Основное, на чем сосредотачивал внимание Герасимов, была организация центральной внутренней агентуры в революционных партиях, без неё он считал работу безнадёжной.

Но официальная точка зрения, господствовавшая в Департаменте полиции, о пределах допустимого применения внутренней агентуры, по мнению Герасимова, по рукам и ногам связывала руководителей политического розыска. Согласно этой точке зрения идеалом считалось, когда агент не принимает непосредственного участия в деятельности революционных организаций и не входит в их состав, а в частном порядке получает нужные для полиции сведения от тех членов таких организаций, доверием которых он пользуется в силу своих хороших личных с ними отношений. Маложелательным, но допустимым считалось участие агента в организациях второстепенного значения, где они должны были играть подчинённую роль, в случае нужды исполняя поручения руководителей, но ни в коем случае не руководя сами деятельностью других. И уже совершенно недопустимым считалось участие агентов в центральных организациях, которые руководят деятельностью больших партий и союзов, инструктируют и направляют их работу, дают другим ответственные поручения и тд.

Таковы были официальные нормы. На практике они никогда не соблюдались. Полицейские руководители в ряде случаев давали прямые указания входить в состав руководящих революционных органов, именно так обстояло дело с Азефом, который в 1902 году вошёл в состав «Боевой организации» по прямому указанию руководителей Департамента и даже самого министра Плеве. Но, поступая так, руководители политического розыска на эти свои действия сами смотрели, как на, быть может, неизбежное, но во всяком случае несомненное нарушение законных норм, как на своего рода секретную болезнь, избежать которой порой бывает невозможно, но скрывать которую необходимо даже от самых близких. Поэтому очень часто между агентом и его полицейским руководителем устанавливалось молчаливое соглашение: агент входил в состав нужной организации, но своему руководителю об этом формально не сообщал, продолжая номинально числиться «сочувствующим»; руководитель же, превосходно понимавший в чем дело, делал вид, что верит этой благочестивой версии.

Герасимов считал подобный порядок и ошибочным, и опасным с точки зрения полиции: контролировать действия агента, положение которого внутри революционной организации официально неизвестно, было естественно, более трудно, чем контролировать деятельность агента, роль которого была полиции точно известна; возможность всякого рода злоупотреблений в этом случае была несравненно большей; полнота же использования этого агента полицией – несравненно меньшей. Поэтому Герасимов поставил своей задачей легализовать «секретную болезнь» центральной агентуры. Он не только разрешал своим агентам вступать в центральные организации революционных партий, но и прямо толкал их на это, ставя их в то же время под возможно более тщательный взаимный контроль и делая каждого из них, так сказать, ответственным перед полицией за всю деятельность соответствующей организации.

Легализуя центральную агентуру, Герасимов наряду с тем вводил значительные изменения и в тактику полиции по отношению к тем центрам революционных партий, в составе которых он имел своих агентов. И в прежние времена полиция арестовывала далеко не всех тех революционеров, относительно деятельности которых она была осведомлена. Но задачей полиции во всех подобных случаях бывало через отдельных, ей известных революционеров добраться до самого центра данной организации, выяснить весь руководящий состав последней, для того чтобы затем одним ударом вырвать её всю, с корнем. Именно такова была система Зубатова. Герасимов наоборот ввёл систему сознательного оберегания от арестов тех центров революционных организаций, в составе которых он имел вполне надёжных агентов. Мотивировал он эту свою тактику следующими соображениями: в обстановке, когда революционное движение носит массовый характер, уничтожить полностью революционные организации нельзя. Переарестовать всех революционеров нет никакой возможности. На место арестованных членов центральной группы всегда найдутся новые добровольцы, которые восстановят разбитую организацию. Но агента полиции, входящего в состав арестованного центра, всякий такой арест ставит под удар: если он арестован вместе с другими, то он на время выходит из числа активных сотрудников полиции; если он оставлен на свободе, то весьма вероятно, на него может пасть тень подозрения. Поэтому в результате ареста организация существовать не перестаёт, но имеется много шансов, что старый агент, осведомлявший полицию относительно её деятельности, выйдет из строя. Чтобы быть в курсе дел этой организации в её новом составе, полиции придётся искать нового агента, а такие поиски нелегки, они во всяком случае всегда отнимают некоторое время, в течение которого организация останется без внутреннего осведомителя.

По мнению Герасимова подобные аресты только вредны. Полиция должна идти другим путём. Организационных центров, поскольку в их составе имеется хорошая агентура, не следует разбивать арестами. Их нужно, наоборот, даже оберегать, для того, чтобы держать под постоянным и самым тщательным контролем и иметь возможность во всякое время парализовать наиболее вредные проявления их деятельности. Если такая организация ставит, например, тайную типографию, заводит динамитную лабораторию, устраивает склад оружия, взрывчатых веществ и т. д., то полиция должна производить аресты лиц, непосредственно относящихся ко всем этим вещам, не затрагивая руководящего центра организации. Вполне возможно производить и аресты отдельных членов – особенно тех, чья деятельность становится чрезмерно вредной, но такие аресты нужно производить постепенно, как аресты индивидуальные, и притом, конечно, считаясь с последствиями этих арестов для внутриорганизационного положения агента. Члены, особенно хорошо относящиеся к последнему, должны по возможности оберегаться; наоборот, его внутриорганизационные противники должны при первой же возможности изыматься из обращения. Производство ареста центральной организации как целого, допустимо только в особо важных случаях, например, в моменты острых политических кризисов, когда ожидаются особо важные выступления данной организации, предотвратить которые может арест руководящей ячейки, который внесёт разброд в ряды организации.

Далеко не все в этой системе было ново. Отдельные элементы её можно найти в практике многих видных деятелей полицейского сыска более ранних периодов. Герасимов только объединил эти элементы в одно целое, связал отдельные положения в сравнительно стройную систему. В своём законченном виде, логически додуманном до конца, это была настоящая полицейская утопия: все центры всех революционных организаций должны были бы существовать, как бы посаженные под стеклянные колпаки; каждый шаг их известен полиции; которая решает, что одно проявление их деятельности, с её точки зрения менее опасное, она допустит; другое, более вредное, пресечёт в корне; одному из членов организации дозволит писать прокламации и выступать с речами на митингах, так как он менее талантлив и его выступления производят меньше впечатления, а другого, более даровитого, посадит в тюрьму.

По рассказам Герасимова, осуществлять на практике эту свою систему организации полицейского розыска он начал ещё до появления Столыпина на посту министра внутренних дел, но ему все время приходилось натыкаться на сопротивление со стороны старых руководителей департамента, которые считали недопустимыми вводимые Герасимовым новшества. Отрицательное отношение к последним они пытались внушить и Столыпину, который вначале тоже с большой опаской смотрел на эксперименты Герасимова. Но затем вскоре – и это Герасимов ставит в большую заслугу Столыпину – последний понял все преимущества системы Герасимова и дал ему carte blanche.

Конечно, несмотря на неограниченные полномочия и почти столь же неограниченные кредиты, провести в жизнь полностью свою систему Герасимову не удалось: утопии, даже полицейские, не так-то легко воплощаются в действительность. Но изложенными принципами он руководствовался неукоснительно и смог достичь, по его мнению, весьма значительных результатов: целый ряд революционных центров им был поставлен под самый тщательный контроль.