С потерей независимости Михаил Борисович лишился и ближнего окружения. Все его видные князья и бояре отъехали ко двору Ивана III, который щедро наделил их новыми земельными владениями. В этих условиях Михаил вновь попытался сблизиться с Литвой и даже отправил к Казимиру гонца. Но тот был схвачен и допрошен в Москве. Великому князю стало ясно, что тверскую крамолу следует выжигать огнем и мечом. 8 сентября 1485 г. московское войско окружило Тверь. После того как посады были сожжены, тверская знать в массовом порядке начала переходить на сторону Ивана III и проситься к нему на службу. Под покровом ночи Михаил Борисович был вынужден бежать в Литву, а его владения перешли в распоряжение великого князя. Править Тверью он отправил своего старшего сына Ивана, приходившегося Михаилу Борисовичу племянником. Поэтому формально Тверское княжество еще какое-то время продолжало существовать.
Довольно долго сохранял независимость верейский князь Михаил Андреевич. Он считал себя союзником Ивана III и активно помогал ему в борьбе с ордынцами. Более того, он даже породнился с великим князем через его вторую жену Софью Палеолог. Он, женил своего сына Василия на ее племяннице. В качестве подарков от тетки греческая княжна получила некоторые ювелирные украшения первой жены Ивана III. Узнав об этом, великий князь возмутился, но вместо того, чтобы наказать свою жену, он обрушился с опалой на ни в чем не повинного верейского князя Михаила Андреевича. Когда его сын Василий с женой бежали в Литву, тот лишился своего удела. В духовной грамоте он был вынужден написать, что свою отчину передает «господину и государю великому князю Ивану Васильевичу всея Руси». Этим он признавал права Ивана III считаться властителем всех русских земель.
Удачи в деле собирания земель привели к тому, что дремавшие до этого самодержавные устремления Ивана III стали проявляться все ярче и ярче. Особенно заметно это проявилось в его взаимоотношениях с братьями. В 1472 г., после смерти Юрия Дмитровского, он без всякого совета с остальными братьями присоединил его владения к своим. Среди них были такие стратегически важные и крупные города, как Можайск, Дмитров, Серпухов. Затем он заставил Андрея Угличского и Бориса Волоцкого подписать с ним договоры о том, что после его смерти они не будут искать великое княжение и отнимать его у его детей. Далее он решил наложить свое вето на переход служилых князей и бояр от одного удельного двора к другому. Отныне можно было переходить на службу только ко двору великого князя. Удельные же князья не имели права никого у себя привечать. Это вызвало возмущение у великокняжеских братьев Андрея и Бориса, и они даже задумали отъехать в Литву. Это было как раз накануне «стояния на Угре» против хана Ахмата. Объединившись, вместе с семьями и слугами, удельные князья двинулись в Великие Луки. Оттуда они отправили гонцов к Казимиру, прося помощи в ссоре с братом. Но великий князь литовский и польский король отказался быть посредником и лишь согласился принять княжеских жен и дать им в кормление Витебск. Тогда удельные князья направились в Псков. Там их сначала приняли с радостью в надежде, что они станут защищать горожан от Тефтонского Ордена. Но у братьев были иные планы. Они разрешили своим воинам грабить самих псковичей, отбирая продовольствие и ценные вещи.
В это время Иван III готовился сбросить ордынское иго и очень нуждался в союзниках против Ахмата. Узнав о его затруднениях, Андрей и Борис согласились помочь при условии, что, получат прибавку к своим владениям. Выбора у великого князя не было, и он согласился на уступки. Отряды удельных князей прибыли на Угру и существенно усилили русское войско.
Хотя после «стояния на Угре» Иван III и поделился с братьями своими землями, но тем недолго пришлось ими владеть. После смерти младшего брата Андрея Меньшого великий князь по завещанию получил все его владения. Это заставило его обновить договоры со средними братьями. С 1486 г. те уже не имели права пользоваться уделами кого-либо из умерших братьев, не могли претендовать и на Верейское княжество, Новгород, Псков, Тверь и Кашин, поскольку великий князь получил их «своим промыслом», по старшинству. В договоре вновь подчеркивалось, что удельные князья во всем должны были поддерживать великого князя и предоставлять в его распоряжение свои полки.
Но Андрей и Борис до конца не хотели осознать свою зависимость от старшего брата.
В 1491 г. Иван III приказал братьям послать свои войска на помощь своему союзнику – крымскому хану Менгли-Гирею. Но Андрей не подчинился и не отправил своих воинов, полагая, что русские люди не должны помогать татарам. Этим, как оказалось, он подписал себе приговор. По приказу великого князя его схватили и бросили в тюрьму. В конце 1494 г. в заточении он умер. Его сыновья разделили участь отца.
Борис Волоцкий умер своей смертью и даже смог передать удел сыну. Но тот уже никакой самостоятельной роли не играл и безоговорочно подчинялся Ивану III.
Таким образом, к концу XV в. сформировалась основная территория Русского централизованного государства со столицей в Москве. Иван III сосредоточил в своих руках огромную по тем временам державу, простиравшуюся от Баренцева моря и Северного Ледовитого океана на севере, Балтийского моря на западе, Уральских гор – на востоке, верховий Дона – на юге. Хотя русские земли несколько веков находились под властью Золотой Орды, процесс их объединения в национальное государство был синхронен образованию национальных государств в Западной Европе. К концу XV в. Франция очистила свою территорию от англичан и стала одной из крупнейших стран в своем регионе. Англия покончила с братоубийственной войной Алой и Белой розы и сплотилась вокруг новой династии – Тюдоров. Великое княжество Литовское в унии с Польским королевством успешно отстаивало свои позиции в борьбе с Тевтонским орденом и еще пыталось стать главным объединительным центром для южной части Древнерусского государства. Однако непримиримые противоречия между католиками и православными подрывали внутреннее единство этого государственного образования.
Несомненно, Иван III хорошо знал ситуацию в соседней Литве, поэтому после укрепления своих позиций внутри страны обратил свой взор на ее земли. Ведь он, как потомок Рюрика, считал своей отчиной все земли Киевской Руси. Русские князья, проживавшие на литовских землях и подчинявшиеся Казимиру, с симпатией смотрели на московского великого князя. Его успехи по собиранию земель и в отстаивании независимости своего государства свидетельствовали о силе и мудрости. Поэтому в 1482 г. несколько литовских князей православного вероисповедания, в их числе Михаил Олелькович, которого новгородцы когда-то приглашали оборонять их город, Фёдор Бельский и другие задумали перейти на службу к Ивану III вместе со своими владениями, простиравшимися до Березины. Но Казимиру донесли об их планах, и он решил нанести удар первым. Князю Бельскому пришлось бежать прямо из церкви, где он венчался. В Москве он был принят с ласкою и пожалован новгородскими землями. С этого времени переход на русскую службу литовских князей стал частым явлением. Многим из них не нравилось засилье в Литве польского католического духовенства.
Вместе с тем обострились и русско-польские отношения. Для разрешения конфликта Иван III решил привлечь своего союзника крымского хана. Уже в сентябре 1482 г. древний Киев был им сожжен и разграблен.
Вместо агрессии против Новгорода и Пскова Казимир был вынужден оборонять свои собственные земли и подписать с Москвой мирный договор на 10 лет.
Еще одним союзником Ивана III в борьбе с польским королем Казимиром стал Молдавский господарь Стефан. Его жена была двоюродной сестрой великого князя. Дружеские отношения были закреплены браком Ивана Молодого и дочери Стефана Елены. Свадьба состоялась в самом начале 1483 г.
В 1492 г. срок перемирия Русского государства с Великим княжеством Литовским и Польским королевством истек. Великий князь стал понимать, что война неизбежна. Смерть короля Казимира лишь ее ускорила, поскольку его владения оказались поделенными между двумя его сыновьями. Это ослабило польско-литовское государство. В начале 1483 г. на службу к Ивану III выехали князья Воротынские, Иван и Семен, с отчинами и захваченными городами Серпейск и Мещовск. В это же время великокняжеские воеводы князья Данила Щеня и Василий Патрикеев взяли Вязьму. С отчиной приехал служить и князь М. Р. Мезецкий.