Псковский посад избежал погрома не вследствие вмешательства юродивого, а по причинам совсем другого свойства. Незадолго до опричного похода власти выселили из Пскова и отправили в ссылку в разные города несколько сотен семей, заподозренных в измене. Как только сыскное ведомство в Александровской слободе приступило к расследованию «заговора» Владимира Андреевича, Грозный велел доставить псковских заговорщиков. В черновиках описи архива 1626 года упоминались «наказы черные дворяном, как посыланы с Москвы в слободу и по городом за псковичи… и извет про пскович, про всяких людей, что они ссылались с литовским королем Жигмонтом». Новгородцы были обвинены в измене на основании подложных грамот. Псковичи стали жертвой «извета» — доноса. В дни похода на Новгород опричники застали многих опальных псковичей под Тверью и в Торжке. По приказу царя опричники устроили кровавую баню, перебив 220 переселенцев с женами и детьми. Царя вполне удовлетворила эта резня, и только потому он пощадил остальных жителей. Из Пскова царь уехал в Старицу, где произвел смотр опричной армии, а оттуда отправился в слободу. Карательный поход на Новгород и Псков был закончен.
Некоторые историки считают, что в дни новгородско-псковского похода было перебито до сорока тысяч человек. Однако опричные донесения, попавшие в синодик государевых опальных, дают иные цифры. Во время суда на Городище было казнено несколько сотен человек, поименно названных в синодике. Суд продолжался не менее четырех недель В Новгороде опричники действовали совершенно так же, как и в Твери. Сначала они творили суд и расправу, а перед тем, как покинуть город, разгромили посад. Руководил этим Малюта Скуратов. Согласно его донесению, опричники перебили более полутора тысяч человек, не потрудившись узнать их имена. Безымянные жертвы царя по большей части принадлежали к низшим слоям населения. На современников резня произвела ужасающее впечатление. Они писали о гибели десятков и даже сотен тысяч человек. Причину ошибки можно установить. По времени опричный поход на Новгород совпал с периодом крупнейших стихийных бедствий. Двухлетний неурожай привел к голоду. Когда Грозный явился в Тверь, а затем в Новгород, жителей этих городов косила голодная смерть. Опричники донесли Ивану, что голодающие по ночам крадут тела казненных, чтобы утолить голод. Благочестивый государь пришел в ярость и приказал выгнать из города всех бродяг и нищих. Стояли сильные морозы, и лишившиеся крова люди почти все замерзли в поле.
Суд над Старицким и архиепископом Пименом вызвал серьезные разногласия в Опричной думе. «Новгородское дело» встревожило тех деятелей опричнины, которые не утратили способности сообразовывать свои действия помимо соображений карьеры и со здравым смыслом. Бессмысленность обвинений, выдвинутых против одного из наиболее авторитетных руководителей церкви Пимена, была очевидна, так как он выделялся своей неизменной лояльностью к опричному правительству и преданностью царю.
Оружничий князь Афанасий Вяземский дал знать Пимену о предстоящем походе армии на Новгород. Архиепископ надеялся оправдаться перед монархом и готовился встретить его дарами. Незадолго до появления Ивана IV в Новгороде местный церковный летописец составил роспись «корму царю и государю великому князю», «коли с Москвы поедет в Великий Новгород, в свою отчину». Царский корм включал 10 коров, 100 баранов, 5 пудов масла, на поварню 200 телег дров, для конского корму 600 телег сена и 600 четвертей овса. Подробнейшая роспись царского корма едва ли могла попасть в летопись, не будь в том практической надобности.
Будучи временщиком, Вяземский не осмелился открыто возражать против решения царя о разгроме Новгорода. Но в опричном правительстве были люди, чье влияние основывалось на выдающихся заслугах, знатности и богатстве. В числе их был боярин А. Д. Басманов — один из самых видных воевод своего времени. Неизвестно, предпринимал ли он какие-нибудь шаги, чтобы предотвратить расправу с Пименом, или же проявил недостаточно рвения при разоблачении «измены». Так или иначе, карьера Басмановых оборвалась накануне новгородского разгрома. В дни новгородской экспедиции опричники казнили нескольких его слуг, что было дурным знаком. Сразу после завершения похода глава опричного правительства А. Д. Басманов был объявлен главным сообщником Пимена.
После низложения Филиппа Колычева царь возвел на митрополию Кирилла — архимандрита Троице-Сергиева монастыря. Преемником Кирилла в Троице стал его ближайший ученик и любимец Памва. Начав расследование «измены» князя Владимира Старицкого и Пимена, опричники арестовали архимандрита Памву и 13 ноября 1569 года заточили его в новгородский Хутынский монастырь. Келарь Троице-Сергиева монастыря был убит в Пскове в дни похода. После изгнания Памвы архимандритом Троице-Сергиева монастыря был назначен Феодосий Вятка, близкий к опричному правительству. Расправа с Памвой должна была послужить грозным предостережением для митрополита Кирилла. Опричные власти стремились запугать его и одновременно использовать авторитет главы церкви для новых гонений на земщину.
Накануне похода на Новгород царь прислал Кириллу послание с просьбой, «чтоб он бояр и всяких людей о службе безо всякие хитрости утверждал по-прежнему». С помощью церкви правительство старалось предотвратить возможные протесты земских бояр против террористических действий опричнины. Кирилл немедленно уведомил царя, что исполнил его приказание. Лишь после этого Иван известил митрополита об «измене» новгородского архиепископа Пимена и его аресте. Собравшийся в Кремле священный собор поспешил осудить Пимена.
В разгар новгородского погрома Кирилл и епископы направили царю грамоту с сообщением, что «приговорили они на соборе новгородцкому архиепископу Пимину против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине с головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая царю. В третьем послании из Новгорода царь дал знать митрополиту, что «архиепископу Пимину служити не велено», но просил до окончания следствия не лишать его архиепископского сана. «А сану б с нево, — писал царь, — до подлинного сыску и до соборного уложенья не снимати». Опричное правительство знало, что ограбление новгородской церкви вызвало глубокое негодование всего духовенства, и с особенной тщательностью подготавливало суд над Пименом.
На соборе, когда-то низложившем Колычева, самыми деятельными его противниками выступили Пимен и Филофей. Связи с Пименом, прежде помогавшие архиепископу рязанскому Филофею, теперь обернулись против него. Царь «изверже его из сану». Казначеем у рязанского епископа долгое время служил Исаак Сумин, ставший затем архимандритом Солотчинского монастыря под Рязанью. Он был убит сразу после новгородского похода. Опричники, «отделавшие» старца, не удосужились узнать его имени и донесли царю, что отправили на тот свет «архимарита солочинского».
Помимо Рязанской епархии репрессии затронули Нижегородскую. В Нижнем Новгороде не было епископской кафедры, и местное духовенство подчинялось непосредственно митрополиту в Москве. Старшим иерархом среди духовных лиц был архимандрит печерского Вознесенского монастыря. В течение восемнадцати лет во главе обители стоял Иоаким, умерший 5 апреля 1570 года. Его преемником стал Митрофан, бывший архимандритом не более двух-трех месяцев. В синодике его имя записано среди казненных незадолго до 21 июля 1570 года: «Митрофана инок, архимарита Печерсково, Елька Мальцов, князя Петра боярин Серебреной…» Крутые меры в отношении высшего духовенства должны были подготовить почву для расправы с архиепископом Пименом.
Одновременно царь осыпал щедрыми милостями монахов, послушных его воле. 23 января 1570 года он пожаловал Кирилло-Белозерскому монастырю крупную вотчину в Дмитровском уезде на помин души князя Владимира Андреевича, монахам — серебряные кубок и чару, 100 пудов меда, а позднее 200 рублей.
Во второй половине июля того же года священный собор приступил к суду над Пименом. Церковники были запуганы кровавым террором и не осмелились возражать царю. Против Пимена выступили царские «ласкатели» — опричный симоновский архимандрит, кирилловский игумен, новый троицкий архимандрит Ф. Вятка и др. Противников Пимена охотно поддерживали те члены собора, которые не могли простить ему интриг против Филиппа.
