Став царем, Борис занялся обширной благотворительной деятельностью, надеясь привлечь на свою сторону духовенство. Исключительно богатые вклады делались им в Троице-Сергиев монастырь (возможно, он предчувствовал, что именно здесь будут покоиться его останки). Денежные вклады неоднократно получал Иосифо-Волоколамский монастырь, родовая усыпальница Бельских. Часто бывал царь в Новодевичьем монастыре, где жила его сестра-монахиня.
Богомольные поездки царской семьи в Троице-Сергиев монастырь превратились для москвичей в грандиозное зрелище. Необыкновенным великолепием поражали царские кареты, восхищали роскошные наряды сопровождавших их дворян и дворянок, изумляли замыкающие процессию десятки тысяч стрельцов в полном вооружении со знаменами и набатами на красивых лошадях из царских конюшен.
Однако при всей роскоши и несомненных успехах и достижениях царь не чувствовал себя уверенно. Ему казалось, что знать плетет тайные нити заговоров и строит козни. Чтобы быть в курсе всех замыслов, он решил ввести систему доносов, по которой слугам разрешалось подглядывать и подслушивать господ и о любом их неблаговидном поступке доносить в особый фискальный приказ. Его возглавил царский родственник С. Н. Годунов. В награду доносчики получали имущество арестованных господ. Эта система имела самые печальные последствия для морально-нравственных устоев русского общества. Даже родители с детьми и жены с мужьями стали остерегаться говорить друг с другом откровенно. Слуги же договаривались между собой и умышленно оговаривали хозяев, чтобы завладеть их имуществом.
Одними из первых жертв доноса стали пять братьев Романовых, которые по женской линии считались ближайшими родственниками умершего царя Фёдора. Трое из них входили в Боярскую думу (Фёдор и Александр были боярами, Михаил – окольничим). Возможно, Борис опасался, что со своей многочисленной родней они представляют опасность для его трона, поэтому решил первым нанести удар и полностью истребить все их племя.
Современники предполагали, что «Дело Романовых» было сфабриковано С. Н. Годуновым, который подкупил одного из слуг Александра Никитича и приказал ему подбросить в господскую казну мешочек с ядовитыми корешками. После этого был сочинен донос.
Так это было или иначе, но царские ищейки нашли корешки у Александра Романова. После этого в Боярской думе началось шумное разбирательство. Оно продолжалось около года – с ноября 1600 г. по лето 1601 г. В результате следствия все братья Романовы и их многочисленные родственники были обвинены в том, что покушались на жизнь царя и, значит, стали опаснейшими государственными преступниками. Старшего брата Фёдора Никитича с женой постригли в монахи, их детей с тетками отправили в Белозерскую тюрьму, младших братьев выслали в Сибирь. Репрессиям подверглись все их родственники: Черкасские, Сицкие, Репнины, Шереметевы, Шестуновы, Карповы и многие другие. В итоге Дума и царский двор буквально обезлюдели. Вскоре в Москву одно за другим стали приходить трагические известия о безвременной кончине опальных. Первым умер Александр, затем Михаил и Василий Романовы, за ними князь Б. К. Черкасский и князь И. В. Сицкий с женой. Тяжело заболели Иван Романов, жена Фёдора Никитича монахиня Марфа и вдова князя Черкасского.
Все это произвело самое негативное впечатление на придворную знать. Становилось ясным, что Борис был продолжателем дел не царя Фёдора, а Ивана Грозного. Но если прирожденному государю подданные были вынуждены прощать и ярость, и лютость, то выборному они были не намерены прощать даже малейшие промахи и стали искать удобного повода, чтобы отомстить за опалы и репрессии.
Недовольство знати вызвало не только жестокое наказание представителей одного из наиболее уважаемых боярских родов, но и попытки царя Бориса отменить местничество, т. е. право отказываться от службы под предлогом умаления родовой чести. На соборе 1601 г. он заявил, что не может организовать оборону государства от крымцев из-за того, что воеводы своевольничают и отказываются служить там, где им предписано. Царя поддержал патриарх Иов, упрекнувший бояр за «худое и оплошное» отношение к службе. В итоге местничество было запрещено и в 1601, и в 1602 гг. Всех ослушников сажали в тюрьмы или понижали в чине.
Не ведя войн, Борис заставлял боевых воевод нести городовую службу, организовывать охрану населенных пунктов в ночное время, тушить пожары и т. д. Это многим было не по вкусу. К тому же русскую знать постоянно раздражала особая привязанность царя ко всему иностранному и самим иностранцам.
Как ни старался Б. Годунов прославить свое имя, все его правление оказалось очень несчастливым. Один за другим умирали его родственники и близкие люди, оставляя трон без опоры. Первым, вслед за царем Фёдором, скончался дворецкий Г. В. Годунов, в 1602 г. умер И. В. Годунов – видный военачальник, курировавший все военные ведомства; в 1603 г. ушла в мир иной царица-инокиня Александра, пользовавшаяся всеобщим уважением и любовью; окончательно одряхлел и отошел от дел дядя Дмитрий Иванович, умный политик и опытный царедворец. Он умер на рубеже 1604 и 1605 гг. Еще раньше не стало окольничего А. П. Клешнина, опытных полководцев Б. Ю. Сабурова и С. Ф. Сабурова, верного постельничего И. Безобразова (свою службу в этой должности он начал еще при Фёдоре). Сам Борис постоянно недомогал и испытывал огромные мучения от приступов подагры (из-за неправильного питания она была широко распространена среди знати).
Сокрушительный удар царствованию Б. Ф. Годунова нанесла природа. Три года подряд, начиная с 1601 по 1603 гг., лето было коротким, холодным и дождливым. Зерновые не успевали вызревать и сгнивали на корню. В стране начался массовый голод, приведший к большой смертности в центральных районах. Дело доходило до того, что главы семейств выгоняли своих домочадцев на улицу, не желая их кормить. Многие холопы лишились крова и пищи. Это заставило царя Бориса в 1602 г. издать указ о возобновлении Юрьева дня. Теперь крестьяне вновь на законном основании могли покидать земли, на которых нельзя было прокормиться. В итоге многие сельские жители стали переселяться на юг, где похолодание было не столь ощутимым. Там на границах образовывались военизированные казачьи поселения, ни от кого не зависящие и никому не платящие налогов. В них создалась благодатная почва для развития самозванческой аванюры.
В конце 1603 г. до царя дошли слухи, что в Речи Посполитой появился самозванец, выдающий себя за давно умершего царевича Дмитрия. Началось расследование, к которому подключили православное духовенство Литвы. Вскоре выяснилось, что Дмитрием назвался беглый чудовский монах Гришка Отрепьев, который когда-то служил у бояр Романовых и Черкасских. Это очень обеспокоило Бориса, поскольку он стал подозревать, что самозванческую авантюру организовали опальные бояре. За теми, кто остался в живых, усилили надзор. В Литву же для опознания беглеца был направлен его дядя Смирной Отрепьев. Но самозванец отказался с ним встретиться, и вопрос о его личности остался открытым. Некоторые даже полагали, что Дмитрием назвался сын А. Курбского, другие считали его незаконнорожденным сыном С. Батория. Были и другие версии.
Осенью 1604 г. войско Лжедмитрия, состоявшее из отрядов польских и литовских наемников и казаков, пересекло западную границу России и вступило на ее территорию. В приграничные города полетели «прелестные письма» самозванца, в которых он рассказывал о «чудесном» спасении от рук убийц, подосланных к нему в детстве Б. Годуновым, и просил о помощи для возвращения себе «отчего трона». На многих жителей северских городов они произвели огромное впечатление. Все захотели помочь гонимому царевичу свергнуть ненавистного царя Бориса.
В спешном порядке в Москве стали собирать войско против смутьяна. Но ни сам царь, ни его сын Фёдор, которому уже было 15 лет, не возглавили его. Главнокомандующим был назначен князь Ф. И. Мстиславский, состоящий в близком родстве (по женской линии) с опальными Романовыми.
