Под утро, когда грабители уехали, через разбитые ворота в монастырь вернулись те немногие, кто успел укрыться в лесу. Их глазам предстала ужасная картина: вся монастырская площадь усыпана телами избитых до полусмерти монахов. А казначей Дорофей, оставшийся на время отсутствия настоятеля за старшего, так и лежал среди углей догорающего костра. По счастью, все оказались живы, хотя изрядно покалечены, а у отца Дорофея на всю жизнь остался красно-бронзовый цвет лица от пыток на костре, брови и ресницы так больше и не выросли¹⁵. Разбойники вскоре были все пойманы, это оказались жители ближайших сел. Вернуть имущество не удалось, и для острастки грабителей примерно наказали.

Хлопоты о земле, да и многие другие хозяйственные вопросы требовали постоянной отлучки настоятеля Исаакия. Вот и в наступившем 1715 году он отправился в столицу. По прибытии в Москву с Исаакием приключилась тяжёлая болезнь. Состояние больного ухудшалось, и уже не было надежды на выздоровление. Чтобы встретить смерть подобающим монаху образом, саровский инок решил принять великую схиму и попросил об этом строителя Знаменской Красногривской пустыни из Гороховского уезда Макария. Тот согласился, но выставил условия: «Строителем и ни в каком начальстве у братии не быть, и не священнодействовать и из монастыря не выходить, и братию в церкви от Писания не учить, и в пении церковном и за трапезою с братиею простою стояти и сидети в последних». Получив согласие, Макарий совершил пострижение с именем Иоанн. Под этим именем саровский инок и прославился впоследствии.

Видимо, рано ещё было умирать Исаакию-Иоанну, спустя некоторое время здоровье его пошло на поправку, и он возвратился в Саров. Связанный принятыми на себя обетами, Иоанн практически отошёл от руководства монастырём, хотя братия по-прежнему обращалась к нему за советом. Но эта неопределённость в руководстве монастыря имела отрицательные последствия, и в молодой обители начались неурядицы и разногласия. Иеросхимонах Иоанн не мог спокойно смотреть, как его творение разрушается прямо на глазах.

В Красногривскую пустынь к настоятелю Макарию с посыльным отправлено письмо с просьбой отеческого совета. Но Макарий своими ответами только ещё больше связывает Иоанна по рукам и ногам. Весь 1715 год прошёл в тягостном ожидании. Наконец, братия собралась и решила обратиться с челобитной к государю и архиерею за разрешением возникшей проблемы.

Преосвященный Стефан в очередной раз оказал неоценимую услугу Саровской пустыни: 13 марта 1716 года он подписывает указ, в котором, ссылаясь на примеры из древней истории, когда монастырями управляли и схимонахи, — наиболее известный из них преподобный Пафнутий Боровский, архипастырь предписывает Иоанну быть вновь настоятелем и управлять ею по-прежнему.

Приведя в порядок внутренние дела, Иоанн приступил к делам земельным. Вопрос о приобретении и оформлении земель очень важный и хлопотный, требующий постоянных разъездов по всей округе, поэтому в Арзамасе и Темникове куплены хозяйственные дворы для строительства подворий.

Это оказалось как нельзя кстати: началась большая земельная тяжба с братьями Полчениновыми, которые подали в Вотчинную коллегию прошение с доказательством якобы самовольного захвата саровскими монахами земли, принадлежавшей ещё их отцу.

Для оправдания совершенных земельных приобретений Иоанн делал выписки из старинных писцовых книг, доказывающих принадлежность земель татарским мурзам и мордовским князьям. Пришлось ему заняться и родословиями всех продавцов, что служило оправданием более древнего права на земли, на которые претендовали Полочениновы. Между этими заботами саровский настоятель продолжал приобретать всё новые участки земли вокруг обители, с каждым разом всё более и более расширяя монастырские владения. Последние три купчие на землю оформлены в 1729 году, всего в монастырском архиве хранилось 63 купчих, дарственных и прочих документов. Саровскую пустынь можно было назвать крупнейшим землевладельцем — в её собственности первоначально находилось более 45 тысяч десятин.

Следует сказать, что влияние Саровского монастыря на духовную и экономическую жизнь этого лесного захолустья заметно возросло. Владельцы окрестных сел и деревень давно поняли благотворное воздействие иноческой обители на местное население. Когда весть о притязаниях братьев Полочениновых разнеслась по округе, на защиту молодой обители встало не только русское население, но и представители других вероисповеданий.

Да и центральной власти необходим оплот православия среди большого количества татар-мусульман, языческой мордвы и ревнителей старой веры. Тем более, что древняя Санаксарская пустынь, основанная ещё в далёком 1659 году и расположившаяся на берегах реки Мокши, близ Темникова, пришла в запустение. Указом Святейшего синода оскудевший Санаксар в 1723 году первый раз присоединён к Саровской пустыни¹⁶. Четыре года Санаксар находился под опекой саровской братии. В 1727 году указом Синода приписанным монастырям возвращалась самостоятельность. Настоятелем монастыря назначен иеросхимонах Пётр, а с ним шесть человек братии. При передаче хозяйства Санаксарскому монастырю излишне передали денег 6 рублей 4 алтына, хлебных запасов 13 четвертей, 23 улья с пчёлами, корову и две телки. Вернувшийся из поездки Иоанн обнаружил это упущение, но оставил без изменения, как благотворительный вклад.

В 1729 году земельная тяжба медленно, очень медленно, с большой натугой, но всё же выходит на финишную прямую. Иоанн в поисках защиты дошёл со своей челобитной до Верховного тайного совета, который предписал Вотчинной коллегии во всём разобраться. И закрутилась бюрократическая машина: «Оное дело записать... описать... принять... отдать по повытию... расписать дачи... выписать из указов и предложить Коллегии немедленно». Решение, которое было доведено до спорящих сторон, было неожиданным как для Полочениновых, так и для насельников Саровской пустыни.

Притязания первых были признаны необоснованными, но оказалось, что и настоятель монастыря по закону 1649 года не имел права покупать земли от инородцев. Поэтому все земли подлежали передаче в казну. Вот такое обескураживающее решение, которое любого повергнет в уныние. Но не таков был иеросхимонах Иоанн, он продолжал борьбу за существование монастыря и обращается в Сенат. В октябре 1730 года сенаторы Михаил Голицын, Алексей Черкасский, Иван Барятинский, Андрей Ушаков и Василий Новосильцев (все эти люди заслуживают поимённого упоминания, так как благодаря их заступничеству и ходатайству Саровская пустынь продолжила своё существование)¹⁷ подготовили доклад на имя императрицы Анны Иоанновны. Они «дерзнули» сделать предложение «не соблаговолит ли Ваше Императорское Величество, для не имущества доходов и крестьян и руги, те земли за оною Пустынью утвердить вечно, другим не в образец». Доклад был поднесён императрице 25 октября. Ознакомившись с ним, государыня собственноручно начертала на нём: «Учинить по сему».

Так воля императрицы наконец поставила точку в этом очень важном вопросе. Опережая настоятеля, в Саров полетела депеша с радостной вестью. Настоятель Иоанн объявил 25 октября праздничным днём и как бы в напоминание о том, что более чем на 90 процентов земельные владения покрыты лесом, монашествующие назвали торжества «Лесным праздником». В Саровской пустыни ежегодно в этот день совершалась торжественная служба со всенощным бдением и благодарственным молебном.

Покончив с таким важным делом, Иоанн принялся за установление порядка внутри монастыря. Ещё в 1711 году по рекомендации царевен Марии и Феодосии он принял к себе в обитель иеродиакона Симонова монастыря Иосию. Мирское имя его Яков Самгин, происходил из купеческого сословия города Елатьмы. На первых порах он показал себя с хорошей стороны и начиная с 1715 года во время своих отлучек настоятель оставлял за себя иеромонаха Дорофея, а казначеем был поставлен Иосия. Спустя десять лет, пользуясь многодневными отлучками настоятеля, Иосия самовольно построил для себя в четырёх верстах от монастыря пустынную келью. Спустя ещё три года, оставшись за настоятеля, Иосия пытается организовать свой монастырь и переманить монашествующих к себе на пустынное место. Последователи у него, конечно, были, но из этой затеи ничего не получилось. Хотя Иосия и покаялся перед настоятелем, от своего замысла он не отказался. После того как за Иосией стали присматривать иеромонахи Дорофей и Ефрем, он затеял интриги по дискредитации Иоанна и его помощников, при этом перебрался на жительство к себе в пустыню. Сторонники Иосии приходили к нему как к духовнику. Среди них был и монах Георгий (Зварыкин), живший некоторое время при императорском дворе и имевший на руках какие-то запрещённые бумаги. Иосия порекомендовал ему показать эти бумаги бывшему за настоятеля отцу Дорофею и Ефрему и спросить у них, что с ними делать. Саровские монахи не сочли бумаги важными и вернули их хозяину. Тогда Иосия посоветовал Георгию тайно положить бумаги под Святой престол церкви и никому об этом не говорить. Спустя некоторое время, а именно в июне 1731 года, Иосия, прослышав о вакантной должности строителя в Николо-Берлюковской пустыни под Москвой, отправляется к своим благодетелям, с помощью которых и получает эту должность.