КГБ выделил два небольших отряда спецназа из подразделения, позднее названного «Альфой». Создал его Андропов в июле 1974 года для борьбы с террористами и освобождения заложников, а за образец, в числе прочих, была взята британская спецслужба САС. Все сотрудники «Альфы» были офицерами, отобранными за высокий уровень физической подготовки и интеллекта.

Первый отряд из сорока человек получил кодовое имя «Зенит». Его отправили в Кабул под командованием полковника Григория Бояринова, сражавшегося во Второй мировой войне, а с 1961 года читавшего лекции по локальным войнам в Высшей школе КГБ. Вначале «Зенит» размещался в школе при советском посольстве в Кабуле. Его непосредственной задачей была защита диппредставительства и высокопоставленных лиц. По просьбе Амина группа также организовала контртеррористическую подготовку афганских коллег.

Отряд Бояринова вернулся в Москву в сентябре. Его сменила аналогичная группа «Зенит-2» под командованием полковника Полякова. Он и его офицеры провели рекогносцировку и нанесли на карту ключевые административные и военные здания в Кабуле. Это знание оказалось бесценным, когда пришло время взять Кабул.

В июне Устинов отправил батальон десантников под командованием полковника Василия Ломакина для защиты советских транспортных самолетов и их экипажей в Баграме, а при необходимости и для обеспечения эвакуации советников. Членам отряда следовало прибыть под видом «технических советников», а офицерам пользоваться сержантскими нашивками, чтобы скрыть принадлежность и структуру отряда. Десантники прилетели в Баграм в начале июля^{64}. Это перемещение заметили американцы, заключившие, что солдаты действительно переброшены для защиты Баграма и что русские не собираются отправлять их в бой в других районах Афганистана^{65}.

Таким образом, летом 1979 года несколько военных подразделений, которым было суждено сыграть серьезную роль в первые дни советского вторжения в Афганистан, уже находились там. Стремительно приближалась развязка, причем приближали ее драматические события в самом Кабуле. Постепенно, с большим нежеланием русские шли к военному вмешательству. Они подозревали, что это будет большой ошибкой, но лучшей альтернативы не видели.

Наступило время заговоров. Летом и осенью 1979 года Тараки и Амин интриговали друг против друга. Закончилось это взаимным предательством и, в конечном счете, трагедией. Роль СССР в этих событиях по-прежнему неясна, и даже их участники расходятся в том, кто несет ответственность и за что. Как бы то ни было, к тому моменту советские ведомства уже глубоко увязли в Афганистане, обстановку в котором они в полной мере не понимали и на которую так и не смогли повлиять[7].

По мере обострения ситуации в Афганистане и роста сопротивления коммунистическому режиму споры внутри правящей фракции «Хальк» приобрели особенно скверный характер. Амин сосредоточил в своих руках еще больше власти. К началу лета он занимал ключевые должности и в партии, и в государстве. Он был членом Политбюро и секретарем ЦК, премьер-министром и заместителем председателя Высшего совета обороны. Он отдал своим родственникам и доверенным людям ключевые посты в армии и спецслужбах. Интригами он добился назначения своего зятя полковника Мухаммеда Якуба начальником Генштаба. И он делал все возможное, чтобы подорвать позиции своего номинального руководителя, президента Тараки, открыто обвинив его на Политбюро в пренебрежении обязанностями.

Двадцать восьмого июля Амин сместил с должности нескольких членов кабинета, которых считал препятствиями к удовлетворению своих амбиций, в том числе министра обороны полковника Ватанджара и министра внутренних дел майора Маздурьяра. Он сам возглавил Министерство обороны и начал отсылать офицеров и подразделения, которым не доверял, подальше от столицы.

Тогда и сформировалась оппозиция Амину (позднее он окрестил ее «бандой четырех»): Ватанджар, Маздурьяр, бывший главы секретной службы Асадулла Сарвари и министр связи Гулябзой. Все — бывшие офицеры, участвовавшие в заговорах против короля в 1973 году и против Дауда в 1978 году. Они обратились к Тараки за поддержкой, но не получили ее. Амин пожаловался на них Тараки: они, мол, распространяют ложные слухи о нем и дискредитируют его в глазах иностранцев. Глава Управления по защите интересов Афганистана (АГСА) Ахмад Акбари, кузен Амина, рассказал ему в конце августа, что Тараки готовит против него террористический акт.

Первого сентября КГБ направил в ЦК записку с некоторыми вариантами действий. Правительство Амина и Тараки, писали аналитики, теряет свой авторитет. Вражда афганского народа к Советскому Союзу растет. Тараки и Амин игнорируют рекомендации советских представителей по расширению политической и социальной базы режима и по-прежнему уверены, что внутренние проблемы можно решить с помощью военной силы и масштабного террора. Поскольку движущей силой этой политики является Амин, следует найти способ отстранить его от власти. Вероятно, идея смещения Амина тогда впервые формально прозвучала на высшем уровне.

В записке КГБ говорилось, что Тараки нужно убедить создать демократическое коалиционное правительство. НДПА (и «парчамисты», ныне снятые с государственных постов) должна сохранить свою ведущую роль. В то же время «патриотически настроенное» духовенство, представителей национальных меньшинств и интеллигенцию тоже следует привлечь к руководству страной. Несправедливо осужденных людей, в том числе представителей фракции «Парчам», следует освободить. Кроме того, необходимо подготовить и держать в резерве альтернативное правительство с членами НДПА. К планированию целесообразно привлечь Бабрака Кармаля, находившегося в изгнании. Примерно такой план Советы и начали воплощать в жизнь в декабре. 

С этого момента главным органом, принимающим решения по афганским вопросам, стал комитет Политбюро по Афганистану: Громыко, Андропов, Устинов и Пономарев. Они регулярно проводили совещания, нередко с участием советских представителей в Кабуле. Скорость принятия решений сильно выросла^{66}. Аналитические документы и рекомендации МИД, КГБ, Минобороны и Международным отделом ЦК КПСС передавались в комитет, а тот выносил предложения на рассмотрение Политбюро. Нечего и говорить, что процедуры координации между ведомствами, как и в правительствах других стран, в теории были четкими, но работали не так уж здорово. Ведомства были на ножах друг с другом, а тщательные, хотя порой и противоречащие друг другу выводы и рекомендации, выдвигаемые осторожными чиновниками, нередко оставались без внимания или отвергались: у руководства были свои соображения.

У КГБ имелись: долгий опыт работы в Афганистане, множество тайных контактов в стране и собственные представления о ситуацией. Во многих отношениях комитет был ведущим советским ведомством. КГБ ставил на «Парчам» и зачастую выражал взгляды этой фракции, хотя она объединяла всего полторы тысячи из пятнадцати тысяч членов НДПА. Остальные партийцы, а также большинство афганских офицеров-коммунистов, дружбы с которыми искал Амин, принадлежали к фракции «Хальк»^{67}. Стали расти противоречия между КГБ, который в итоге пришел к выводу, что Амина следует заменить своим человеком — лидером «Парчам» Бабраком Кармалем, и советскими военными, готовыми сосуществовать с Амином и уверенными, что главное — это сохранение поддержки «Хальк» в армейской среде. Многие из афганских офицеров обучались в СССР и наладили хорошие контакты с русскими коллегами. Разногласия усугублялись плохими личными отношениями между высшими офицерами КГБ и армии и давним соперничеством КГБ и армейской разведки — ГРУ. Из-за этой вражды страдал процесс разработки и исполнения политических решений в СССР (в том числе решения о вторжении в Афганистан и координации последующих действий). Афганские руководители, естественно, пользовались этими разногласиями.