Из Киева Святейший намеревался отправиться в Донецкую епархию, посетить Святогорскую лавру, но напряжение этих трёх дней сказалось на самочувствии, и врачи посоветовали ему отложить визит. Вечером 28 июля Предстоятель полетел в Москву.

События в Киеве принесли полную победу Патриарху Алексию и сокрушительное поражение врагам единства православных народов — Виктору Ющенко и Юлии Тимошенко. То, что происходило в эти июльские дни 2008 года, имело мистическую окраску. В Винницкой, Ивано-Франковской, Закарпатской, Львовской, Тернопольской и Черновицкой областях произошло сильнейшее наводнение. Именно в тех областях, где наиболее сильны антироссийские настроения, где сильнее всего притеснялись православные люди, остающиеся верными Московскому Патриархату! Может быть, это был знак свыше?

Потерпев фиаско в Киеве, руководители Украины поспешили в район стихийного бедствия — поднимать свой пошатнувшийся рейтинг.

Вернувшись домой, Предстоятель несколько дней отдыхал, восстанавливая силы. Победа в Киеве способствовала быстрому выздоровлению. В первых числах августа он был уже полностью здоров и бодр, однако отпевать скончавшегося Солженицына не захотел, ограничился текстом соболезнования вдове Наталье Дмитриевне. Ещё пять лет назад Александр Исаевич обращался к Святейшему с просьбой разрешить похоронить его на кладбище Донского монастыря, и Патриарх дал своё благословение. Отпевал писателя-диссидента не архиерей, а клирик храма Святителя Николая в Кленниках протоиерей Николай Чернышёв.

В ночь с 7 на 8 августа грузинские вооружённые силы открыли интенсивный огонь по столице Южной Осетии Цхинвалу, затем начали вторжение. Россия мгновенно ответила введением своих войск и в течение трёх суток выдворила агрессоров за пределы непокорной Осетинской Республики.

«Сейчас на земле Южной Осетии льётся кровь и гибнут люди, о чём глубоко скорбит моё сердце, — писал в эти дни Патриарх Алексий. — Среди тех, кто поднимает руку друг на друга, — православные христиане. Более того, столкнулись друг с другом православные народы, призванные Господом жить в братстве и любви. Знаю о призыве к миру, сделанном Святейшим Католикосом-Патриархом всея Грузии Илией II. Обращаю к тем, кто сегодня ослеплён враждой, и свой горячий призыв: остановитесь! Не дайте пролиться ещё большей крови, не позвольте многократно расширить сегодняшний конфликт! Проявите мудрость и смелость: сядьте за стол переговоров, в ходе которых уважались бы традиции, взгляды и чаяния грузинского и осетинского народов».

Грузинский Патриарх Илия II не стал поддерживать неврастеничного президента Саакашвили — в эти дни он призывал власти Грузии решать все проблемы мирным путём.

12 августа Патриарх Алексий II поздравлял воинов Военно-воздушных сил России с их профессиональным праздником, и в этот день грузинская армия была полностью разгромлена. Позицию Патриархии по этому вопросу выразил руководитель Синодального отдела по взаимодействию с вооружёнными силами протоиерей Димитрий Смирнов:

— Россия обязана была вмешаться в грузино-осетинский конфликт.

Вскоре президенты России, Грузии, Абхазии и Южной Осетии подписали план мирного урегулирования.

И всё же поездка в Киев сказалась на здоровье, и в августе врачи потребовали отмены нескольких запланированных мероприятий, в том числе пришлось перенести на сентябрь поездку на Валаам, отменить ряд богослужений в храме Христа Спасителя. Мысли о происходящем на Украине не оставляли Святейшего. Враждебная власть там не успокоится в своей борьбе против России.

12 сентября, в день перенесения мощей Даниила Московского, Предстоятель вместе с президентом Медведевым прибыл в Свято-Данилов монастырь для освящения церемонии возврата колоколов. Шёл дождь, небесной водой окропляя вернувшуюся святыню...

16 сентября Святейший Патриарх совершил Великое освящение Покровского собора Марфо-Мариинской обители милосердия. Накануне состоялось её официальное открытие. Присутствовала жена президента России Светлана Медведева — воссоздание обители происходило под её патронатом. Здесь же, в обители милосердия, основанной великой княгиней-мученицей Елизаветой Фёдоровной, прошла панихида в связи с сорокадневом погибших во время конфликта в Южной Осетии...

Вскоре состоялась его последняя поездка на любимый Валаам. В сопровождении архиепископа Арсения Истринского Святейший приехал в Санкт-Петербург, откуда на вертолёте полетел на Валаамский архипелаг. За два с небольшим месяца до кончины здоровье его вновь было отменным, учитывая, что врачи не воспрепятствовали почти восьмидесятилетнему старцу вертолётное путешествие! И потому тем более было странно слышать после его ухода в вечность слова о том, будто нашу Церковь возглавлял «человек престарелый и практически уже не способный к управлению». Бодрый и весёлый, он совершил всенощное бдение в Спасо-Преображенском соборе, совершая помазание богомольцев елеем, раздавал иконки с изображением святого равноапостольного великого князя Владимира Киевского. Святейший совершил молебен у раки с честными мощами преподобных Сергия и Германа Валаамских. Потом он долго и оживлённо беседовал с братией, произнёс такие трогательные слова:

— Сколько раз ещё судит Господь мне посетить эту обитель? Каждый раз уезжая, предаёшь себя на волю Божию и надеешься, что, может быть, и ещё раз приведёт Господь посетить святое, освящённое подвигами преподобных Сергия и Германа и многих поколений монашествующих, вашими трудами и молитвами место, где всегда получаешь духовное укрепление и поддержку на жизненном пути.

Вечером вертолёт понёс его на своём борту в Санкт-Петербург.

Да, Святейший накануне своего восьмидесятилетия нередко чувствовал себя плохо, но это бывало с ним обычно после общения с людьми недобрыми, которые не желали ему быть здоровым и жить долго. Когда же он оказывался в кругу людей, обволакивающих его своей любовью, силы переполняли его и он мог бы остаться полезным народу, России и Церкви Христовой ещё очень долго и после своего восьмидесятилетнего юбилея.

Продолжалось налаживание добрых отношений с католиками. 1 октября в домовом храме Патриаршей резиденции в Свято-Даниловом монастыре архиепископ Неаполитанский кардинал Крещенцио Сепе передал Патриарху Московскому и всея Руси частицу мощей священномученика Ианнуария (Януария). Святейший Патриарх Алексий поблагодарил архиепископа Неаполя за передачу в октябре 2007 года в пользование общине Русской Православной Церкви храмового здания в центре города. Архиепископ Крещенцио передал Патриарху тёплое послание папы римского Бенедикта XVI. В ответном послании Святейший писал: «Радуюсь растущим перспективам развития добрых отношений и взаимодействия между нашими Церквями. Прочным основанием для этого является общность наших корней и совпадение позиций по многим вопросам, волнующим современный мир. Но, безусловно, главной движущей силой православно-католического диалога должна быть братская христианская любовь. Убеждён: величайшее откровение Евангелия о том, что “Бог есть любовь” (1 Ин. 4:8), должно стать жизненным ориентиром для всех, кто почитает себя последователем Христовым, ибо только свидетельством об этой Тайне мы сможем преодолеть рознь и отчуждение века сего, возвещая современному миру непреходящие ценности христианства».

С предыдущим папой Иоанном Павлом Войтылой подобной переписки не было.

6 октября Предстоятель освятил отреставрированную Синодальную палату Патриаршей резиденции Свято-Данилова монастыря и в ней открыл своё последнее в жизни заседание Священного Синода. Достаточно посмотреть журнал Московской Патриархии и, ужаснувшись огромному количеству обсуждаемых на заседании 6 октября 2008 года вопросов, подивиться тому, сколько было сил у Предстоятеля, чтобы выдержать многочасовую работу. А 8 октября, малость передохнув, он уже совершал литургию в Троице-Сергиевой лавре и участвовал в очередных торжествах, посвящённых преподобному Сергию Радонежскому. Всем бы накануне восьмидесятилетия такую дееспособность!..