Ему уже исполнилось девяносто два года, и все понимали, что кончина близка, да он и сам сказал: «Это моя последняя болезнь». 27 февраля и 2 марта Патриарх пережил ещё два сильных сердечных приступа. Неотлучно при нём всегда находились личный секретарь и келейник семидесятипятилетний Даниил Андреевич Остапов и управляющий делами митрополит Алексий, по сути, переселившийся в Переделкино, дабы постоянно общаться с больным Предстоятелем Церкви.
Важнейшим вопросом в те дни было восстановление канонического общения с Православной Церковью Японии, которой исполнялось ровно сто лет. В 1870 году архимандрит Николай (Касаткин) основал в Стране восходящего солнца русскую православную миссию, затем открыл в Токио духовную семинарию. Во время Русско-японской войны 1904—1905 годов епископ Николай опекал русских военнопленных. В 1906 году он получил титул архиепископа Японского. За полвека миссионерской деятельности сей подвижник Православия создал епархию, состоявшую из 266 приходов, тридцати трёх тысяч крещёных японцев, из которых сорок — священнослужители. После революции 1917 года Японская Православная Церковь перешла на самоуправление, затем попала под юрисдикцию зарубежников, в 1946 году приняла решение вернуться в лоно Московского Патриархата, но раскололась на две части — половина оставалась в подчинении у Русской Зарубежной Церкви. И вот теперь, в свой столетний юбилей, она решила воссоединиться.
В начале апреля 1970 года к Патриарху в Переделкино приехала делегация во главе с архиепископом Владимиром (Нагосским). Состоялись переговоры о полном вхождении Японской Церкви в Московский Патриархат на условиях автономии. Алексий I благословил такое решение, архиепископ Владимир был возведён в сан митрополита как Предстоятель новоорганизованной автономной Японской Православной Церкви, а Николай (Касаткин) причислен к лику святых как равноапостольный Николай Японский. Это стало последним благим деянием Патриарха Алексия (Симанского). 10 апреля 1970 года он вручил митрополиту Владимиру Патриарший и Синодальный томос об автономии Японской Церкви и возложил на него вторую панагию. Через два дня он вновь принял владыку Владимира уже как митрополита Токийского и Японского, и это был его последний официальный приём иностранной церковной делегации.
За день до кончины Патриарха, 16 апреля, в Переделкино вновь прибыл Таллинский митрополит Алексий. Та встреча оказалась прощальной. Было видно, что уже не только дни, но и часы Предстоятеля сочтены. Патриарх возложил вторую панагию на митрополита Крутицкого Пимена (Извекова), тем самым указуя на него как на своего преемника.
На другой день Патриарх Алексий принимал митрополита Никодима, к вечеру ему стало хуже, и в ночь на Лазареву субботу он с миром отошёл ко Господу. В его завещании, собственноручно написанном ещё в 1963 году, прочитали: «Самая главная моя просьба ко всем, с кем мне приходилось иметь общение, — это просьба о молитве за меня, да приимёт Господь дух мой в Свои светлые Обители, простив мне вольные и невольные грехи Своим Божественным Милосердием. Сам я, расставаясь с этой временной жизнью и отходя в жизнь вечную, в которую во все периоды моей жизни я глубоко веровал, ни на кого не имею обиды или недоброжелательства, а если сам кого-либо обидел, прошу меня простить и покрыть любовью и молитвою о душе моей. Паству, вверенную мне Господом в этой жизни, — знаемых и незнаемых рабов Божиих, да хранит Господь в мире и благополучии. Верую, что духовное общение наше не прекратится, а по общей нашей молитве усилится и по отшествии моём в вечность».
Заканчивался Великий пост. После праздника Вербного воскресенья наступила самая скорбная в православном году седмица поминовения страстей Господних. В Великий вторник 21 апреля в храме Всех Святых, расположенном прямо под Успенским собором Троице-Сергиевой лавры, происходило погребение тринадцатого Патриарха Московского и всея Руси.
А в тот день, когда вся Православная Русь скорбела о своём Пастыре, в Кремлёвском дворце съездов проходило торжественное заседание. Брежнев читал ленинолюбивую речь, на предприятиях гремели митинги, после которых люди шли помянуть того, кто, по их мнению, был «живее всех живых». Именно в год столетия Ленина Нобелевский комитет присудил премию Солженицыну, который уже считался антисоветчиком, был исключён из Союза писателей, подвергался травле в советской прессе. Поскольку Александр Исаевич позиционировал себя как православного писателя, представителей Церкви подталкивали к тому, чтобы они выразили своё отношение к новому нобелевскому лауреату. Но Церковь на эти подталкивания не отвечала.
Недружеским шагом со стороны государства в том году стал запрет на проведение Поместного Собора, призванного избрать нового Патриарха: «Проводите, но не в ленинский юбилей!» В итоге, с задержкой на год, Собор состоялся в Трапезном храме Троице-Сергиевой лавры с 30 мая по 2 июня 1971 года. Комиссия по подготовке Собора насчитывала шестнадцать человек, и митрополит Таллинский являлся одним из наиболее деятельных участников этой комиссии.
Участниками Собора стали 234 человека, из них архиереев Русской Православной Церкви — 72, представителей православного духовенства — 84, верующих мирян — 78. В качестве представителей 124 зарубежных приходов Московского Патриархата выступили 25 иностранных граждан. Почётными гостями стали Патриархи Николай Александрийский и Юстиниан Румынский, митрополит Исидор Назаретский, архиепископ Григорий Синайский, представитель Автокефальной Православной Церкви в Америке архиепископ Филадельфийский и Пенсильванский Киприан, представитель папы римского кардинал Иоанн Виллебрандс, генеральные секретари Всемирного Совета Церквей пастор Юджин Блейк и Конференции Европейских Церквей доктор Колин Уильямс и др. Даже от старообрядцев приехал из Литвы один представитель.
В воскресенье 30 мая после совершения Божественной литургии у гроба преподобного Сергия Радонежского торжественный лаврский колокольный звон оповестил мир об открытии Поместного Собора. Собравшиеся все вместе пропели Никео-Цареградский Символ веры. На первом заседании выслушивались многочисленные приветствия гостей. Председатель Совета по делам религии Куроедов выступил с речью, в которой прозвучало: «разрешите сердечно приветствовать от лица правительства», «между государством и Церковью существуют вполне нормальные отношения» и «государство уверено, что Русская Православная Церковь и впредь будет развивать в народе патриотические чувства». На втором заседании с докладом «Жизнь и деятельность Русской Православной Церкви» выступил местоблюститель Патриаршего престола митрополит Пимен (Извеков). Затем у гроба почившего Патриарха Алексия совершили молебен обо всех предстоятелях Русской Церкви. На третьем заседании выступал митрополит Никодим (Ротов) сразу с двумя докладами. В первом, «Экуменическая деятельность Русской Православной Церкви», он не только развивал идеи поиска христианской экумены, единого мира и взаимопонимания между христианами разных вероисповеданий, но и очертил границы сближения русских с инославными. Во втором докладе — «Об отмене клятв на старые обряды» — он делал братские шаги навстречу старообрядцам.
Митрополит Алексий (Ридигер) выступал третьим. Его доклад назывался «О миротворческой деятельности Русской Православной Церкви». В нём он подводил итог работе, проведённой в шестидесятые годы, когда во многом благодаря стараниям русских архиереев мир не сорвался в пропасть третьей мировой войны. Приходилось делать экивоки и в сторону советской власти, отметившей недавно два своих юбилея — пятьдесят лет революции и сто лет Ленину. В докладе Таллинского митрополита прозвучала фраза, которую многие до сих пор не могут простить ему:
— Мы с горечью вспоминаем тот факт, что многие иерархи Русской Православной Церкви и часть её клира не поняли исторической обусловленности Великой Октябрьской Социалистической революции 1917 года в нашей стране... Не поняли эпохальности этой революции, освободившей народы нашей родины от капиталистического рабства...
