На другой день митрополит Ювеналий совершил в храме Христа Спасителя литургию.

А в день похорон литургию совершил местоблюститель Кирилл. Отпевание возглавил Константинопольский Патриарх Варфоломей. Кроме него в заупокойном богослужении приняли участие Предстоятели Поместных Православных Церквей — Патриархи Грузинский Илия и Румынский Даниил, архиепископы Афинский и всей Эллады Иероним, Тиранский и всея Албании Анастасий, митрополит Чешских земель и Словакии Христофор. На отпевании также молились представители Поместных Церквей — Александрийской, Антиохийской, Иерусалимской, Сербской, Болгарской, Кипрской, Польской, Американской.

Перед началом совершения чина отпевания Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в храм Христа Спасителя прибыли президент России Медведев и председатель правительства Путин с супругами, президент Белоруссии Лукашенко, главы некоторых других государств. Местоблюститель Кирилл произнёс великолепную речь. В ней в качестве самой главной заслуги усопшего он отметил:

— Святейший принял Церковь ослабленную десятилетиями гонений, притеснений, Церковь, которая неспособна была раскрыть весь свой потенциал духовный, чтобы обратить слово жизни ко всему народу. Она была в изоляции. Подобно больному человеку, который лежал в кровати и которому потом предложили встать, Церковь наша, вставая, была слаба. Но в то же время огромные исторические вызовы обрушились на нашу страну, и слабая Русская Церковь должна была принять на себя эти вызовы, не потерять свой народ, помочь ему обрести веру. И сегодня Святейший, предстоя лицу Божию, может сказать, что он оставил другую Церковь. Это больше не немощная, не слабая Церковь. У нас больше не дрожат руки и ноги, потому что Церковь вместе со своим народом. Потому что духовное проросло сквозь материальное. Потому что миллионы людей осознали, что без Бога и правды Его не может быть и человеческой правды. Святейший понимал, что Русская Православная Церковь — единственная, кто сохраняет традиции, память и ценности Святой Руси... Святейший всегда с уважением относился к суверенитету государств, возникших на пространстве исторической Руси. Он понимал, что эти разделения не могут разделить единую систему ценностей, которые возникли с опорой на Православие и впитали в себя исторический опыт многонационального народа. Святейший понимал, что эти ценности Святой Руси с её доминантой святости, красоты и чистоты жизни являются мощным столпом современной человеческой цивилизации, и потому он оберегал единство Церкви Святой Руси, несмотря на все вызовы, испытания и трудности. И сегодня мы все вместе — наследники Киевской купели Крещения — окружаем гроб нашего духовного отца и почившего Предстоятеля... Святейший много положил сил, чтобы появились тысячи и тысячи храмов и монастырей, чтобы возродилась духовная жизнь, чтобы наладился диалог Церкви и общества, той самой Церкви, которая десятилетиями находилась в изоляции и в некоем социальном гетто. Как нелегко было вступить в этот новый диалог и с властью, и с обществом! Как непросто было показать духовную красоту и силу той традиции, которая всех нас воспитала — не только православных, но и людей других религий и конфессий, и людей неверующих, потому что все мы формировались в той системе нравственных ценностей, которую сохранила на протяжении тысячелетия Русская Православная Церковь!.. Святейший Патриарх много заботился о том, чтобы сложнейшие процессы, потрясшие жизнь некогда единого Отечества, разъединившие его на суверенные государства, не разрушили народную жизнь. Именно поэтому он даже в самые сложные моменты политической конфронтации призывал к единству, к согласию, к миру. И как многие не понимали этих призывов! Одни снисходительно улыбались, другие говорили об отсталости Церкви, у которой нет другого — современного — языка. Но он говорил языком вечности. Он понимал, что только любовью можно объединить людей, что никакие конфликты в конце концов не решают главной задачи — созидания единства и согласия. Этот опыт любви он почерпнул не со стороны — это исходило из его жизни. Он внутри имел этот опыт, и те, кто трудился рядом с ним, знали, что он старался всегда любовью, миром, спокойствием соединять людей... А как можно любить дальнего человека? Как можно любить врага? Как можно любить того, кто очень далёк от тебя, того, кого ты не знаешь? Человеческий разум цепенеет перед этим вопросом и не может найти логического ответа. Но есть один ответ — это Господь наш Иисус Христос. Он нам дал этот ответ. Он пришёл, чтобы спасти мир, явившись не в силе и власти, не в блеске и человеческом могуществе. Он пришёл слабым и беззащитным и сказал, что любовью человек спасается. И Он показал, что это означает — Он ради любви взошёл на Крест и отдал Самого Себя... Честно исполняя свой долг, выходя за рамки служебных предписаний, не считаясь со временем и силами, невзирая на здоровье и настроение, невзирая на то, что о тебе говорят и что о тебе пишут, — делать до конца дело, к которому ты призван, отдавать себя и через эту отдачу являть пример любви... Святейший не грозной силой и властью, не ударом посоха о землю формировал это единство Церкви Святой Руси, а через неё — и единство исторической России, при всём уважении к сложившимся политическим реальностям. Он формировал это единство подвигом своего служения... Сегодня никого не заставишь выйти на улицу, особенно в плохую погоду. Но когда десятки тысяч людей идут, чтобы поклониться великому гробу Предстоятеля Церкви Русской, они идут потому, что им велит сердце. А сердце велит потому, что он людям отдавал своё сердце. Вот в этом — и всё Христианство, и вся тайна спасения. Если мы отдаём себя, мы принимаем взамен, мы устрояем великую сеть человеческой солидарности, духовной поддержки, взаимной помощи, единства. И только так можно уберечь семью от распада, мужа и жену — от развода; только так можно сохранить детей вместе с родителями, сохранить трудовые коллективы, общественные организации, общество, страну и — давайте взглянем дальше — всю человеческую цивилизацию. Святейший был человеком не национального, но планетарного масштаба... Принося венки ко гробу Святейшего, принесём ему самый главный венок — нашу искреннюю, сердечную молитву, нашу готовность идти дальше таким же путём, каким шёл он, никого не вздыбливая конфликтами и враждой, не пытаясь утверждать власть силой, но открывать наши сердца людям, чтобы в ответ на любовь, по примеру Христа Спасителя, создавалась единственно прочная и реальная связь между людьми; чтобы торжествовала любовь, а вместе с ней — мир, процветание и благополучие. Царство Небесное Великому Господину и отцу нашему Алексию, Святейшему Патриарху Московскому и всея Руси. Вечная молитвенная ему память. И ныне совершим заупокойное богослужение. Нас здесь много тысяч, но мы — капля от того народа, который сегодня вместе с нами совершает это заупокойное богослужение. И верим, что этот огненный столп всенародной молитвы достигнет Престола Божия и Господь преклонит милость Свою к почившему новопреставленному рабу Своему Святейшему Патриарху Алексию. Аминь.

После отпевания траурная процессия с гробом Патриарха совершила крестный ход вокруг собора. Затем на площадке у Западного крыльца собора была совершена лития и гроб понесли к катафалку. Далее его путь лежал в Елохово — в Богоявленский собор, где Патриарха Алексия ожидали мощи человека, чьё имя ему было наречено при посвящении в монашество, — митрополита Алексия. В Елоховском соборе местоблюститель Кирилл совершил заупокойную литию, и гроб с телом пятнадцатого Патриарха Московского и всея Руси вложили в деревянную раку посреди Благовещенского придела. В дальнейшем деревянное надгробие заменят на бело-мраморное.

Поминальная трапеза проходила в трапезных палатах храма Христа Спасителя.

12 декабря в зале Церковных Соборов храма Христа Спасителя состоялось очередное заседание Епархиального собрания города Москвы. Перед началом собрания участники помолились о упокоении души Святейшего Патриарха Алексия за литией, которую совершил митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий. На него было возложено управление Московской епархией. Он сообщил о том, что текст доклада был обнаружен на столе усопшего Предстоятеля, и попросил разрешения его зачитать, назвав последний доклад духовным завещанием Святейшего Патриарха Алексия II.