Анабаптизм поддерживал дисциплину в своем сообществе через "запреты", посредством которых членов церкви можно было исключать из анабаптистских общин. Это дисциплинарное средство считалось существенным для самосознания подлинной Церкви. Одной из причин, по которой анабаптисты настаивали на радикальном отделении от церквей основного течения (практика, которая до сих пор сохраняется в церкви амишей округе Ланкастер, штат Пенсильвания), была неспособность этих церквей сохранить в своих рядах должную дисциплину. Шлейтхеймское исповедание обосновывало доктрину запрета словами Христа в Мф.18:15–20: "Запрет используется в отношении тех, кто посвятил себя Господу, кто ходит в Его заповедях, всех тех, кто крещен в единое Тело Христово и называется братьями и сестрами, но кто ненамеренно впал в грех. Таким людям надлежит дважды сделать замечание втайне, а в 3–й раз их надлежит наказать публично, или изгнать (Мф.18)".

"Запрет" выполнял одновременно предохранительную и исправительную функцию, давая стимул к исправлению тем, кто находится под запретом, и предотвращая других от того, чтобы следовать их примеру. Польский Раковианский катехизис приводит 5 причин для поддержания строгой дисциплины в анабаптистских общинах, которые отражают их политику радикального отделения:

1. Исцеление отпавших членов, чтобы вернуть их в общение со всей Церковью.

2. Предупреждение других от совершения того же нарушения.

3. Предотвращение беспорядка в Церкви.

4. Для того, чтобы о Слове Божьем не шла дурная слава за пределами общины.

5. Для предотвращения осквернения славы Божьей.

Несмотря на свои пастырские цели, "запрет" часто трактовался сурово, так что члены общины избегали социальных контактов с человеком, находящимся под запретом, и с членами его семьи.

Центральная тема экклесиологии связана с четырьмя "признаками" Церкви — то есть четырьмя определяющими характеристиками христианской Церкви, зафиксированными в христианских символах веры. Эти символы утверждают веру в "единую, святую, соборную и апостольскую Церковь". Четыре определения, включенные в эту фразу — "единая", "святая", "соборная" и "апостольская" — стали известны как "признаки" Церкви и, начиная с IV в., играли важную роль в экклесиологических дискуссиях. Ниже мы попытаемся вкратце рассмотреть каждый из них.

"Единая"

Единство Церкви имело центральное значение для христианской мысли по вопросу о признаках Церкви. Всемирный совет церквей — одна из важнейших современных организаций в сфере христианского единства — определяет себя как "братство церквей, исповедующих Господа нашего Иисуса Христа Богом и Спасителем". Но именно это определение допускает существование множества церквей — англиканской, баптистской, методистской, православной, пресвитерианской, римско — католической и т. д. Как же можно говорить о "единой Церкви", когда существует такое множество церквей? Или о "единстве Церкви", когда она столь четко разъединена на организационном уровне?

Можно указать на 2 эпизода в церковной истории как имеющих особое значение в связи с этим вопросом. Первый относится к Северной Африке III в., когда разделение в Церкви стало потенциально разрушительной чертой. В ходе гонений при императоре Деции (250–251) множество христиан оставили веру перед лицом притеснений. Сразу возникли разделения относительно того, как относиться к таким людям: означало ли это падение конец их веры, или они могли быть восстановлены в Церкви через покаяние? Мнения резко разделились и возникли серьезные разногласия и напряженность. В своей работе "О единстве кафолической Церкви" (251), написанной в ответ на кризис, возникший в результате гонений Деция, Киприан Карфагенский настаивал на абсолютном единстве Церкви, сравнивая ее с "цельной ризой Христовой", которую нельзя разделить, ибо она соткана сверху донизу. Нарушение этого единства приведет в разрушению ее сущности: "Каждый, кто отделяется от Церкви, примыкает к прелюбодейке и отделяется от обетований Церкви. Отошедший от Церкви Христовой не может получить награды Христовы. Нельзя иметь Бога Отцом, не имея Церковь матерью. Если бы кому‑то из находящихся за бортом Ноева ковчега удалось спастись, то можно было бы считать, что существует спасение вне Церкви".

Существует всего одна Церковь и спасение за ее оградой невозможно. Extra ecclesiam nulla salus — "вне Церкви нет спасения". Впоследствии Киприан Карфагенский принял мученическую смерть, что придало его идеям о единстве особый статус в регионе, а также заставило Августина делать на них значительный акцент в своих произведениях.

Реформация XVI в. также стала свидетелем споров об этом вопросе. Как, раздавался вопрос, могли реформаторы оправдать создание раскольных церквей, которые вели к нарушению церковного единства? (Следует помнить, что Реформация проходила в западноевропейской обстановке, в которой единственной значительной церковной группой была ранее более или менее неделимая римско — католическая церковь). Как отмечалось выше, деятели Реформации отвечали утверждением, что средневековая церковь была до такой степени испорчена, что ее нельзя было считать Церковью в строгом смысле слова. Таким образом, была подготовлена почва для взрывного увеличения числа вероисповеданий.

После того, как был установлен принцип отделения от материнской церкви по доктринальным причинам, мало что можно было сделать, чтобы пресечь этот процесс. Так, в XVI в. англиканская церковь откололась от средневековой католической церкви; в XVIII в. от англиканской церкви откололось методистское течение; в XIX в. методизм в вопросе о предопределении разделился на уэслианскую и кальвинистскую церкви. Начиная с XVI в. стало ясно, что идею о "единой Церкви" нельзя более понимать социологически и организационно.

Столкнувшись с явным противоречием между теоретической верой в "единую Церковь" и суровой реальностью множественности церквей, некоторые христианские авторы стали разрабатывать подходы, позволяющие воспринимать последние в рамках первой. Можно указать на 4 подхода, каждый из которых имел сильные и слабые стороны.

1. Империалистский подход, объявляющий, что существует всего одна реальная церковь, которая заслуживает звания истинной Церкви, а все остальные церкви ложны или в лучшем случае отдалены приближениями к ней. Эта позиция была характерна для римского католичества до II Ватиканского собора (1962–1965), который сделал важный шаг признания других церквей братьями и сестрами во Христе.

2. Платонический подход, проводящий основополагающее разграничение между реальной церковью (являющейся видимой исторической реальностью) и идеальной Церковью. Этот подход встретил относительно мало поддержки в христианском богословии основного течения, хотя некоторые исследователи утверждают, что эту идею можно усмотреть в том, как Реформация делала разграничение между "видимой" и "невидимой" Церквами. Но, как мы отмечали выше, это разграничение лучше истолковывать в эсхатологическом свете.

3. Эсхатологический подход, считающий, что нынешнее разделенное состояние Церкви будет в последний день отменено. Нынешняя ситуация является временной и будет исправлена во время эсхатологического исполнения. Такое понимание стоит за разграничением между "видимой" и "невидимой" Церковью, которое проводил Кальвин.

4. Биологической подход, сравнивающий историческую эволюцию Церкви с ветвями дерева. Этот образ, разработанный немецким пиетистским автором восемнадцатого века Николаусом фон Цинцендорфом и с энтузиазмом принятый англиканскими авторами в следующем веке, позволяет усмотреть органическое единство различных реальных церквей — например, римско — католической, англиканской, православных церквей — несмотря на их различия.