Между тем Московский Патриархат затеял весьма важное мероприятие, призванное показать всему миру, что Православная Церковь в России не только жива, но после хрущёвских гонений год от года набирает силу. 23 декабря 1980 года Священный Синод постановил начать подготовку к празднованию 1000-летия Крещения Руси. Была образована юбилейная комиссия под председательством Патриарха Пимена, но главным действующим лицом этой комиссии призван был стать заместитель председателя. И им избрали митрополита Таллинского Алексия. Предполагалось, что празднование станет сугубо внутренним церковным торжеством. Мало кто тогда мог представить, что юбилей окажется общегосударственным.
Юбилей Крещения Руси отмечался в русской истории лишь единожды — летом 1888 года. Государь Александр III придавал празднованию огромное значение, призывая воскрешать православное миропонимание ради искоренения вредных революционных идей. Вдохновителями стали Киевский митрополит Платон и обер-прокурор Святейшего Синода, выдающийся деятель России Константин Петрович Победоносцев. Празднование проходило в строгих тонах, без увеселений — крестные ходы, речи, освящение новых или обновлённых храмов, торжественные трапезы. В общем, всё прошло чинно и благородно. Митрополит Платон, подводя итог юбилею, сказал: «Пусть это будет приготовлением к тысячелетию, как повечерие перед литургией».
Главным недостатком тогдашних торжеств стало то, что идея родилась поздно, за полгода, и многое из запланированного попросту не успели подготовить. Теперь же решили начать подготовку аж за семь с половиной лет до юбилейного 1988 года.
Одним из событий 1981 года в жизни владыки Алексия стало награждение его орденом Апостолов Петра и Павла, который вручает древнейшая Антиохийская Православная Церковь, имеющая свою юрисдикцию в Сирии, Ливане, Ираке и Кувейте.
В мае 1982 года митрополит Алексий снова побывал на Афоне, совершал литургии в Покровском соборе Свято-Пантелеимонова монастыря.
Этот год стал последним в жизни Леонида Ильича Брежнева, руководителя Советского государства, при котором прекратились гонения на Церковь. Когда он скончался, говорили, будто его совершенно секретно отпевали. Нет, отпевания не было, была панихида. И совершил её в Патриаршем Богоявленском Елоховском соборе не кто иной, как митрополит Таллинский Алексий, о чём есть его собственноручная запись от 14 ноября: «Панихида в Патр, соборе по Л. И. Бр.». И надо полагать, совершал он сие заупокойное чинопоследование от всей души, поскольку новопреставленный был первым лидером большевистского государства, которого за его деяния не проклинали христиане. Перед самой своей кончиной Брежнев подписал указ о передаче Церкви Донского монастыря в Москве.
А на смену ему пришёл деятель, от которого вполне можно было ожидать возобновления борьбы советской власти против верующих. Однако Юрий Владимирович Андропов начал своё правление с борьбы против преступности, коррупции, против халатного отношения к работе, против тунеядцев. Рождество Христово 1983 года он отметил принятием постановления «Об укреплении трудовой дисциплины», в феврале развернул борьбу против «русской партии» в среде писателей и журналистов, а летом переданный Брежневым Донской монастырь заменил на Даниловский. Это была первая обитель, которую большевики вернули за все годы своей безбожной власти.
Великим постом 1983 года митрополит Алексий отправился в Швецию. За год до того Шведский экуменический комитет, представляющий почти все религиозные общины страны, опубликовал воззвание «За мир и разоружение», требующее остановить гонку ядерных вооружений, остановить все испытания ядерного оружия, прекратить его производство и размещение. По всему миру начался сбор подписей под этим документом, их было собрано более миллиона, а с 20 по 24 апреля, как раз на Страстной седмице, в шведском городе Упсала прошла конференция «Жизнь и мир». На ней митрополит Алексий явился одним из главных действующих лиц. 160 христианских лидеров из шестидесяти стран мира собрались на этот форум. Конференция приняла решение, безоговорочно осуждающее ядерное оружие, отвергнув доктрину о его «сдерживающей роли». Были выдвинуты требования, направленные всем государствам: укрепление ООН, выполнение Хельсинкского договора, в том числе и контроль за торговлей всеми видами оружия, ликвидация в пятилетний срок всякого ядерного оружия, а для начала — замораживание производства и размещения его, полное запрещение его испытаний. Премьер-министр Швеции Улоф Пальме высказал идею всеобщей безопасности.
Конференция завершилась богослужением и многотысячным митингом на площади Сергеля в Стокгольме. Архиепископ Улоф Сундбю в своей проповеди провозгласил несовместимость ядерного оружия с христианской верой и зачитал итоговый документ.
В 1983 году референтом и личным секретарём митрополита Алексия стал двадцативосьмилетний выпускник Московской духовной академии Юрий Епифанов. Человек, который будет самым близким и верным другом и помощником владыки, а затем Патриарха Алексия II.
17 мая председатель Совета по делам религий при Совете министров СССР Куроедов пригласил Патриарха Пимена и нескольких архиереев, в числе которых был митрополит Алексий, в Данилов монастырь и сообщил, что правительство СССР приняло решение возвратить Церкви Данилов монастырь для создания в нём и на прилегающем участке административного центра Московского Патриархата. Разрешено также было строительство на этой территории новых служебных помещений.
В монастыре развернулись реставрационные работы. Управляющий делами Московской Патриархии митрополит Алексий, назначенный председателем комиссии по приёму, реставрации и строительству Данилова монастыря, внимательно следил за их проведением. В работах участвовали архитектор Игорь Иванович Маковецкий, иконописцы Сергей Фёдоров и архимандрит Зинон (Теодор), слава которого, собственно говоря, и началась с этих трудов.
Передача Свято-Данилова монастыря дала представителям Церкви возможность вздохнуть с облегчением — кажется, новых гонений не предвидится. Гонениям при Андропове подверглись всевозможные сектанты, но не истинные христиане.
Правление бывшего шефа КГБ оказалось недолгим, и 12 февраля 1984 года митрополиты Таллинский Алексий и Минский Филарет после литургии в Елоховском соборе Москвы совершили панихиду по новопреставленному рабу Божию Георгию.
Новым руководителем страны стал малоприметный Константин Устинович Черненко, человек простой, застенчивый, любитель стихов Есенина, всю жизнь проведший в тени Брежнева. За глаза его называли Кучером, образуя сию кличку из инициалов и первых трёх букв фамилии. За год с небольшим он успел побороться с рок-музыкантами, пробойкотировал Олимпийские игры в Лос-Анджелесе и большую часть времени провёл в больнице, откуда и руководил страной.
Для митрополита Алексия этот 1984 год, когда правил Черненко, стал годом присуждения ему звания доктора богословия, после успешной защиты диссертации, коей стал солидный трёхтомный труд «Очерки по истории Православия в Эстонии», плод многих лет работы. «Очерки» были представлены на соискание степени магистра богословия, но учёный совет Ленинградской духовной академии постановил: «Диссертация по глубине исследования и по объёму материала значительно превосходит традиционные критерии магистерской работы и в преддверии 1000-летия Крещения Руси этот труд может составить особую главу в исследовании об истории Русской Православной Церкви, а посему автор заслуживает более высокой учёной степени, чем та, на соискание которой он её представил». Торжественный акт вручения докторского креста состоялся в Лазареву субботу. А уже в Страстной понедельник митрополит Алексий служил в своём таллинском соборе.
В июне новоиспечённый доктор богословия совершил значительное паломничество — на Святую землю. 5 июня он отслужил молебен в Елоховском соборе, а на другой день перед ним уже распахнул свои объятия величественный Свято-Троицкий собор Русской православной миссии в Иерусалиме, построенный в царствование государя Александра II и освящённый архимандритом Антонином (Капустиным), выдвиженцем святителя Филарета (Дроздова). До 1948 года храм находился в ведении Русской Зарубежной Церкви, но стараниями Патриарха Алексия I перешёл в руки Московского Патриархата, который и восстанавливал его после значительных разрушений, нанесённых во время первой арабо-израильской войны. Совершив в нём молебен, митрополит Алексий начал своё пребывание на земле, по которой ходил Бог-Сын. 7 июня он молился у Гроба Господня, а 8-го отправился в русский Горний монастырь. Эта женская обитель также была построена архимандритом Антонином, на том месте, где Богородица встретилась с праведной Елисаветой и поведала ей о грядущем рождении Спасителя. В 1914 году турки изгнали сестёр из обители, а сам монастырь осквернили и разрушили. Лишь после Второй мировой войны, с появлением государства Израиль, власти этой страны вернули землю и развалины Русской Православной Церкви, а Патриарх Алексий I отправил туда первых насельниц. В 1983 году в Горний прибыло новое пополнение, монастырь ожил и зацвёл пуще прежнего. В таком оживлении его и увидел приехавший митрополит Таллинский. 9 июня он служил литургию в Горнем, 10-го — у Гроба Господня в храме Воскресения Христова, а 11 июня — в Троицком соборе миссии совместно с Иерусалимским Патриархом. Им тогда второй год являлся Всесвятейший Диодор, полный жизненных сил пятидесятилетний муж, развернувший восстановление храма Гроба Господня, который при его предшественниках Тимофее и Венедикте пришёл в ветхое состояние. 13 июня митрополит Алексий совершал литургию на Голгофе, где Спаситель был распят, а 14-го — в Вифлееме, где Он родился.
