Скопин-Шуйский собирался выступить со своей победоносной армией на выручку Смоленску. Однако в разгар подготовки к походу он внезапно умер. Армию повел на поляков брат царя Дмитрий Шуйский, отличавшийся редкой бездарностью. Решительное сражение произошло у села Клушина, неподалеку от Смоленска. Гетман Жолкевский энергично атаковал царские войска, после чего главные силы русской армии, не вступая в бой, укрылись в своем лагере. В разгар сражения наемное шведское войско подняло мятеж и перешло на сторону неприятеля. Дмитрий Шуйский в страхе бежал с поля боя. Царь Василий лишился армии.
Узнав о поражении царской рати, Лжедмитрий II поспешил из Калуги к Москве. Тщетно царь пытался вновь собрать армию. Посадское население Москвы и дворянство выступили против него. 17 июля 1610 года дворяне-заговорщики собрали на Красной площади внушительную толпу и обратились к ней с призывом свергнуть Василия Шуйского, принесшего стране нескончаемые беды. Опасаясь противодействия Гермогена, мятежники ворвались в патриарший дом — и престарелый Гермоген претерпел не меньше унижений, чем патриарх Иов в дни свержения Годуновых.
Все наличные воинские силы были собраны в Замоскворечье для отражения армии Лжедмитрия II. В военном лагере у Серпуховских ворот открылся своего рода Земский собор, который должен был решить судьбу трона. За низложение царя высказались Филарет, Мстиславский, Голицын. Тщетно патриарх Гермоген пытался защитить государя. Василия Шуйского силой свели из дворца на его старый двор. Два дня спустя он был пострижен в монахи и заточен в Чудов монастырь. Однако в рядах противников Василия Шуйского не было единодушия. Заговорщики-дворяне стали «в голос говорить, чтобы князя Василия Голицына на государство поставити». Этому категорически воспротивилась Боярская дума.
Филарет поспешил забыть договор с польским королем о передаче российской короны королевичу Владиславу и предпринял попытку посадить на трон своего четырнадцатилетнего сына Михаила Романова. Ему удалось добиться поддержки москвичей. Патриарх Гермоген, обеспокоенный притязаниями иноверцев, готов был принять сторону Рома новых. В конце концов решено было созвать в Москве Земский избирательный собор. В города разослали гонцов, а пока, впредь до прибытия представителей «земли», власть перешла в руки семибоярщины — боярской комиссии из семи человек. Церковный сан не позволил бывшему боярину Федору Романову — митрополиту Филарету — войти в это временное правительство, но его влияние было по-прежнему очень велико. Кроме того, в семибоярщине видное место занял младший брат Филарета — Иван Романов.
Тем временем казаки Лжедмитрия II едва не ворвались в Москву со стороны Серпуховских ворот. По старой смоленской дороге к столице подошла армия гетмана Жолкевского. В страхе перед неприятелем бояре затеяли переговоры с Жолкевским. Гетман обещал покончить с Лжедмитрием II и обеспечить внутренний мир в стране при условии, если на московский трон будет возведен польский королевич Владислав.
Весть о переговорах вызвала негодование городских низов. Бояре видели, что восстание может вспыхнуть в любой момент, и тогда Лжедмитрию II была бы обеспечена победа. В страхе перед чернью семибоярщина приняла условие гетмана Жолкевского и подписала договор об избрании на трон Владислава. Договор не был утвержден королем и не имел законной силы, но бояре собрали население на поле у стен Новодевичьего монастыря и провели церемонию присяги «царю» Владиславу.
После присяги Москва снарядила великое посольство к королю, чтобы в его лагере под Смоленском завершить переговоры. В результате долгих, льстивых уговоров Жолкевский убедил Василия Голицына и Филарета взять на себя мирную миссию. Таким способом гетман расчетливо удалил из Москвы самых влиятельных лиц. Филарет, хотя и выказывал себя сторонником смоленского соглашения, лелеял надежду видеть на троне своего сына Михаила. Жолкевский хотел было отослать к королю и Михаила, но тот по молодости лет не мог быть включен в посольство. Василий Голицын был еще более опасным соперником Владиславу. От духовенства к королю отправились кроме Филарета несколько московских игуменов и старцев.
Москвичи целовали крест чужеземному королевичу в надежде на прекращение войны. Но мир все не наступал. От московских послов приходили неутешительные вести. Войска Сигизмунда III продолжали грабить и жечь русские села и деревни. В Москве стало известно, что Сигизмунд III сам намерен занять российский трон. Боярское правительство не смогло дать стране ни мира, ни надежной власти — и народ окончательно от него отвернулся.
Знать пировала во дворце с королевскими ротмистрами, а у стен Кремля волновалась чернь, грозила боярам расправой. Опасность восстания в Москве была вполне реальной. Вчерашние тушинцы Михайло Салтыков и его окружение пугали столичную знать, что чернь, того и гляди, перебьет власть имущих и отдаст Москву «вору», а поэтому требовали немедленно ввести в Москву войска гетмана Жолкевского.
Члены семибоярщины обладали достаточным политическим опытом, чтобы понимать опасность иноземного вмешательства. Согласно договору, заключенному с Жолкевским, его солдаты могли посещать Москву лишь по особому разрешению и притом группами не более двадцати человек. Однако призрак народного восстания вселил ужас в их души, и они сами нарушали подписанный ими же договор, решив призвать наемные войска в Кремль.
Когда по приглашению главы семибоярщины Мстиславского и его сообщников в Кремль явился помощник Жолкевского полковник Гонсевский и русские приставы повели его осматривать места, приготовленные для расквартирования рот, москвичи заподозрили неладное и ударили в набат. Вооружившись чем попало, народ бросился в Кремль, и ввести в крепость иностранные войска не удалось. Народное выступление на мгновение оживило угасшие силы Земского собора. Члены его попытались оказать противодействие планам Мстиславского.
Патриарх Гермоген пригласил к себе двух членов боярского правительства — Андрея Голицына и Ивана Воротынского и с их помощью вызвал на свое подворье чиновных людей — дворян и приказных. Дважды посылал он за Мстиславским и прочими начальными боярами, но те отговаривались занятостью. Тогда Гермоген пригрозил, что вместе с толпой сам отправится в думу. Лишь после этого Мстиславский и главные бояре явились к нему.
Дворяне, собравшиеся у Гермогена, забыв об этикете, бранили Жолкевского за многочисленные нарушения заключенного договора: гетман, вопреки соглашению, раздает поместья по своему произволу, не считаясь с правами собственности, он сам желает царствовать на Москве, для чего намерен ввести в город свои войска! Более всего патриарх Гермоген негодовал на то, что польское командование не выполнило обязательств о пленении Лжедмитрия II. Дворянское большинство всецело разделяло его гнев. Однако на соборе нашлись и защитники Жолкевского. Особенно усердствовал Иван Романов. Если гетман отойдет от столицы, говорил он, то боярам придется идти с ним, чтобы спастись от черни.
Доброжелатели успели уведомить Гонсевского о происходящем. Тот клятвенно заверил членов собора, что польское командование завтра же пошлет свои роты против самозванца. Заверения эти были лживыми. Гонсевский таким образом выигрывал время, чтобы завершить последние приготовления к занятию Москвы. Но Мстиславский громко повторил эту ложь и тем заставил замолчать Гермогена.
Бояре распустили Земский собор, зачинщикам возмущения сделали суровое внушение. Патриарху, мол, не следует вмешиваться в мирские заботы, ибо никогда не было, чтобы «попы вершили дела государства». В трудное время брани и междоусобий многие духовные пастыри предпочитали оставаться в стороне от борьбы, но Гермоген был не из их числа. Он выступил как патриот, возвысив голос против опасности иноземного вмешательства. В дни возобновления деятельности Земского собора патриарх пытался не допустить того, чтобы войска Сигизмунда III вошли в Кремль. Но он остался в меньшинстве: многие влиятельные члены собора были предусмотрительно удалены из Москвы.
