После новгородского разгрома царские послы объявили, что «царь и великий князь для земских расправ был в своей вотчине в Великом Новгороде и Пскове». На вопрос: «То ли управа государь ваш в Новгороде и во Пскове и на Москве многих казнил?» — послы должны были отвечать: «Али вам то ведомо? Коли вам то ведомо, а нам вам что и сказывати? О котором есте лихом деле з государьскими изменники лазучьством ссылались и бог тое измену государю нашему объявил; и потому над теми изменники так и сталось… а безлеп было то, пане и затевати: коли князь Семен Лугвень и князь Михайло Олелкович в Новегороде был, ино и тогда Литва Новагорода не умели удержати, и чего удержати не умели, и на то что посягати? А государь наш… свое царство держит от божии десницы, и чего кому бог не даст, и тому того собою как взяти?»

Официальные разъяснения в Литве показывают всю степень ослепления опричного руководства, ставшего жертвой мистификации королевской секретной службы. Для мнительного царя найденная в Новгороде «польская память» послужила бесспорным доказательством сговора между литовцами и новгородскими «изменниками», свидетельством «безлепной затеи литовских панов», их посягательства на новгородскую отчину царя. Грозный не сомневался, что нити новой интриги тянутся к его давнему врагу боярину Курбскому. Русские послы должны были объявить в Литве о последних преступлениях Курбского: «А ныне его многая измена тайно лазучьством со государьскими изменники ссылаетца на государьское лихо и на крестьянское кровопролитие».

Суд на Городище завершился казнями боярина Данилова, многих новгородских дворян, дьяков и подьячих. После изобличения главных «заговорщиков» опричники взялись за монастыри. Местный летописец, рассказав о расправе на Городище, замечает: «И по скончании того государь с своими воинскими людми начат ездити около Великого Новагорода по монастырям». По словам опричника Штадена, царь Иван самолично руководил изъятием сокровищ у монастырей: «Каждый день он поднимался и переезжал в другой монастырь, где давал простор своему озорству». Опричники забирай из монастырской казны деньги, грабили кельи, снимали колокола, громили монастырское хозяйство. В Вишерском монастыре они в поисках сокровищ разломали раку местного святого Саввы.

Опричное правительство наложило на новгородское черное духовенство громадную денежную контрибуцию. Архимандриты должны были внести в опричную казну по 2 тысячи золотых, настоятели по тысяче, соборные старцы — по 300–500 золотых. Менее состоятельное белое духовенство, городские попы платили по 40 рублей с человека. С начала января опричники держали настоятелей и соборных старцев под стражей. Затем царь распорядился передать старцев приставам и «бити их… из утра и до вечера на правежи до искупа безщадно». Во время экзекуций погиб игумен крупнейшего Антониева монастыря Гелвасий, а также записанные я синодик старец Нередицкого монастыря и старица Гобуша. «Государев» разгром явился подлинной катастрофой Для крупнейших новгородских монастырей. Черное духовенство было ограблено до нитки. В опричную казну перешли колоссальные денежные богатства, накопленные монастырями и Софийским домом в течение столетий.

Когда-то Иван III отобрал у новгородских монастырей большую часть их земельных богатств, но не тронул сокровищ и денежной казны. Царь Иван IV помнил, какое негодование Духовенства вызвали проекты секуляризации на Стоглавом соборе, и даже в дни новгородского разгрома не пытался вернуться к отставленным проектам. Помимо всего прочего, Грозный был озабочен тем, чтобы пополнить казну. Розыск об измене руководителей земщины вкупе с одним из высших иерархов церкви внушил Грозному чувство ужаса. Готовясь к войне с подданными, царь пытался ускорить строительство грандиозной крепости в Вологде, которую он предполагал превратить в свою опричную столицу. Строительство требовало значительных средств. Иван не отказался от планов бегства в Англию и рассчитывал покинуть царство не с пустыми руками.

Все эти обстоятельства и объясняют неслыханное поведение главы государства в дни новгородского похода. Ограбив архиепископа и монастыри, Иван приказал разграбить город и склады с купеческими товарами. Разгром посада продолжался несколько дней, а опричные санкции против духовенства длились не менее двух лет. «Прощение», объявленное горожанам, не распространялось на новгородское духовенство. После отъезда царя руководить репрессиями против духовенства стал опричник К. Д. Поливанов. Он поселился во дворе архиепископского дворецкого на Софийской стороне. Его подручные заняли 27 крупнейших монастырей — «у всякого монастыря по сыну боярском». Что касается архиепископа Пимена и его многочисленных вассалов, то все они были отосланы под стражей в Александровскую слободу и там заключены в тюрьму. По новгородской дороге в Москву потянулись длинные обозы с награбленным добром.

Из Новгорода опричная армия двинулась на Псков. Не позднее 19–20 февраля царь прибыл в Никольский монастырь на Любятине. Жители Пскова поспешили выразить царю полную покорность. Вдоль всех улиц, по которым должны были проехать Грозный и его свита, были расставлены столы с хлебом и солью. Глава псковского духовенства печорский игумен Корнилий, попы и монахи вышли навстречу опричнине с крестами и иконами.

Печорский монастырь в Пскове был одним из самых знаменитых на западных границах России. Летопись, составленная в стенах обители при Корнилии, была проникнута резко выраженными антимосковскими настроениями. Боярин князь Андрей Курбский в бытность свою наместником Ливонии установил тесные связи с Корнилием ввиду назначения его епископом Юрьевским и Вельянским. Служебные связи переросли в дружеские. Курбский поддерживал оживленную переписку со старцем монастыря Вассианом Муромцевым, брал у монахов деньги в долг. После бегства в Литву опальный боярин обратился в Печоры за новым займом, но получил отказ. Переписка Курбского с властями Печорского монастыря попала в руки Грозного.

Крайне антимосковские настроения и дружба с Курбским — инициатором литовских интриг в России — явились главной причиной подозрений Грозного против печорских старцев. По словам одного псковского летописца, игумен Корнилий был отправлен земным царем к небесному 20 февраля 1570 года. Вместе с Корнилием опричники казнили старца Вассиана Муромцева, бывшего келаря Троице-Сергиева монастыря Дорофея Курцева, сосланного в Псков, и других лиц.

Опричная казна наложила руку на сокровища псковских монастырей. Местные монахи были ограблены до нитки. У них отняли не только деньги, но также иконы и кресты, драгоценную церковную утварь и книги. Опричники сняли с соборов и увезли в слободу колокола. По словам Шлихтинга, царь пощадил население Пскова, всю же ярость и жестокость обратил против черного духовенства. Антицерковная направленность опричной политики получила здесь наиболее четкое выражение.

Царь пробыл в Пскове очень недолго. Опричники, начавшие было грабить город, не успели довершить своего дела. Во времена Грозного ходило немало легенд относительно внезапного прекращения псковского погрома. Участники погрома Штаден, Таубе и Крузе сообщают, что царь повстречал псковского юродивого Николу и тот посоветовал ему немедленно покинуть Псков, чтобы избежать большого несчастья.

Резня и кровопролитие опричнины привели к тому, что никто не смел протестовать против царского произвола. Один юродивый Никола не побоялся выразить общие чувства. Блаженный будто бы поучал царя «много ужасными словесы еже престати от велия кровопролития и не дерзнути еже грабити святыя божия церкви». Иван не послушался юродивого и велел снять колокола с Троицкого собора. В тот же час, гласит легенда, пал лучший царский конь. Пророчества Николы стали сбываться, и царь в ужасе бежал из города. Весьма возможно, что пророчества Николы ускорили отъезд опричников из Пскова: царь Иван был подвержен всем суевериям своего времени. Но, так или иначе, вмешательство юродивого нисколько не помешало антицерковным мероприятиям опричнины. Царь покинул Псков не раньше, чем ограбил до нитки псковское духовенство.