Иван III держался традиционного взгляда и требовал от Санина доказательств того, что убийство еретиков не является грехом и угодно богу. Книга Иосифа с подробной росписью распространения иудаизма в России должна была избавить монарха от сомнений и колебаний. Из росписи следовало, что Схария совратил Дениса и Алексея, Алексей совратил Гавриила и Клоча, Клоч «научи Григориа Тучина жидовству» и т. д. Алексей якобы стал зваться по-еврейски Авраамом, жену «нарекоша Сарра». Но Санин не мог привести никаких доказательств исполнения еретиками иудейских обрядов и ограничился неясными намеками на то, что неким из еретиков (Ивану Черному и Игнату Зубову) удалось «отбежати и обрезатися в жидовьскую веру». Названные лица скрылись за рубежом и успели умереть лет за пятнадцать до собора 1504 года, а потому обвинения против них не поддавались проверке. Живых еретиков Санин обвинил в двурушничестве, тем самым отняв у них всякую надежду на оправдание. Перед «ведящими писание» еретики прикидывались православными, зато простых людей соблазняли «жидовством».

Иосиф не жалел красок, расписывая опасность, которую несут церкви расплодившиеся еретики. Он писал, что ныне «еретиков умножилось по всем городам, а християнъство православное гинет от их ересей». Однако поименно Санин мог назвать лишь очень немногих лиц, уцелевших от расправ в 1490 году.

В «Книге на еретиков» всю силу гнева Санин обрушил на голову Федора Курицына. Главный новгородский еретик Алексей давно умер, а среди уцелевших Курицын высился подобно горе. Второго столь же выдающегося деятеля среди них не было. Чтобы покончить с Курицыным, Иосиф решился на неслыханную дерзость. Он вслух напомнил всем о близости Курицына к особе великого князя. «Толико же дрьзновение тогда имеаху к державному протопоп Алексей и Федор Курицын, яко никто ж ин звездозаконию бо прилежаху, и многым баснотворениемь, и астрологы, и чародейству, и чернокнижию».

Санин с видимым удовольствием описывал «сатанинскую» смерть еретика Алексея, муки в заточении еретика Захара. Он не преминул бы упомянуть о наказании и кончине Курицына. Но ни в «Книге на еретиков», ни в последующих его посланиях такого упоминания нет. Отсюда следует, что Курицын был жив ко времени розыска и, возможно, избежал пыток и жестокого наказания. Отсутствие среди подсудимых и среди казненных главного обвиняемого — это лишь одна загадка страшного процесса 1504 года.

Чтобы организовать суд над еретиками, волоцкий игумен предложил несложное средство. Надо начать дело прямо с арестов, утверждал Иосиф, «поймав двух-трех еретиков, а оне всех скажют». Расчет Санина был безошибочным. Взятые под стражу люди не выдерживали пыток и оговаривали своих ближних. Среди лиц, осужденных на соборе 1504 года, на первом месте в Москве стояли брат Федора Иван Волк-Курицын, в Новгороде — протеже Федора юрьевский архимандрит Касьян с братом Ивашкой, зять протопопа Алексея Ивашка Максимов и т. д. Никаких сведений о вольнодумстве Волка или Касьяна, об их причастности к сочинениям Курицына не имеется.

В обличении Федора Курицына Санин, по-видимому, переусердствовал. Объявив публично, что дьяк занимался астрологией, «чернокнижеством» и прочей ересью с самим «державным» государем, Санин не рассчитал своих сил. Его обличения, возможно, стали щитом для Курицына и спасли его от мучительной смерти на костре.

27 декабря 1504 года Иван Волк-Курицын, Митя Коноплев, Иван Максимов были сожжены в деревянном срубе. Вместе с названными лицами московский собор судил подьячего Некраса Рукавова. Некрас имел поместье в Водской пятине под Новгородом, и его отправили для наказания в Новгород. Можно было бы предположить, что судьи пощадили его для обличения новгородских сообщников. Однако это не так. Прежде чем отправить подьячего в Новгород, ему урезали язык.

В феврале 1505 года в Новгород приехал новый владыка — Серапион. На его долю, видимо, и выпала задача окончательного искоренения новгородской ереси. Первым был сожжен сын боярский Некрас Рукавов. Его участь разделили архимандрит новгородского Юрьева монастыря Касьян, второе лицо в местной церковной иерархии, брат архимандрита новгородец Гридя Квашня и Митя Пустоселов. Другие еретики были заточены в тюрьмы или сосланы в монастыри. Известия о расправе с еретиками и усердие тюремщиков ускорили кончину Елены Волошанки. Еретичка умерла в заточении 18 января 1505 года. Взяв на себя роль спасителя православного христианства от еретиков, Иосиф Волоцкий упрочил свое влияние на дела русской церкви.

Ученик и племянник игумена Досифей живо описал привычки и характерную внешность Иосифа Санина. Человек среднего роста, Иосиф был красив лицом, имел темно-русые волосы и носил небольшую округлую бороду. Он любил петь и читать в церкви, обладал чистым и сильным голосом, знал наизусть святое писание, был приветлив в общении и сострадателен к слабым.

Широкая благотворительность Санина, помощь нищим и страждущим подтверждает такую характеристику. Однако человечность волоцкого игумена направлена была лишь на своих. К людям, справедливо или неосновательно причисленным к врагам Христовым, он относился без снисхождения, с крайней жестокостью. В своем труде «Просветитель» Санин развил тезис «о перехищрении и коварстве божьем». Для верного истолкования его мысли обратимся к цитате из «Лествицы» XIII века, указанной филологом И. И. Срезневским: «Прехищряет премудрый бесовьско злохытрьство человеческом умышлением». Премудрый творец не просто одолевает и побеждает зло, но мудрую прехитрость («прехищрение») противопоставляет «бесовскому злохытрству». С полным основанием современные богословы истолковывают также понятие «коварство божие» как мудрость господа: «А еже разумети закон — помышления есть блага, — читаем в Геннадиевской библии 1499 года, — сим бо коварством много поживеши лет». Указания на хитрость и коварство в устах Иосифа имели особое значение. Коварству и хитрости злых сил должны быть противопоставлены мудрое «преухищрение» и проницательное «коварство» божественной силы — таков смысл слов Санина, подкрепленных всей его практикой. Волоцкий игумен отвергал мысль о том, что вольнодумцы стремились соединить православие с поисками истины, с полученными человечеством новыми знаниями. В глазах Санина для уничтожения зла вольнодумства пригодны любые средства, оправдана любая жестокость. «Цель оправдывает средства» — этот принцип лежит в основе всех процессов над еретиками. Лишь с помощью «преухищрения» и «коварства» Геннадию и Иосифу удалось доказать принадлежность православных вольнодумцев к иудаизму («жидовству»). Сжечь их без такой лжи было невозможно.

«Заволжские» старцы Паисий Ярославов и Нил Сорский относились к еретикам не менее отрицательно, чем Геннадий и Иосиф Санин. В 1489 году архиепископ Геннадий просил бывшего ростовского архиепископа Иоасафа, жившего на покое в Ферапонтовом монастыре, вызвать из скитов Паисия и Нила, чтобы держать с ними совет по поводу еретических высказываний попа Алексея. Ортодоксальность Нила не вызывала сомнений у противников новоявленной ереси. Однако в произведениях Нила и Иосифа были характерные особенности. По предположению историка Н. А. Казаковой, в русской церкви уже в то время оформилось два идеологических течения, единых в своем осуждении ереси, но различных по своему отношению к монастырскому землевладению. Эти течения, складывавшиеся в заволжских скитах на Белоозере и в Иосифо-Волоколамском монастыре, имели и другие различия. Старцу Нилу из Заволжья было чуждо начетничество, столь характерное для волоцкого игумена Иосифа и его учеников. «Писания многая, — учил Нил, — но не вся божественна». Такой подход давал последователям Нила возможность общения с вольнодумцами, которых осифляне без разбора причисляли к «жидовствующим» и еретикам.

В Кирилло-Белозерском монастыре сохранилась рукопись с житиями святых, исправленными Нилом. «Писах с разных списков, — пояснял смысл своего труда Сорский, — тщася обрести правды, и обретох в списках о нех много неисправленна и, елика возможно моему худому разуму, сия исправлях». Труд Нила вызвал у Иосифа серьезные сомнения богословского порядка. Волоцкий игумен высказал их с характерной для него резкостью. Если Нил вычеркнул из житий некоторые из чудес, не внушавшие ему доверия, следовательно, утверждал Санин, он не верил в чудотворцев. Его слова заключали в себе серьезное обвинение. Они вызвали не менее резкую отповедь со стороны учеников Нила. Отвергая слова Иосифа как клевету и поклеп, автор «Прений с Иосифом» писал от имени Вассиана: «Сие, Иосифе, лжеши!»