Когда в Москве произошло избрание Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси, Гитлер потребовал, чтобы все русские священники на оккупированных территориях предали его анафеме и осудили решение Святейшего синода Русской Православной Церкви. Что же произошло далее? Представители Русской Зарубежной Церкви собрались в Вене и осудили нового Московского Патриарха за сотрудничество с большевиками. А митрополит Сергий (Воскресенский) собрал всех представителей Псковской Православной миссии, которой тогда руководил отец Кирилл Зайц, обсудил с ними суть вопроса и далее единогласно было принято решение: никакой анафемы и никакого осуждения! Отныне Псковская Православная миссия считала себя в подчинении у Патриарха Сергия (Страгородского). Тем самым она сознательно избрала для себя путь мученичества. Немцы начали проводить репрессии против русских православных священников на территориях Прибалтики и Псковщины. Впрочем, особо они в этом не преуспели, поскольку Красная армия стремительно наступала. В начале 1944 года Псковская земля была освобождена от захватчиков, и Псковская православная миссия прекратила своё существование.
Мучеником оказался сам экзарх Прибалтики. Весной 1944 года немцы решились на его уничтожение. Организовать покушение поручено было начальнику полиции Остланда обергруппенфюреру СС Эккельну. На дороге из Каунаса в Вильнюс машина, в которой ехал митрополит Сергий, была изрешечена пулями. Немцы подстроили дело так, будто нападение совершили партизаны.
Вскоре после освобождения псковских земель от оккупантов органы НКВД стали арестовывать всех членов Псковской Православной миссии. Приговоры им были суровые. От десяти лет до двадцати. Многие не вернулись потом из лагерей. Начальник миссии протопресвитер Кирилл Зайц, арестованный в Шяуляе, получил «двадцатку» и через четыре года окончил свои дни в казахстанском лагере. Начальник канцелярии Псковской миссии протоиерей Николай Жунда также получил двадцать лет и умер от туберкулёза в лагере Красноярского края. Печерский епископ Пётр Пяхкель получил «десятку» и тоже сгинул в лагерях. Такова же судьба многих, многих других...
Но многим Бог дал и вернуться из мест заточения. Протоиерей Николай Шенрок, получив двадцать лет, был освобождён через одиннадцать из того же казахстанского лагеря, в котором скончался Кирилл Зайц. Вернулся из того же лагеря протоиерей Сергий Ефимов. Священник Иаков Начис, получив десять лет лагерей, и отбыв их «от звонка до звонка», стал служить в единственном действующем православном храме в Республике Коми, потом в церкви, Мурманской области, превращённой в храм из лагерного барака.
Многие из священников Псковской Православной миссии при наступлении советских войск эмигрировали и окончили свои дни за границей, кто в Швеции, кто в Германии, кто в Америке. Такова судьба Ревельского митрополита Александра (Паулуса), Рижского митрополита Августина (Петерсона), протоиереев Георгия Бенигсена, Алексия Ионова, Владимира Толстоухова, Иоанна Лёгкого и десятков других. У кого повернётся язык их осудить?..
На Эстонию деятельность Псковской Православной миссии в годы войны не распространялась, поскольку здесь было много действующих православных храмов. Но эстонские священники во время оккупации вели себя так же, как и члены Псковской Православной миссии. Эстония превратилась в огромный концлагерь, и здесь тоже необходимо было оказывать помощь заключённым. Среди тех, кто особенно проникся сердцем к судьбе этих несчастных, был и отец Михаил Ридигер. Вот как об этом впоследствии вспоминал его сын:
— В то время я учился в обычной средней школе. Отличником не был, но и в отстающих не числился никогда. Любимый предмет — Закон Божий, за его изучение неизменно имел высший балл... Мой отец, Михаил Александрович, был рукоположен во диакона и служил в храме. Поэтому после гитлеровской оккупации, когда на территории Эстонии повсеместно появились опоясанные колючей проволокой концентрационные лагеря, мой отец посчитал своим христианским долгом регулярно их посещать. Немцы тому не препятствовали. Гитлеровцы не возбраняли деятельность православных священников, стремясь представить себя в глазах населения оккупированных территорий защитниками веры от коммунистического безбожия, хотя, конечно, таковыми вовсе не были. Но верно и то, что советская власть жёстко преследовала Православие: разрушала и оскверняла храмы, тысячами и тысячами уничтожала священнослужителей и верующих мирян... Только в 1943 году Сталин решил ослабить эти гонения. Между тем в Эстонии епископ Нарвский Павел добился разрешения германского командования на духовное окормление заключённых и помощь им продуктами и одеждой. Даже когда в одном из концлагерей вспыхнула эпидемия тифа, владыка Павел не изменил себе и продолжил там архипастырское служение с риском для собственного здоровья. Он в полном смысле слова посвятил себя служению милосердия, побуждал к этому своих клириков и призывал паству, чем возможно, помогать своим страдающим братьям и сёстрам. Мой батюшка горячо поддержал владыку Павла и также старался всё возможное время служить милосердию. В качестве псаломщика отец, как правило, брал с собой будущего митрополита Таллинского и всея Эстонии Корнилия (Якобса), а мальчиком-прислужником — меня. Иногда ездила с нами по лагерям, расположенным в порту Палдиски, а также в деревнях Клоога и Пылкюла, и моя дорогая матушка, Елена Иосифовна, но после увиденного и пережитого она потом несколько дней не могла прийти в себя. После этого у мамы появилось молитвенное правило: с тех пор перед иконой Божией Матери она каждый день стала читать акафист «Всех скорбящих Радость». Потому что скорбей у неё было много: ведь моя бесценная матушка пропускала через своё сердце буквально всё, что касалось меня и отца... Столько непереносимого горя, физических и душевных страданий, человеческих драм и трагедий, сосредоточенных на одном пятачке земли, я больше нигде в своей жизни не видел. Людей из России — военнопленных Красной армии и рабочую силу из мирных городов и деревень — доставляли в Эстонию в гораздо худших условиях, нежели убойную скотину. Их почти не кормили, поили тухлой или ржавой водой. Большую часть страдальцев затем отправляли на каторжные работы в Германию, меньшую использовали тут же, в Эстонии, обрекая на рабское — и это в лучшем случае — существование. В пересыльных лагерях собирались тысячи людей. Для всех, кто оказался за колючей проволокой, такая жизненная ситуация была настоящей трагедией, которая усугублялась подчас безумными слухами. Например, несчастные из средней полосы России впервые увидели море и почему-то решили, что их непременно утопят в балтийских волнах... Поэтому обращение к вере, духовная поддержка священнослужителей, окормлявших лагеря, им были крайне необходимы. В основном сюда попадали взрослые люди, но встречались среди них и подростки, и вовсе дети. Мы старались им хоть как-то помочь: для забитых, голодных, оборванных людей собирали продукты, одежду, лекарства... Обычно в бараке выделялась комната или просто отгораживался закуток. Туда помещали привозной престол и совершали богослужения. Многие узники просили их окрестить, чтобы вверить свою судьбу Господу Богу. Мы никому не отказывали. Именно в пересыльных лагерях я впервые начал читать шестопсалмие. Особенно жалко было, конечно, детей: перепуганных, измождённых, голодных. Многие из них были моими сверстниками, но попадались и меньшего возраста... Спокойно взирать на их страдания было нельзя. Кое-кому из расчувствовавшихся местных жителей удавалось уговорить коменданта, и тогда обречённых на мучительную гибель ребятишек брали в милосердные семьи, усыновляли либо удочеряли. Спасали.
В 1942 году в Казанском храме Таллина Михаил Александрович Ридигер был возведён в сан священника и отныне сам мог совершать богослужения. И он совершал их не только в храмах, но и в концлагерных бараках. Псаломщиком при нём был восемнадцатилетний гимназист Вячеслав Васильевич Якобс, сын полковника царской армии, арестованного в 1940 году во время присоединения Эстонии к СССР, увезённого в Москву и там расстрелянного. А мальчиком-служкой — тринадцатилетний Алёша. Так началась их дружба на всю жизнь. Вячеслав станет потом митрополитом Таллинским и всея Эстонии Корнилием, Алёша — Патриархом всея Руси.