Замом Ежова в Наркомвнуделе можно оставить Агранова». На следующий день Ежов был назначен наркомом внутренних дел СССР с оставлением его на посту секретаря ЦК и председателя КПК при ЦК ВКП(б).
29 сентября 1936 года Политбюро приняло (опросом) постановление «Об отношении к контрреволюционным троцкистско- зиновьевским элементам», которое было подписано Сталиным:
«Утвердить следующую директиву об отношении к контрреволюционным троцкистско-зиновьевским элементам:
а) До последнего времени ЦК ВКП(б) рассматривал троцкистско-зиновьевских мерзавцев как передовой политический и организационный отряд международной буржуазии. Последние факты говорят, что эти господа скатились еще больше вниз, и их приходится теперь рассматривать как разведчиков, шпионов-диверсантов и вредителей фашистской буржуазии в Европе;
б) В связи с этим необходима расправа с троцкистско-зиновьевскими мерзавцами, охватывающая не только арестованных, следствие по делу которых уже закончено, и не только подследственных вроде Муралова, Пятакова, Белобородова и других, дела которых еще не закончены, но и тех, которые были раньше высланы».
Подписанная Сталиным директива Политбюро о необходимости расправы с троцкистами свидетельствует о том, что перед органами НКВД была поставлена прямая задача: организовать громкий процесс над наиболее видными в прошлом участниками троцкистской оппозиции.
Как видно из архивных документов, Сталину в процессе следствия по данному делу направлялись многие протоколы допросов обвиняемых и лиц, их изобличавших.
Знакомясь с протоколом допроса Сокольникова от 4 октября 1936 года, Сталин на полях той части протокола, где излагался ответ Сокольникова о встречах и разговорах с английским журналистом Тальботом, сделал следующую пометку: «А все же о плане убийства лидеров ВКП сообщил? Понятно, сообщил».
На последней странице протокола, где Сокольников утверждает, что он не знал о связях Тальбота с английской разведкой, Сталин написал: «Сокольников, конечно, давал информацию Тальботу об СССР, о ЦК, о ПБ, о ГПУ, обо всем. Сокольников — следовательно — был информатором (шпионом-разведчиком) английской разведки».
Этот протокол допроса Сокольникова по поручению Сталина 22 октября 1936 года был разослан членам ЦК ВКП(б).
Проверка показала, что следствие по делу велось ускоренными темпами, необъективно, с грубейшими нарушениями законности. Аресты Пятакова, Сокольникова, Радека, Серебрякова, Лившица, Князева, Ратайчака, Пушина, Граше и Норкина были произведены без санкции прокурора.
Как сообщили в своих объяснениях в 1961 году бывшие сотрудники НКВД СССР Газов, Иорш и Воробин, имевшие прямое отношение к следствию по данному делу, руководство НКВД требовало от оперативного состава любыми средствами вскрывать вражескую деятельность троцкистов и других арестованных бывших оппозиционеров и обязывало относиться к ним как к врагам народа. Арестованных уговаривали давать нужные следствию показания, провоцировали, угрожали. Широко практиковались ночные и изнурительные по продолжительности допросы с применением «конвейерной системы» и многочасовых «стоек». Вся система допросов была рассчитана на морально-психологическое и физическое изматывание подследственных.
Об этом свидетельствовал в 1938 году и бывший заместитель наркома внутренних дел СССР Фриновский. Он, в частности, показал, что лица, проводившие следствие по делу параллельного антисоветского троцкистского центра, начинали допросы, как правило, с применения физических мер воздействия, которые продолжались до тех пор, пока подследственные не соглашались давать навязываемые им показания. Часто протоколы допросов и очных ставок составлялись только после признания арестованными своей вины.
Практиковалось оформление одним протоколом многих допросов, а также составление протоколов в отсутствие допрашиваемых. Заранее составленные следователями протоколы допросов обвиняемых «обрабатывались» работниками НКВД, после чего переиечатывались и давались арестованным на подпись. Объяснения обвиняемых не проверялись, серьезные противоречия в показаниях обвиняемых и свидетелей не уточнялись.
Допускались и другие нарушения процессуального кодекса.
Большинство обвиняемых по делу параллельного антисоветского троцкистского центра длительное время категорически отрицали свою виновность. Так, показания с признанием вины Муралов дал лишь через 7 месяцев 17 дней после ареста, Серебряков через 3 месяца 16 дней, Радек — через 2 месяца 18 дней, Турок — через 58 дней, Норкин и Лившиц — через 51 день, Дробнис — через 40 дней, Пятаков и Шестов — через 33 дня.
Однако, используя меры физического и морального воздействия, манипулируя материалами прошедших в 1934—1936 годах судебных процессов, «разоблачавших» троцкистов и их антисоветскую деятельность, органы следствия добились от обвиняемых нужных показаний.
Большинство обвиняемых, давая требуемые от них показания, делали это, по их словам, прежде всего в интересах окончательного разоблачения и разгрома троцкизма. Так, Муралов, отвечая в суде на вопрос Вышинского, почему он на следствии так долго не давал показаний о своей виновности, ответил (цитируется по исправленной стенограмме судебного заседания):
«...Я думал так: что если я дальше останусь троцкистом, тем более что остальные отходили — одни честно и другие бесчестно... во всяком случае, они не являлись знаменем контрреволюции. А я нашелся, герой... Если я останусь дальше так, то я могу быть знаменем контрреволюции. Это меня страшно испугало... И я сказал себе тогда, после чуть ли не восьми месяцев, что да, подчинится мой личный интерес интересам того государства, за которое я боролся в течение двадцати трех лет, за которое я сражался активно в трех революциях, когда десятки раз моя жизнь висела на волоске...
Предположим, меня даже запрут или расстреляют, то мое имя будет служить собирателем и для тех, кто еще есть в контрреволюции, и для тех, кто будет из молодежи воспитываться...
Опасность оставаться на этих позициях, опасность для государства, для партии, для революции, потому что я — не простой рядовой член партии...»
Подобные объяснения давали и другие обвиняемые по этому «делу».
Характерны показания Радека, которые он дал 4 декабря 1936 года:
«Я выбираю путь откровенного признания фактов, которые я отрицал из чувства стыда за совершенные преступления перед партией и страной. Я признаю себя виновным в принадлежности на день моего ареста к действующему параллельному центру троцкистско-зиновьевского блока, созданного в 1932 году по директиве Троцкого и ставившего своей задачей захват власти путем террористической борьбы с руководством ВКП(б) и Советского правительства.
К троцкистско-зиновьевской организации я примкнул в 1932 году».
На одном из допросов в Верхне-Уральской тюрьме, 10 июня 1938 года, осужденный по данному делу на 10 лет тюремного заключения Арнольд заявил:
«...После моего ареста в Анжерке 6.XI 1936 года во время следствия в Новосибирске следователем мне было заявлено: «Нам известно, что вы из себя представляете, и мы располагаем достаточным материалом, чтобы обвинить вас в шпионаже, но сейчас мы тебя обвиняем как участника террористической организации и других показаний не требуем, выбирай, кем хочешь быть: или шпионом, или террористом?» На поставленный передо мной вопрос я ответил, что являюсь участником террористической организации и обязуюсь давать показания».
Уже находясь в тюрьме, Арнольд утверждал, что процесс был политической комедией, никакого участия в подготовке покушения на Молотова он не принимал и вообще все это дело — мыльный пузырь.
Бывшие следователи по важнейшим делам Прокуратуры СССР Шейнин и Рагинский, участвовавшие вместе с Вышинским в допросах обвиняемых, в своих объяснениях в начале 1960-х годов сообщали, что так называемые передопросы обвиняемых Вышинским носили чисто формальный характер, им предъявлялись только протоколы допросов, а с материалами всего дела, как требовалось по закону, их не знакомили. Во время судебного заседания Прокурор СССР Вышинский по собственному усмотрению корректировал заключение экспертизы.