Специально для проектирования здания создали так называемую мастерскую № 12. В неё вошли .несколько сотен архитекторов, инженеров, конструкторов, реставраторов и искусствоведов, а возглавил их тридцатисемилетний архитектор и реставратор Алексей Михайлович Денисов — по имени и отчеству полный тёзка Святейшего. Он выступал за воссоздание храма в полном соответствии творению Тона.
7 сентября 1994 года состоялось заседание Общественного наблюдательного совета, которое молитвой открыл его председатель — сам Патриарх. Он напомнил о злодеянии большевиков, совершенном в 1931 году, выразил сожаление о том, что на месте храма до сих пор зияет уродливое сооружение — бассейн «Москва», который уже три года не функционирует из-за повреждения его систем. Святейшему всё ещё приходилось доказывать необходимость восстановления московской святыни, спорить с противниками этой идеи. Итогом его деятельности стало то, что осенью 1994 года работы по возрождению храма Христа Спасителя наконец-то сдвинулись с мёртвой точки, вскоре исчезнет бассейн, на месте которого начнётся закладка фундамента...
Удивительно то, что именно тогда же, осенью 1994 года, произошло обретение мощей митрополитов Московских Филарета (Дроздова) и Иннокентия (Вениаминова), а также архимандрита Антония (Медведева). Святейший дал благословение на раскопки своему научному эксперту по вопросам истории и археологии Сергею Алексеевичу Беляеву, который довольно быстро установил возможное место захоронения в Троице-Сергиевой лавре, там, где некогда располагался храм Сошествия Святого Духа, разрушенный накануне Великой Отечественной войны.
В кондаке святителю Филарету сказано: «Яко пастырь праведный и исповедник непорочный, по святем преставлении от безбожных поругание и поношения приял еси». Останки трёх светочей Русской Церкви были обнаружены под асфальтом при раскопках 13 октября, и находились они в куче строительного мусора!.. Святотатство совершилось в конце тридцатых годов.
В тот же вечер 13 октября, узнав о том, что мощи найдены, Святейший приехал в лавру, осмотрел раскопанные гробницы и яму, из которой были извлечены останки, выслушал подробный рассказ о проделанной работе, пропел «Вечную память» митрополиту Филарету и архимандриту Антонию и «Величание» святителю Иннокентию, который ещё при Патриархе Пимене в 1977 году был прославлен в лике святых.
4 ноября, в праздник Казанской иконы Божией Матери, после Божественной литургии в Казанском соборе на Красной площади состоялась торжественная закладка часовни в честь Иверской иконы Божией Матери при воссоздаваемых Воскресенских воротах. Патриарх Алексий II освятил возрождение ещё одной московской святыни.
24 ноября он вместе с членами Священного Синода посетил строительную площадку воссоздаваемого храма Христа Спасителя. Увидел, что работы развернулись как надо, остался доволен.
С 29 ноября по 2 декабря 1994 года в Свято-Даниловом монастыре состоялся очередной Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. На нём Святейший отметил, что общее количество епархий за последние годы выросло почти вдвое и достигло 114, и окормляются они 136 архиереями.
— За четыре с половиной года своего патриаршего служения я в полной мере осознал, насколько тяжёл первосвятительский крест, — говорил Святейший в своём докладе. — Это крест ответственности за Церковь в наше непростое время, когда начальствовать — в чём бы то ни было — не привилегия, не честь, а тяжкий подвиг... За годы моего патриаршего служения мне пришлось заложить или освятить многие храмы в разных регионах и в первую очередь в Москве... За последние годы привычными стали прежде редкие службы в кремлёвских соборах. Мы совершали Божественные литургии в Успенском, Благовещенском, Архангельском соборах и в храме Ризоположения. Желающих помолиться у святынь Кремля столь много, что мы вынуждены ограничивать количество молящихся.
Он говорил и о явном возрождении монастырской жизни:
— Только за последние два с половиной года было открыто 138 обителей, среди которых знаменитый Новоиерусалимский Воскресенский монастырь, Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь в Костроме, Старо-Голутвин монастырь в Коломне, Святогорский монастырь под Псковом. На каждом заседании Священного Синода благословлялось открытие монастырей на всём огромном пространстве благовестил нашей Церкви — от Карелии до Дальнего Востока.
Значительно увеличилось и количество приходов в России, от 6800 — в 1988 году до 15 985 — в 1994-м. Общее число священников достигло почти тринадцати тысяч человек.
В последний день Собора к лику святых был причислен святитель Филарет (Дроздов). Акт канонизации состоялся 4 декабря в Успенском соборе Кремля.
В разнообразной деятельности Святейшего Патриарха Алексия II особое место занимает его работа с другими пастырями Русской Православной Церкви. В своих многочисленных выступлениях он постоянно обращался не только к пастве, но и к священникам, монахам, архиереям, выделяя различные стороны пастырского служения, нуждающиеся в улучшении, исправлении, а нередко — и в искоренении. Доклады на Архиерейских Соборах он наполнял необходимыми наставлениями по всем аспектам церковной жизни, строго требуя от пастырей неукоснительного исполнения его пожеланий. Но самой главной трибуной для этого являлись ежегодные Епархиальные собрания Москвы. Перечитывая теперь его выступления, поражаешься тому вниманию, которое уделял Предстоятель каждой чёрточке религиозной жизни, каждому самому мелкому штришку. Его послания московскому Епархиальному собранию всегда были до краёв наполнены критикой. Святейший Патриарх являлся здесь не в привычном для него благом образе, излучающем любовь, свет, радость, а в виде грозного, порой даже гневного судии.
Отчитываясь перед Епархиальным собранием Москвы, Святейший Патриарх Алексий II обычно начинал с рапорта о том, сколько им за год совершено богослужений, хиротоний, сколько построено и освящено храмов, каково количество епархий, приходов, называл число священнослужителей и архиереев, монахов в монастырях, говорил, сколько открыто воскресных школ, духовных училищ. Рассказывал о поездках по епархиям и за рубеж, о новых полезных свершениях... А затем он переходил к суровой критике.
Из года в год Предстоятель неустанно повторял, что недоволен тем, как во многих храмах служат священники. Одну из главных бед нашей Церкви он видел в неумении произносить проповеди, которые весьма редко проникают в сознание и сердца людей, пришедших в храм, чтобы услышать нечто весьма для себя важное. Проповедь, как учил он, не должна быть ни короткой, ни затянутой. В ней необходимо выделить привязку к совершаемому празднику и к поминаемым святым данного дня, а затем дать лаконичное, но яркое поучение, как вести себя в жизни, памятуя и об этом празднике, и об этих святых.
— Не впадая в политические дискуссии и мирское суесловие, — говорил Предстоятель, — современная живая проповедь должна давать с религиозных, евангельских позиций ответы на вопросы сегодняшнего дня, на то, что сейчас волнует прихожан: как спастись, как жить по-христиански, как исполнять заповеди Божии, как проявлять любовь по отношению к ближнему своему. Именно так поступают многочисленные инославные проповедники, и поэтому к ним, к сожалению, идут люди. А мы в горделивом самоуспокоении, что обладаем полнотой Истины, сами в дверь Истины не входим и других не пускаем.
Его беспокоило, что многие священники вообще не умеют беседовать со своей паствой:
— Большое прискорбие вызывает всё большая утрата духовничества, немало нареканий поступает на то, что большинство современных священников — требоисполнители, не способные чувствовать боль человеческого сердца как свою собственную, а потому не в состоянии уврачевать душевные раны приходящих к ним... Никакие исторические катаклизмы последних десятилетий не смогли полностью стереть в сердечной памяти нашего народа идеал Святой Руси. Как бы низко ни пал человек, в какой бы малокультурной среде он ни был воспитан, в глубине своего сердца, какой-то внутренней памятью он сознаёт, что есть другая, настоящая жизнь по правде Божией и эта жизнь — святость. И когда, терпя кораблекрушение при плавании по житейскому морю, или ища ответы на вопросы, которые ставит жизнь, или просто любопытствуя, русский человек оказывается на пороге православного храма, он ждёт, что здесь его поймут, здесь ему помогут, обласкают, ответят на возникший вопрос или, наконец, выслушают. Он этого ожидает, но далеко не всегда обретает. Часто у приходящего в храм человека возникает ощущение, будто он здесь чужой, никому не нужен и никому не интересен. Бывает, его так встречают, что на долгие годы, если не навсегда, человек зарекается ходить в храм. Всё, что так труднопереносимо в нашей обычной мирской жизни: формализм, бесчеловечность, грубость, бескультурье, — всё это производит особенно болезненное впечатление на вновь приходящего в храм человека, ожидающего, что там должна царить только любовь Христова. И потенциальные члены Церкви уходят. Русский человек уходит к заезжим миссионерам, многие из которых строят свою миссию на примерах тех отталкивающих впечатлений, которые возникли у этого человека в православном храме. Почему люди идут в секты? Неужели те скудные остатки христианства, которые присутствуют в их безблагодатном учении, привлекают туда крещённый в Православной Церкви русский народ? Нет, никто и ничто не может сравниться с Русским Православием ни в хранении Священного Предания, ни в благочестии. Вспомним хотя бы пребывание в Москве святых мощей великомученика и целителя Пантелеймона... Ни в одной стране мира не нашлось бы стольких миллионов людей, жаждущих приобщения к святыне. Так в чём дело? Только в одном. Сектанты научились принимать людей с лаской, а многие члены истинной Православной Христовой Церкви, даже священнослужители, не научились. Бесспорно, нагрузки современного пастыря не сравнимы ни с каким служением в миру. Священник не имеет права ни в отпуске, ни в выходные дни перестать быть пастырем. И должен, не щадя себя, всем и всегда давать «отчёт о своём уповании». Священник, как и всякий человек, имеет свои особенности характера и свойственные людям человеческие немощи, но при этом он не имеет права, как и всякий член Церкви Христовой, забывать, что Бог любовь есть и что только пребывающий в любви пребывает в Боге. Иными словами, когда мы с вами своей сухостью, усталостью, раздражительностью, незаинтересованностью, грубостью или невниманием отталкиваем приступающих к Церкви, ищущих дорогу к храму Божию, то мы тем самым уходим сами и уводим других от Бога. Не пора ли остановиться и опомниться? Настоятель и клир каждого храма обязаны создавать особые — хотелось бы подчеркнуть — особые условия для всех, даже случайно приходящих в храм. Большинство из нас выросло в условиях полуподпольного существования Русской Церкви, но теперь другие времена, и если мы с вами будем по-прежнему жить, как в гетто, из которого никуда нельзя выйти, то нашу потенциальную паству, наших крещёных православных русских людей похитят, разобщив, другие называющие себя пастырями, которые, по слову Писания, есть волки в овечьей шкуре.
