Со времени поездки в январе 1912 года на Пражскую конференцию ленинцев Малиновский становится в ряды наиболее видных большевиков. На этой конференции он произвёл хорошее впечатление на Ленина, был избран в ЦК партии и намечен кандидатом от рабочих московской губернии в IV Государственную думу.
По приезде с конференции в Москву «стремится, сообщает охранному отделению сотрудник Сидор (А.А.Поляков), выставить свою кандидатуру по рабочей курии от губернии, и есть основание полагать, что он легко проведёт её, как имеющий популярность в рабочей среде». Через день сам Малиновский (Портной) сообщает о себе же: «Его кандидатуру в государственную думу московский социал-демократический комитет определённо решил поддерживать». 20 сентября он о себе же: «Им собрано 20 рублей денег на командировку своих агентов по губерниям для агитации среди рабочих о голосовании за него при выборах в Государственную думу». 30 сентября он сообщает, что избран выборщиком на губернский избирательный съезд, 3 октября сотрудник Сидор сообщает, что Малиновским получено из-за границы около 300 рублей для ведения агитации среди уполномоченных от рабочих по проведению его кандидатуры, и наконец, сотрудник Пелагея /А.С. Романов/ доносит, что Малиновский участвовал в предвыборном совещании, где его окончательно наметили в Государственную думу.
Так проводили большевики Малиновского в Думу, но едва ли им удалось бы это сделать, если бы того же не желали бы и в охранном отделении, и в Департаменте полиции. Последние к тому же всячески устраняли препятствия, возникшие на пути Малиновского в Таврический дворец. А первое препятствие явилось в лице мастера завода, где работал Малиновский, Моисея Кривова.
Находясь в плохих отношениях с Малиновским, Кривов грозил уволить его с завода и тем самым сделать невозможным выборы Малиновского. Кривова на время выборов арестовали. Вскоре появилось новое препятствие. На основании Положения о выборах, в них не могли участвовать лица, подвергшиеся по суду наказанию за кражу, мошенничество, причём означенное ограничение не покрывалось и давностью. Вице-директор Департамента полковник Виссарионов предоставил директору Белецкому такой рапорт: «Вследствие личного приказания имею честь обратить внимание Вашего превосходительства на положение о выборах в Государственную думу и доложить, что согласно 1 п. 10 ст. известно Вам лицо, как отбывшее наказание в 1902 г. за кражу со взломом из обитаемого строения, как за кражу в третий раз, по моему мнению не может участвовать в выборах. К изложенному считаю долгом присовокупить, что Вы изволили приказать доложить Вам, что надлежит возбудить перед г. министром вопрос о том, следует ли ставить в известность о существующем ограничении московского губернатора, или это лицо должно пройти для него совершенно незамеченным». На представлении рукой Белецкого помечено: «Доложено г. министру. Предоставить дело избрания его естественному ходу». К переписке приложен лист бумаги с оттиском штемпеля особого отдела: «Шифр, Москва, начальнику охранного отделения. Вопрос об участии известного Вам лица в выборах предоставьте его естественному ходу. Белецкий». На другом листке такой текст: «…разбор шифрованной телеграммы из Москвы от начальника охранного отделения на имя Департамента полиции. Дело предоставлено его естественному ходу. Успех обеспечен. Подполковник Мартынов». Наконец, 26 октября начальником Московского охранного отделения донесено директору Департамента: «исполнено успешно».
Выборы Малиновского в Государственную думу прошли успешно. Жена Ленина, Надежда Крупская, прислала поздравительное письмо, в газете «Правда» появилась горячая статья, выражающая уверенность, что Малиновский, уже более десяти лет являющийся социал-демократом и пользующийся большим уважением, несомненно скоро заявит о себе всей России. Департамент полиции увеличивает ему жалованье до 500 рублей в месяц.
После избрания Малиновский развивает чрезвычайно энергичную деятельность: как член Ленинского ЦК, как член Государственной думы и как сотрудник Департамента полиции.
В качестве члена ЦК он присутствует на февральском совещании этого комитета, происходившем на рождественских каникулах 1912 – 1913 годов в Кракове. В январе 1913 Малиновский приезжает в Москву для организации легального марксистского издания. Летом 1913 он снова за границей, на частном совещании лиц, пользующихся исключительным доверием Ленина (кроме самого Ленина и Малиновского, тут были Крупская, Зиновьев и Каменев). В представленном Малиновским в Департамент полиции отчёте об этом совещании обращает на себя особенное внимание место, где он говорит о возникших в большевистском центре подозрениях, что «вблизи думской шестёрки есть лицо, связанное с розыскными органами империи». Подозревать в предательстве кого-нибудь из членов самой шестёрки, и в частности Малиновского, у Ленина и его ближайших помощников Зиновьева и Каменева, очевидно, не было и мысли, судя по тому, что и после истории с Черномазовым Малиновскому на этом совещании были даны ответственнейшие поручения, как-то: назначение двух учеников из Москвы в открывавшуюся Лениным партийную школу пропагандистов, раздобывание денег на эту школу, организация в Москве газеты и прочее.
Во исполнение данных ему поручений Малиновский в августе 1913 принимает деятельное участие по изданию в Москве большевистской газеты «Наш путь», первый номер которой вышел 23 августа. 2 сентября сам Малиновский в качестве секретного сотрудника (теперь он носит кличку Икс) сообщает начальнику Департамента полиции Мартынову, что социал-демократ Данский намечает его (Малиновского) издателем журнала «Вопросы страхования», а 13 сентября он же доносит Мартынову, что ездил вместе с Петровским к Павлу Мостовенко за деньгами на партийные цели. 15 сентября Малиновский участвует на совещании видных социал-демократов от редакции газеты «Наш путь», на котором было решено вызвать стачку– протест по случаю преследования рабочей печати и для этого выпустить листовку. На другой день Малиновский уехал за границу на совещание ленинцев, названное по конспиративным соображениям «августовским» (на этом совещании, кроме Малиновского, присутствовал ещё провокатор А. И. Лобов).
Из постановлений этого совещания чревато последствиями было постановление по вопросу об отношении думской «шестёрки» к «семёрке». Совещанием было решено «идти на явный раскол» с меньшевиками в случае неудовлетворения ими требований ленинцев. По возвращении в Петербург Малиновский добился этого раскола, что привело к вмешательству в партийные дела русских социал-демократов Международного социалистического бюро.
Служа в свой подпольной работе двум господам – Департаменту полиции и РСДРП, Малиновский и как член Государственной думы был таким же «двуликим». Верховной следственной комиссией установлено, что он произносил в Думе речи частью от себя, частью же заранее приготовленные Лениным, Зиновьевым и другими лицами. Эти заранее приготовленные речи Малиновский представлял и на просмотр вице-директору Департамента Виссарионову, делавшему свои поправки.
Из выступлений Малиновского в Думе особенно замечательны 30 октября 1913 года и 22 апреля 1914 года. Подписав первым запрос к министрам внутренних дел и юстиции по вопросу о провокации социал-демократических депутатов И Гос. думы, Малиновский 30 октября 1913 года произнёс горячую речь в защиту спешности этого запроса. Речь эта, вызвавшая ряд сочувственных отзывов и приветствий, напечатанных в газете «Правда», создала Малиновскому широкую популярность. 22 апреля 1914 года состоялась бурная обструкция со стороны левого крыла Государственной думы против председателя Совета министров Горемыкина, причём 21 депутат, в том числе и Малиновский, были исключены на 15-м заседании. По словам членов Государственной думы Бадаева и Муранова, Малиновский возмущался создавшимся положением и настаивал на том, что «с этими карами парламентскими способами бороться нельзя», что «нужны другие приёмы борьбы», что «возвращение в Думу было бы позорным, необходимы более революционные выступления в виде уличных манифестаций рабочих, которых депутаты должны были поднять на защиту».
