«Русская Православная Церковь всегда жила чаяниями и интересами своего народа. С ним она была и в радости, и в годину испытаний. В прошлом она содействовала становлению и единству нашего государства. Её патриотическое служение в суровые годы Великой Отечественной войны не требует доказательств».
«Наше государство, как нам известно, позитивно оценивает миротворческую деятельность Русской Православной Церкви. Эта деятельность разнообразна и в определённой степени дополняет усилия советского правительства и общественных сил, направленные на упрочение всеобщего мира.
Так, например, в результате активного участия представителей Русской Православной Церкви положительную деятельность, направленную на укрепление международного мира, осуществляют такие христианские международные организации, как Всемирный Совет Церквей, Конференция Европейских Церквей и Христианская Мирная Конференция. Также накоплен положительный опыт межрелигиозного сотрудничества в предотвращении угрозы ядерной катастрофы. Однако я убеждён, что вклад Русской Православной Церкви в этой области мог бы быть и более существенным, если бы мы действовали, руководствуясь не сиюминутными задачами, а долгосрочной внешнецерковной политикой, которая требует разработки». «Необходимо признать, что для выполнения важных задач, о которых сказано выше, Русская Православная Церковь в полной мере ещё не готова. Следует провести трудоёмкую подготовительную работу, готовить соответствующие кадры. Назрел также вопрос о пересмотре существенных республиканских законодательств в отношении религиозных объединений, которые устарели и не отвечают новым реальностям, сложившимся в нашем обществе и государстве. Назрела необходимость выработки общесоюзного законодательства. Мы ощущаем необходимость в повышении роли и авторитета Совета по делам религий при СМ СССР как компетентного органа, ответственного за разработку и проведение государственной политики в отношении религиозных объединений».
«В связи с проектом новой Программы КПСС, который предоставлен на обсуждение не только членов партии, но и всего советского народа, разрешите мне обратиться к вам с конкретным предложением. Почему бы в этом важном документе, который на многие годы будет определять поступательное движение нашего общества, не отразить готовности КПСС сотрудничать с верующими различных религий в укреплении международного мира, предотвращении угрозы ядерной катастрофы, как об этом было сказано в обращении, принятом коммунистическими и рабочими партиями несколько лет тому назад, а также в решении задач экономического и социального развития? Это, будучи отражением реально существующего положения, дало бы мощный стимул для более активного участия верующих различных стран в общечеловеческой задаче сохранения международного мира, а верующих нашей страны побудило бы к более активному участию также и в общесозидательном труде. Нет сомнений, что включение такого положения в Программу произвело бы чрезвычайно выгодное впечатление за рубежом, показав, что свобода совести реально существует в нашей стране, пользуется признанием государственного и партийного руководства, что нанесло бы сильный удар попыткам враждебной нам пропаганды в извращённом свете представлять положение верующих в Советском Союзе. Это оказало бы помощь и многим компартиям, для которых проблема взаимоотношений с верующими имеет весьма актуальный характер».
Сию эпистолу митрополит Алексий отправил 17 декабря. Горбачёв распорядился снять копии и раздать всем членам политбюро — Гришину, Кунаеву, Щербицкому, Алиеву, Громыко, Воротникову, Соломенцеву, Рыжкову, Лигачеву, Чебрикову и Шеварднадзе. По прочтении они высказали своё мнение, которое в основном сводилось к следующему: «Попы лезут к нам, хотят, чтобы мы с ними поделились властью. Накося, выкуси! Надо осадить». Вызвали Харчева, он с недавних пор являлся председателем Совета по делам религий при Совете министров СССР. До 1984 года работал послом в Кооперативной Республике Гайана, и видно, как раз там особенно поднаторел в вопросах взаимодействия с Православной Церковью. Сей деятель, занимаясь делами религий, не знал, к примеру, разницы между понятиями «религия» и «конфессия», считая, что эти слова — синонимы. Видя, что письмо вызвало у членов политбюро раздражение, Константин Михайлович не моргнув глазом стал уверять, что Патриарх Пимен вот уже год уговаривает его снять митрополита Алексия с должности управляющего делами Патриархии.
— Вот и надо выполнить его просьбу, — решил Горбачёв.
Наказать слишком смелого архиерея решено было основательно, но не до смерти. Экзекуция произошла не сразу, а спустя полгода. Патриарх Пимен, вопреки утверждениям Харчева, сопротивлялся отстранению митрополита Алексия, отговаривался:
— Нужен повод. Вы же сами объявили иную политику. Нельзя снимать с церковной должности лишь по окрику из политбюро.
29 мая 1986 года отошёл ко Господу митрополит Ленинградский и Новгородский Антоний (Мельников). Он мужественно перенёс тяжёлую болезнь, ежедневно причащаясь, и преставился на шестьдесят третьем году жизни. Скорбные мероприятия возглавил митрополит Таллинский. 31 мая он, совершив литургию, отпевал усопшего в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры.
Патриарх Пимен решил назначить митрополита Алексия в Северную столицу, а вместо него поставить управляющим делами митрополита Херсонского и Одесского Сергия (Петрова). В июне он отправил Алексия к нему в Одессу на торжества по поводу сорокового выпуска Одесской духовной академии.
29 июля 1986 года Священный Синод постановил: «1. Митрополитом Ленинградским и Новгородским, постоянным членом Священного Синода, назначить митрополита Таллинского и Эстонского Алексия, с поручением ему управления Таллинской епархией. 2. Освободить преосвященного митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия от должности управляющего делами Московской Патриархии».
Патриарх поступил мудро, как и подобает истинному архипастырю. Ему удалось выполнить требования Горбачёва и Харчева и одновременно никоим образом не обидеть любимого всеми митрополита Алексия, который формально шёл на повышение и отныне призван был возглавить сразу несколько епархий — Ленинградскую, Новгородскую и Таллинскую, то есть окормлять почти весь Северо-Запад России.
Поскольку у митрополита Алексея прибавилось работы, 16 сентября 1986 года его освободили от двух других важных должностей, а нового управляющего делами назначили председателем комиссии по реставрации и строительству в Даниловом монастыре и заместителем председателя комиссии Священного Синода по подготовке и проведению празднования 1000-летия Крещения Руси, с поручением ему возглавить организационную рабочую группу комиссии.
Позднее Святейший Патриарх Алексий II вспоминал те дни: «Реакция властей была отнюдь не перестроечной, а самой что ни на есть советской: меня отстранили от ключевой в то время должности управляющего делами и назначили на Ленинградскую кафедру. Впрочем, такой поворот судьбы я не воспринял болезненно. Напротив, считаю, что четыре года, проведённые мной на берегах Невы, стали одними из самых светлых и радостных в моей жизни. Ведь на моих глазах происходило возрождение церковной жизни в уникальной по своей истории епархии».
В 1963 году он, если верить устному преданию, вместе с пассажирами и экипажем самолёта Ту-124 попал в аварию, но благополучно сел на речную гладь Невы. Через двадцать три года «попал в аварию» с письмом Горбачёву и вновь благополучно приземлился в городе на Неве, став здесь церковным владыкой. Прибыв сюда 15 августа 1986-го, отслужил молебны в Никольском кафедральном соборе и у мощей Александра Невского в Троицком соборе лавры. С этого начались четыре года его служения одновременно в Петербурге, где родился его отец, и в Таллине, где родилась его мать.
