали поповские старосты, в последовавшие времена именовавшиеся десятильниками, избранные по городам и уездам и подчиненные наместнику. При тех и других упоминаются еще для рассылки подручные им приставы, именовавшиеся недельщиками, потому что понедельно сменялись, и пошлинники, собиравшие пошлины.