Как вестник великой победы Массена был встречен в Париже с большими почестями. Директория наградила его специально изготовленной по этому случаю почетной саблей и ввела в состав Совета старейшин (верхняя палата французского парламента). После исполнения возложенной на него миссии Массена вернулся в Итальянскую армию. Однако, несмотря на выдающиеся военные способности, проявленные во время Итальянской кампании 1796—1797 годов, славные боевые подвиги и большие заслуги перед Республикой, ореол одного из ближайших боевых сподвижников ее лучшего полководца генерала Бонапарта, личные отношения Массены с Наполеоном Бонапартом были далеко не простыми. Скорее всего их можно охарактеризовать как весьма прохладные. Бонапарт втайне недолюбливал своего подчиненного, хотя и многим обязан был ему как военачальнику, в немалой степени способствовавшему его громким победам в Италии, вознесшим Бонапарта на пьедестал первого полководца Французской республики. Несомненно одно: без таких помощников, как Массена, Бонапарт никогда не стал бы тем, кем он стал после своего Итальянского похода, когда всего за каких-то несколько месяцев никому неизвестный генерал превратился в широко известного полководца, имя которого было у всех на слуху. Нам могут возразить — а Тулон? Ну и что, Тулон! Он сыграл решающую роль лишь в личной судьбе самого Бонапарта. А на общем фоне той славной победы имя Бонапарта выглядело довольно блекло. Он был лишь одним из сподвижников главного героя Тулона — генерала Дюгомье, имя которого тогда узнала вся Франция. В ходе борьбы революционной Франции против объединенных сил европейской реакции Тулон был лишь одной из побед республиканской армии, каковых в 1793 году ею было одержано немало. И отличившихся при взятии Тулона было предостаточно, а Бонапарт был лишь одним из них. Это потом апологеты Наполеона сделали его главным героем. А тогда… К примеру, заслуги Массены при взятии Тулона были оценены гораздо выше по сравнению с заслугами Бонапарта — он был произведен в дивизионные генералы, тогда как Бонапарт — только в бригадные. К тому же блеск тулонской победы к весне 1796 года, когда Бонапарт получил назначение на должность командующего Итальянской армией, уже успел существенно потускнеть, и вряд ли кто из французов в начале 1796 года помнил имена бригадных генералов, удостоенных этого звания за взятие Тулона. Поэтому вряд ли нуждается в доказательстве утверждение, что к моменту своего вступления в должность главнокомандующего Итальянской армией Бонапарт был почти никому неизвестный генерал. Но все же, пожалуй, вернее будет сказать, «малоизвестный генерал», так как некоторые слышали о нем как о «генерале Вандомьере», с резкой беспощадностью подавившем в вандомьере (октябрь) 1795 года роялистский мятеж в Париже. Но этот «подвиг» едва ли можно отнести к боевым заслугам будущего полководца. Словом, к весне 1796 года Массена как военачальник, уже имевший немалые боевые заслуги, пользовался в армии несравненно большей известностью, чем Бонапарт. И последний этого не мог не чувствовать. Положение усугублялось еще и тем, что Массена был человеком крайне самолюбивым и амбициозным. Он считал, что Бонапарт умышленно недооценивает его и при всяком удобном случае проявляет по отношению к нему несправедливость. На самом деле главнокомандующий высоко ценил Массену как опытного и способного генерала, но негативные черты его характера вызывали у Бонапарта неприятие и вызывали желание умерить его амбициозный запал. Несмотря на высокое положение, занимаемое им в Итальянской армии, Массена никогда не входил в ближайшее окружение главнокомандующего и всегда держался от него на известном удалении.
Полгода спустя после переворота 18 фрюктидора (4 сентября 1797 года) в Париже Массена сменил генерала Л. Бертье на посту командующего французскими войсками в Риме и Папской области. Это назначение явилось для него причиной больших неприятностей. Гарнизон Рима состоял в основном из войск бывшей дивизии генерала Ж. Бернадота, которые в прошедшей кампании постоянно соперничали с дивизией Массены, и теперь с большим неудовольствием восприняли весть о назначении нового командующего. Положение усугублялось и тем, что вверенные Массене войска находились в плачевном состоянии. Они уже долгие месяцы не получали жалованья, голодали из-за частых и продолжительных перебоев в снабжении, их одежда превратилась в лохмотья, обувь развалилась. В то же время правительственные комиссары и разного рода чиновники оккупационной администрации почти в открытую занимались хищениями казенного имущества, грабежами и вымогательствами на территории завоеванной страны. Из-за попустительства военных властей все эти негативные явления приняли широкий размах.
Массена, вступив в командование, не принял никаких мер против обнаглевших казнокрадов и всякого рода стяжателей, чем сразу же восстановил против себя войска. Теперь его алчность и лихоимство, которыми он уже давно грешил, впервые встретили отпор со стороны подчиненных. В то время, когда войска терпели неимоверные лишения, вороватые чиновники не жалели денег на сомнительные удовольствия, прожигая огромные суммы в городских притонах, а личные сундуки Массены ломились от награбленных ценностей. Это все прекрасно знали. Возмущение нарастало. И вот 23 февраля 1798 года офицеры римского гарнизона, собравшись на совещание, открыто потребовали от своего командующего прекратить казнокрадство чиновников и все творимые ими безобразия. В своем обращении к командующему они весьма прозрачно указывали на главного виновника сложившегося положения. Однако Массена отверг предъявленные обвинения и приказал вывести большую часть гарнизона из города. В ответ войска отказались ему повиноваться. Сложилась обстановка, близкая к бунту. Офицеры-заговорщики обратились напрямую к Директории, потребовав отстранить Массену от занимаемой должности. В своем обращении к правительству Республики они, в частности, заявляли «о вымогательствах и грабежах, совершаемых повсюду, где Массена командовал». В подтверждение приводился длинный список примеров, обличающих командующего. Перед угрозой открытого мятежа Директория была вынуждена отозвать скомпрометировавшего себя генерала. Сдав командование генералу К. Даллеманю, Массена уехал в Париж, где употребил все свое влияние, чтобы смягчить участь офицеров-заговорщиков.
Более года он оставался не у дел, пока в апреле 1799 года не был назначен командующим войсками в Швейцарии в связи с начавшейся войной со 2-й антифранцузской коалицией и первыми неудачами республиканских войск. Сразу же со вступлением в должность Массена решил действовать наступательно. Перейдя Рейн, возглавляемая им армия (свыше 70 тыс. человек) подступила к австрийской крепости Фельдкирх. Но штурм этой крепости окончился неудачей, и Массене пришлось отступить. После того, как Журдан на Рейне и Шерер в Италии потерпели поражения, положение Массены в Швейцарии сделалось угрожающим, и он тоже вынужден был начать отступление. К осени 1799 года положение на фронтах для Французской республики стало почти катастрофическим. Русско-австрийская армия А. В. Суворова, наголову разгромив французов, овладела почти всей Северной Италией и угрожала вторжением во Францию. На Рейне положение французских войск также было ненамного лучше.
В создавшейся обстановке Директория подчиняет Массене в оперативном отношении Рейнскую и Дунайскую армии (каждая из них имела численность не более 30—40 тыс. человек). К тому же эти малочисленные армии были растянуты на широком фронте. Австрийские войска, которыми командовал эрцгерцог Карл, имели значительное численное превосходство. Когда австрийцы двинулись на Рейн, оставив находившийся в Швейцарии русский корпус генерала А. М. Римского-Корсакова (24 тыс. человек) без должной поддержки, командующий французской Швейцарской армией Массена незамедлительно воспользовался этим и в 2-дневном сражении при Цюрихе (25—26 сентября 1799 года) разгромил его. Эта победа Массены окончательно устранила угрозу вторжения союзных войск во Францию. Затем Массена попытался разгромить пробивавшийся с боями через Альпы на соединение с войсками Римского-Корсакова русский корпус Суворова (свыше 20 тыс. человек), но потерпел неудачу. Изумленный беспримерным героизмом суворовских чудо-богатырей Массена тогда воскликнул, что отдал бы все свои победы только за один Швейцарский поход Суворова. Такова была оценка военного искусства русского полководца признанным во Франции мастером горной войны. И Массена прекрасно отдавал себе отчет в том, что он говорил. Положение Суворова, только что наголову разгромившего некогда победоносную Итальянскую армию, предводимую лучшими полководцами Французской республики Моро, Макдональдом и Жубером, было безвыходным, можно сказать, безнадежным. Оно создалось в результате эгоистичного, граничившего с предательством поведения тогдашних союзников России австрийцев. Получив из рук Суворова завоеванную им Италию, откуда их два года назад изгнал Наполеон Бонапарт, эти союзнички поспешили выпроводить русских из этой страны. По их плану Суворов с русскими войсками должен был перейти в Швейцарию, присоединить к себе находившийся там корпус Римского-Корсакова, а затем осуществить вторжение во Францию. Но после разгрома французами корпуса Римского-Корсакова находившийся в Альпийских горах Суворов оказался в ловушке, выход с гор ему был закрыт. Противник располагал многократным превосходством в силах. Выхода у Суворова не было, ему предоставлялось на выбор два варианта: гибель или плен. Но старый русский полководец, не потерпевший за всю свою долгую боевую жизнь ни одного поражения, не позволил врагу растоптать свою, добытую в бесчисленных сражениях боевую славу, и с блеском вышел, казалось бы, из безвыходного положения. Его чудо-богатыри штыками проложили себе дорогу вперед, разгромив превосходящего в силах противника.
