Говоря о таинстве покаяния, Святейший призывал к золотой середине. Нельзя относиться к кающемуся поверхностно, но нельзя и требовать от него, чтобы он вспомнил и рассказал каждый грех до мельчайших подробностей и даже каждый помысел. Патриарх напоминал, что изначально к покаянию прибегали в тех случаях, когда человек совершал смертный грех, через который отпадал от Церкви.
— В наши дни многие так называемые младостарцы, не имея должного понимания таинства покаяния, превращают исповедь либо в истязание кающегося, либо в беседу, длящуюся порой по часу с каждым человеком, невзирая на то, что стоит масса исповедников. В результате, как правило, задерживается начало Божественной литургии, а многие из пришедших на исповедь уходят без неё.
О записывании грехов в качестве своего рода шпаргалки Патриарх сказал, что сам по себе обычай полезен, но зачастую тоже превращается в формальность и лучше прибегать к нему как можно реже. Главное на исповеди — не слова, а осознание своей греховности, желание вернуться к Нему и не повторять ошибок прошлого.
— Следует объяснить верующему, что исповедь — не отчёт перед Богом, а тем более перед духовником о совершенных грехах, а запись — лишь памятка для самого исповедующегося. Не надо, гоняясь за дешёвой популярностью, рвать или сжигать запись исповеди, а, наоборот, надо объяснить, что разрывание бумажки никакого сакраментального значения не имеет, а является если не суеверием, то фарисейством («согрешений моих рукописание раздри»). К сожалению, мы часто рассматриваем таинства статически, а их следует рассматривать динамически. Надо объяснять верующим, что главное на исповеди — не слова, а осознание своей греховности, отпадения от Бога через грех, желание вернуться к Нему и не повторять ошибок прошлого.
Возрождение Православия породило великое множество неофитских толкований всего, что связует жизнь церковную с жизнью будничной, повседневной. Говоря об этом, Святейший высмеивал всевозможные подобные толкования, нередко превращающиеся в некие околоправославные суеверия.
— Можно, например, встретить упоминание о таком грехе, неизвестно, правда, против какой заповеди: «Тратила много времени на ненужную стирку белья». И это предлагается для подготовки к исповеди мирскому человеку, женщине, хозяйке?! Что же, бездельничать и ходить в грязи — это будет христианский образ жизни?.. Иногда верующие не допускаются до Причастия без достаточных оснований. От Причастия отлучает лишь смертный грех или неподготовленность. Игумен одного из подмосковных ставропигиальных монастырей за два дня до праздника Рождества Христова не счёл возможным допустить до Причастия молодую женщину только потому, что она скромно, в семейном кругу, не нарушая поста, встретила Новый год и выпила немного вина. На праздник Рождества Христова эта женщина осталась без Причастия Святых Христовых Таин. Этому игумену следовало бы перечитать Великопостный устав. Даже Великим постом в праздничные дни разрешается вино, начиная с первой субботы поста.
Святейший требовал, чтобы все священники имели по меньшей мере семинарское образование, чтобы все храмы были украшены как снаружи, так и изнутри, отмечал, что во многих храмах «царит безвкусица: аляповатые киоты и иконостасы в стиле модерн, подобного же рода светильники, скамьи».
— В ряде таких храмов при входе по-прежнему висят светские объявления, не имеющие отношения к богослужениям, по-прежнему отсутствует святоотеческая литература и в то же время — обилие современной, далеко не православной, а иногда и инославной литературы, свидетельствующее о соответствующей настроенности духовенства прихода.
Он отмечал, что выпускается множество книг под грифом «По благословению Святейшего Патриарха Алексия II», притом что многие из этих книг он даже в глаза не видел. В итоге со временем будет создана особая форма церковной цензуры и книги станут получать гриф Издательского Совета Патриархии.
Чем больше восстанавливалась Православная Церковь, тем агрессивнее становились по отношению к ней многие средства массовой информации. Святейший остерегал:
— Ряд священнослужителей жалуются на то, что их телевизионные интервью обрезают и делают из них бессмыслицу. Учитывая антицерковную настроенность ряда средств массовой информации, старающихся, как и ранее, только негативно представлять с экранов телевизоров нашу Церковь, не советую давать никаких интервью, которые, несмотря на благие побуждения, могут послужить во вред Церкви. Немалым соблазном служит и то, что, когда священнослужителей приглашают освящать банки, биржи, рестораны, всё это стараются показать на экранах телевизоров, и у людей нецерковных создаётся впечатление, что Церковь только и занимается освящением банков и бирж.
Предстоятель Русской Православной Церкви заявлял о недопустимости любых проявлений религиозного либерализма, способного «привести к трагическим последствиям — к расколу, разделению Церкви, угасанию церковного православного сознания и гибели». Точно так же он критиковал излишний церковный консерватизм, одним из проявлений которого в своё время стала борьба против ИНН на фоне общего апокалиптического предсказательства.
— По поводу принятия или неприятия ИНН ранее было дано обоснованное и авторитетное разъяснение Богословской комиссии и Священного Синода, — говорил Предстоятель на очередном Епархиальном собрании Москвы. — Но некоторые силы, которые самозванно выдают себя за единственно и подлинно православных, выражающих мнение будто бы всей Церкви, до сих пор искусственно возбуждают церковный народ и сеют апокалиптический страх, который часто парализует волю и отводит людей от активной духовно-религиозной и общественно полезной деятельности. По существу, в мировоззрении этого движения мы видим рецидив древнего пифагорейско-каббалистического отношения к цифрам и буквам как к знакам эзотерических доктрин. Каждая цифра и буква, помимо общепринятого, имеет якобы ещё тайный смысл. Церковь всегда пользовалась языком символов, но никогда не прибегала к мистическим языческим понятиям и категориям. В этом движении, направленном и согретом не столько духовным идеалом, сколько идеалом национально-политическим, неправомерно и то, что временным, локальным явлениям, — таким как перепись населения, введение новых образцов паспортов и удостоверений личности, — придаётся глобальное, общемировое, апокалиптическое значение. Повсюду видятся козни антихриста и признаки последних времён. Но при таком понимании и настроении утрачивается вера в будущее, вера в само историческое существование России и Русской Православной Церкви... Горе тем, кто, по словам апостола, не благовествует, кто превращается в наёмников, начётчиков, требоисполнителей, фарисеев и лицемеров. И, несомненно, счастливы будут те, которые станут пастырями добрыми и в наш жестокий век помогут своему народу вновь обрести святую веру в Бога, вернуться в Церковь и возродиться благодатию Духа Святого.
Многое из того, что он говорил в прежние годы, приходилось повторять вновь, поскольку указанные тогда недостатки оставались неисправленными. Снова приходилось вести разговор о борьбе против суеверий:
— В некоторых местах поощряется непринятие российских паспортов. Два года тому назад, когда я, уезжая из Валаамского монастыря, стоял уже на палубе яхты, одна женщина обратилась ко мне и спросила: «Ваше Святейшество, можно ли брать новый паспорт?» Я у неё спросил, в чём проблема. «А вот наш батюшка говорит, что нельзя брать новый паспорт». Я ей сказал: «А ему что, дороже серпастый-молоткастый советский паспорт, чем с двуглавым орлом и Георгием Победоносцем?» Она ответила: «Спасибо, всё ясно»...
Говоря много добрых слов о продолжающемся возрождении монастырей, Предстоятель и здесь находил что покритиковать:
— Поступающий в монастырь должен глубоко сознавать, для чего он пришёл в обитель и к какой цели он должен стремиться. Становится всё более распространённой тенденция устроения в монастырях беззаботной, сытой и комфортной жизни, когда насельник подвизается не во славу Божию, но заботится более о своём земном благополучии, радеет не о духовном делании и благе обители, а руководствуется личными интересами. Кельи некоторых монашествующих, невзирая на замечания и прещения со стороны монастырского начальства, превращаются в роскошные апартаменты с дорогой мебелью, холодильниками, а нередко и видеомагнитофонами и телевизорами. Монашествующие священнослужители имеют в собственности автомобили и квартиры, причём получают их не только в наследство от родственников, но приобретают, находясь на послушании в монастыре! Откуда, спрашивается, у монашествующих такие средства? И это в то время, когда абсолютно все возрождённые обители нуждаются в финансах на проведение ремонтно-восстановительных работ. О какой аскетике, о каком подвижничестве и соблюдении монашеских обетов здесь можно говорить? Согласуется ли это с традицией русского монашества?.. В монастырях приобретает всё большую остроту проблема нетрезвого образа жизни. Пристрастие к винопитию стало проявляться даже среди насельниц женских обителей. На это негативное явление надлежит обратить самое серьёзное внимание наместникам и настоятельницам монастырей, а также духовникам. Меры воздействия в таких случаях известны: это и перевод на другое послушание, и временное лишение монашеских одежд, и изменение условий проживания в обители, о чём нет нужды говорить подробно... Конечно, все мы дети своего Отечества, и многое в жизни обителей связано с общей ситуацией в стране и в мире. Однако каждый монах должен помнить о своих обетах, принесённых Богу, и не оправдывать себя, а помышлять о том, каким он предстанет на Суд Божий.