После возвращения из ссылки в Константинополь осенью 1364 года Филофей убедился в том, что авторитет патриаршей власти упал и многие православные епархии ушли из-под ее контроля. По этой причине он старался отыскать авторитетных церковных деятелей в балканских и восточноевропейских странах, способных поддержать рушившееся единство вселенской православной церкви.

Посылка Филофеем в дар Сергию креста с мощами литовских мучеников имела особый смысл. Константинополь отверг требование великого князя Ольгерда об организации православной митрополии в Литве, независимой от общерусской митрополии. Москва и Литва стояли на пороге войны, в которой Филофей решительно поддержал Русь и призвал к священной войне против литовских язычников. По-видимому, крест с мощами литовских мучеников был послан на Русь между 1365 и 1370 годами, когда патриарх был близок к полному разрыву с князем-огнепоклонником Ольгердом. Обращаясь к Сергию, Филофей думал об укреплении русского монашества.

К XIV веку языческая Русь превратилась в Святую Русь. Но, как и в киевские времена, Византия, переживавшая последний расцвет, оставалась для нее источником духовного просвещения. Русское духовенство следило за религиозными исканиями Византии. В XIV веке у греков было три формы монашества. В одних монастырях братья вели «особную» жизнь: каждый держал деньги и личное имущество в своей келье, питался и одевался в зависимости от своего достатка. «Особножительские» обители владели селами, вели торговлю, иногда занимались ростовщичеством. В других монастырях существовала монашеская община (по-гречески — киновий, по-латыни — коммуна). Такой строй отвечал вековечной мечте христиан о справедливом устройстве земной жизни в соответствии с идеальными представлениями о царстве божьем. В таких обителях-коммунах имущество было общим, члены общины проводили жизнь в непрестанном труде, питаясь плодами рук своих, исповедуя принципы братства и любви к ближнему. Покидая общину, избранные монахи удалялись в пустынь, чтобы вести жизнь отшельника. То была высшая форма аскетизма. Ее распространение было связано с развитием мистического учения исихастов. Не внешняя мудрость, учили исихасты, а внутреннее самоуглубление открывает путь к познанию истины. Погружение в себя дает ощущение покоя — исихиа (отсюда исихасты) — состояния «Фаворского света», то есть общения с богом. Окончательно учение исихастов взяло верх в православной церкви на константинопольском соборе 1368 года.

На Руси поборнику общинножительства Сергию исихазм по духу своему был, по-видимому, ближе, чем другим иерархам, включая митрополита Алексея. По мнению Г. М. Прохорова, распространение общинножительских монастырей в XIV веке могло служить верным признаком «проникновения византийских идей и осуществления исихастской политики». Однако в целом вопрос о влиянии исихазма на русскую религиозную мысль во времена Сергия остается неясным из-за отсутствия достоверных данных. Почва для восприятия исихастских теорий возникла тут далеко не сразу.

Следуя давней традиции, византийская церковь управляла периферией, сообразуясь с местными условиями. Филофей ставил реальные цели, обращаясь с посланием к Сергию. Стремясь утвердить на Руси принцип общинножительства, патриарх обратился не к властям старых и знаменитых монастырей, обремененных богатствами, а к игумену недавно основанной и бедной радонежской обители.

При своем возникновении Троице-Сергиев монастырь следовал, видимо, тому же уставу, что и большинство других русских обителей. Однажды Сергий из-за отсутствия хлеба голодал три дня. На четвертый он пошел наниматься в плотники к одному из состоятельных старцев своей обители. Целый день трудился в поте лица, после чего старец расплатился с ним «решетом хлебов гнилых».

Грамота патриарха Филофея определила дальнейшую судьбу Троицкого монастыря. Хваля Сергия за добродетельную жизнь, Филофей наказывал ему принять новый устав. «Совет добрый даю вам, — писал глава вселенской церкви, — чтобы вы устроили общежительство».

Получив послание патриарха Филофея, Сергий приступил к реформе монашеской жизни. Нововведение не встретило единодушного понимания и сочувствия иноков. Недовольные нашли предводителя в лице брата игумена — Стефана Кириллова. Рассказав о прибытии в Троицу греков «от патриарха», автор «Жития» сообщил, что вскоре в обители началось смятение: «Не по мнози же времени пакы въстает млъва». Прожив в столице много лет, Стефан вернулся в Радонеж. Считая себя подлинным основателем Троицкого монастыря, он домогался власти в обители и требовал послушания от рядовых монахов. Однажды во время богослужения Стефан строго спросил одного из старцев, что за книгу он держит в руках и кто дал ему ее. Инок ответил, что получил от игумена, подразумевая Сергия. Стефан оборвал старца словами: «Кто есть игумен на месте сем: не аз ли прежде седох на месте сем? И ина некаа изрек, их же не лепо бе». Ссора, затеянная старшим братом, грозила серьезными последствиями. Составители «Жития» признавали, что у Стефана были единомышленники: дьявол «в помыслъ вложи, яко не хотети Сергиева старейшинства». Не вступая в препирательства с братом, Сергий в тот же день тайно покинул монастырскую ограду и, пройдя за два дня 35 верст, сделал остановку в Махрищенском монастыре. Взяв в проводники одного из монахов, Сергий обошел окрестности и выбрал место для новой обители на глухой речке Киржач. Там он наспех выстроил себе жилище. Троицкие монахи вскоре узнали о месте пребывания игумена и по двое-трое стали перебираться из Радонежа на Киржач. Новый монастырь располагался не на удельной, а на великокняжеской земле. Заслышав о появлении Сергия, местные бояре явились к нему с пожертвованиями. «Овогда же и князи, и боляре прихажаху к нему, — отмечает «Житие», — сребро довольно подааху на строение монастыря».

Сергий готов был начать все сначала. Но в дело вмешался митрополит Алексей. Он не мог допустить, чтобы бегство иноков привело к запустению Троицкого монастыря, получившего известность не только в стране, но и в Константинополе. Сам патриарх Филофей благословил троицкого игумена крестом с мощами. Чтобы избежать огласки и скандала, Алексей послал Сергию приказ вернуться в Радонеж, пообещав изгнать оттуда всех его недругов. «А иже досаду тебе творящих, — писал святитель, — изведу вънь из монастыря, яко да не будет ту никого же, пакость творящаго ти». С изгнанием ослушников мир в Троице был восстановлен и Сергий получил возможность завершить реформу.

В Троице был введен новый устав, запрещавший братии иметь в монастыре какое бы то ни было личное имущество: «Ничто же особь стяжевати кому, ни своим что звати, но вся обща имети». Новый порядок предполагал общее ведение хозяйства, общую трапезу, общее владение имуществом.

Церкви никогда бы не удалось приобрести исключительную власть над умами, если бы среди ее деятелей не появлялись подвижники, не щадя живота служившие идее. Одним из таких подвижников русской церкви стал Сергий. На братию и паломников он воздействовал речами и еще больше — поступками. Каждодневный изнурительный труд заполнял всю жизнь монаха. Собравшейся в монастыре братии Сергий служил, по словам современников, как купленный раб: «И дрова на всех сечаше, и тълкуше жито, в жерновех меляше, и хлебы печаше, и варево варяще… и порты крааше». Игумен ходил к источнику за водой, воду черпал в два ведра, на своих плечах в ограду носил и каждому у кельи ставил. Вся жизнь подвижника была проникнута идеей служения ближнему, что и явилось причиной исключительного нравственного влияния Сергия на современников.

Страшный татарский погром и иноземное иго принесли Руси разорение и материальное, и нравственное. Насилие над народом, откуда бы оно ни исходило, всегда деморализует народ, ведет к его деградации и упадку. Подвиг Сергия способствовал духовному возрождению Руси. Порабощенному народу надо было вернуть веру, а через веру — нравственность.

В отличие от старых монастырей Троицкий не блистал богатством. В его ограде, по образному замечанию историка В. О. Ключевского, первобытный лес шумел над кельями и осенью обсыпал их кровли палыми листьями и иглами, вокруг церкви торчали свежие пни и валялись неубранные стволы срубленных деревьев, в деревянной церковке за недостатком свечей пахло лучиной, в обиходе братии было столько же недостатков, сколько заплат на сермяжной ряске игумена. Как выразился один крестьянин, забредший в обитель, все там «худостно, нищетно, сиротинско».