Благодаря победам Массены (после победы при Цюрихе его войска нанесли ряд поражений и австрийцам) положение Французской республики значительно улучшилось. Франция как бы негласно признала его «спасителем Отечества» (после измены генерала Ш. Пишегрю это звание никому больше во Франции официально не присваивалось). Так его назвал и возвратившийся в это время из Египта Наполеон Бонапарт. В кампании 1799 года во всей полноте раскрылся полководческий талант Массены.
Известие о перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года), в результате которого к власти во Франции пришел Наполеон Бонапарт, Массена встретил без энтузиазма. Он не забыл довольно с ложные отношения со своим бывшим главнокомандующим и ничего хорошего лично для себя от него нового возвышения не ожидал. Но как человек расчетливый и достаточно осторожный в вопросах политики, и к тому же занимавший должность командующего одной из армий Республики, он проявил сдержанную лояльность к этому событию. Вместе с другими командующими армиями Массена, вероятно, скрепя сердце, приветствовал переворот 18 брюмера и приход Бонапарта к власти. И интуиция не подвела старого солдата. 23 ноября 1799 года Первый консул Республики генерал Наполеон Бонапарт назначил Массену командующим Итальянской армией. Однако это назначение последний принимает без особого восторга. Дело в том, что разгромленная союзниками в 1799 году Итальянская армия находилась в крайне незавидном положении, удерживая в районе Генуи последний клочок итальянской земли. Саму Геную оборонял небольшой гарнизон, лишенный самых необходимых запасов. Перед тем как согласиться на перевод в Италию Массена поставил перед главой государства условие: он не возглавит армию, обреченную на оборонительные действия, и недвусмысленно заявил о своих претензиях на главное командование. Бонапарт удовлетворяет его требование. Массена получает права главнокомандующего, в том числе и по части тех реквизиций, которые он сочтет необходимыми для нужд армии. Но, прибыв в армию (январь 1800 года) и увидев все своими глазами, Массене пришлось распрощаться со своими честолюбивыми намерениями. Противник имел более чем двойное превосходство в силах, побережье блокировал английский флот, армия находилась в ужасающем состоянии, госпитали были переполнены больными и ранеными, моральный дух войск приближался к критической отметке, целые батальоны превратились в неуправляемые банды, промышлявшие грабежами и разбоями. Но не таков был Массена, чтобы пасовать перед трудностями, какими бы непреодолимыми они ни были. Первым делом он энергично взялся за наведение порядка в войсках. Второе, что предпринял новый командующий, — отвел все войска в Геную, решив обороняться в ней до последней возможности. Вскоре австрийцы обложили Геную со всех сторон и в начале апреля приступили к ее осаде. Австрийский главнокомандующий генерал М. Мелас, прекрасно осведомленный о положении французов в Генуе, полагал, что овладеть ею не составит особого труда. Несмотря на то, что гарнизон испытывал огромные лишения, Массена действовал активно. Французы оборонялись упорно, часто совершали смелые вылазки, нанося противнику большой урон. Всего за время осады Генуи австрийцы потеряли убитыми и ранеными до 15 тыс. человек, то есть почти столько же, сколько насчитывал ее гарнизон. Но голод делал свое дело: он для защитников Генуи был страшнее врага. В мае суточный рацион солдат составлял 100 г конины и 100 г того, что едва ли можно было назвать хлебом. Только железная воля Массены и его начальника штаба генерала Н. Удино позволяла продолжать оборону. Жесткие меры, предпринятые Массеной против населения города, также испытывавшего огромные лишения, позволили удержать его в повиновении. В завершение ко всем несчастьям в городе вспыхнула эпидемия тифа. Но на все предложения противника о сдаче Массена отвечал неизменным отказом. Когда он узнал о появлении в Италии Наполеона с новой армией, то предпринял попытку прорваться на соединение с ним. Однако эта попытка закончилась неудачей: его голодные и обессилившие солдаты не были способны сражаться в наступлении. Бонапарт же вместо того, чтобы идти на выручку осажденной Генуе, повернул на Милан. К началу июня все возможности обороны Генуи были исчерпаны: скудные запасы продовольствия и боеприпасы полностью израсходованы. Массене не оставалось ничего иного, как сложить оружие. Однако, несмотря на абсолютную безнадежность своего положения, он все же сумел выговорить себе почетные условия капитуляции. При этом в конвенции о сдаче города австрийцам слово «капитуляция» вообще не упоминалась. Согласно ее условиям остатки французского гарнизона (8 тыс. человек, остававшихся в строю) покидали город с оружием в руках и уходили во Францию, взяв на себя обязательство не участвовать в боевых действиях против австрийцев до окончания войны.
Капитуляцию Генуи наряду с австрийскими генералами принимал и английский адмирал Кейт. Пораженный беспримерным мужеством французов, он сказал настаивавшему на почетных условиях капитуляции Массене: «Генерал, вы так геройски оборонялись, что мы не можем вам ни в чем отказать». 2-месячная оборона Генуи завершилась 5 июня 1800 года, когда французы покинули город. Через 9 дней произошло знаменитое сражение при Маренго, в котором Наполеон разгромил австрийскую армию Меласа. Немалый вклад в достижение этой славной победы внесла героическая оборона Генуи, отвлекшая на себя значительные силы противника. 24 июня 1800 года Наполеон назначил Массену главнокомандующим французскими войсками в Италии (объединенные силы Резервной и Итальянской армий, а также ряда отдельных корпусов). Это была награда за оборону Генуи, обессмертившую имя Массены. Но прошло всего несколько недель, и Наполеону пришлось пересмотреть свое решение. Дело заключалось в том, что, получив пост главнокомандующего, Массена без промедления принялся извлекать из него всевозможные материальные выгоды. Грабежи и мародерства, давно уже укоренившиеся во французской армии, приняли при новом главнокомандующем повальный характер, превратившись в хроническую болезнь, разъедавшую и без того не очень здоровый армейский организм. При этом сам главнокомандующий не только не принимал никаких мер по пресечению всех этих безобразий, но зачастую и санкционировал их. Возмущенный таким поведением Массены первый консул 13 августа 1800 года отстранил его от командования, заменив генералом Г. Брюном. Однако отправить своего старого соратника в отставку Наполеон все же не решился, хотя и перевел его на половинное жалованье. Зная, как трепетно относится Массена к деньгам, Бонапарт расчетливо нанес удар по его самому больному месту. Правда, уже через месяц первый консул смилостивился и назначил опальному генералу жалованье в полном размере (30 тыс. франков в год). Только через 2 года после заключения Люневильского мира (9 февраля 1801 года), завершившего войну со 2-й антифранцузской коалицией, Наполеон назначил находившегося все это время не у дел Массену членом Законодательного корпуса (1803), хотя летом 1802 года тот публично высказался против пожизненного консульства Наполеона Бонапарта. В Законодательном корпусе обиженный на первого консула Массена примкнул к его противникам, открыто порицавшим переворот 18 брюмера и установившийся после него авторитарный стиль правления. Его подчеркнутая самостоятельность, строптивость и неуступчивость, дружба с генералом Ж. Моро и другими оппозиционерами, открытое выступление против установления во Франции империи и другие демарши Массены вызвали неудовольствие Наполеона. Вместе с тем необходимо отметить, что работа в Законодательном корпусе (дебаты, дискуссии, обсуждение разного рода проектов и т. п.) не устраивала генерала. Она была не для него, и он откровенно тяготился своим положением, тем более, что этот орган, как, впрочем, и сенат, был органом чисто ритуальным, ничего не решавшим и ничего не определяющим. Наполеон же не терял надежды «приручить» талантливого генерала, героя Риволи, Цюриха и Генуи и многих других сражений.
Несмотря на его удаление из армии и явную оппозиционность, первый консул продолжает оказывать Массене знаки внимания наравне с действующими генералами. В октябре 1801 года он награждает его почетной саблей (за оборону Генуи), в 1803 году — вновь учрежденным орденом Почетного легиона, в 1804 году — командорским крестом ордена Почетного легиона. 19 мая 1804 года, когда во Франции было восстановлено звание маршала, Массена, несмотря на то, что продолжает оставаться вне армии, получает его наряду с другими высшими военачальниками. В основном списке из 14 генералов, удостоенных этого высшего воинского звания, его имя значилось 5-м (после Журдана). Но и тут до крайности самолюбивый Массена чувствует себя уязвленным. Когда друзья кинулись поздравлять его с новым отличием, то он не удержался, чтобы не выразить своего неудовольствия по этому поводу: «О, да, одним из восемнадцати!» — воскликнул «любимое дитя победы» (он имел в виду еще 4 почетных маршалов). Об этом сразу же стало известно императору, но он просто пропустил мимо ушей эту непочтительную реплику своего старого соратника. 2 февраля 1805 года вместе со всеми остальными маршалами Массена удостоился высшей награды наполеоновской Франции — Большого креста ордена Почетного легиона.
