Страхи старого папы подтвердились. 18 марта 1227 года, через два месяца после написания письма императору, он умер. Ему так и не довелось дожить до горячо желаемого крестового похода, который император в течение двенадцати лет отодвигал от себя.

К духовным свершениям папы относятся основание орденов францисканцев, доминиканцев и кармелитов. Кроме того, он начал внутреннее обновление церкви. И по ходатайству Якоба фон Битри, будущего епископа Акры (1180—1254 гг.), проложил путь движению бегинок как новой форме выражения женской набожности. Для Штауфена он являлся снисходительным, как считали многие, слишком уступчивым папой. Этому суждено было измениться.

Папа Гонорий умер 18 марта 1227 года, а уже 19 марта коллегия кардиналов избрала его преемником кардинала Уголино Остийского, урожденного графа Сеньи, племянника великого папы Иннокентия III. Новый папа, человек более жестокий, чем добросердечный Гонорий III, принял понтификат под именем Григория IX. Правда, поначалу он называл Фридриха «любимое дитя церкви» да и раньше дружески относился к молодому Фридриху, но, как внимательный зритель, к тому же находившийся в непосредственной близости к папе, тщательно следил за политикой Штауфена. Он в течение многих лет? наблюдал тактику Фридриха, основанную на хитрости, его наплевательское отношение к только что заключенным договорам, а также полное отсутствие осознания собственной неправоты и ориентированность лишь на собственную выгоду. Е.Ф. Бёмер уже в 1849 году выразил основной принцип Фридриха в кратком определении: «жизнь, заполненная обманом и ложью».

23 марта папа сообщил императору о своем избрании и в послании от 30 марта 1227 года напомнил о выполнении обета об участии в крестовом походе в конце лета 1227 года.

На сей раз Фридрих, казалось, решился на крестовый поход. Во-первых, его манил блеск короны Иерусалима. Кроме того, политическое положение на Востоке, казалось, стало более благоприятным для вторжения христиан.

Преемник великого Саладина, султан Малик эль-Камиль из Египта, находился в ссоре со своим братом Маликом эль-Моаззимом, султаном Дамаска. Султан Малик эль-Камиль обещал императору через посланника, эмира Фахр эд-Дина Юсуфа, большое благорасположение в случае его прибытия на Восток. Он хотел избежать войны на два фронта: с одной стороны, с войском крестоносцев, а с другой — с братом в Дамаске. Арабский летописец Макризи повествует:

«Малик эль-Камиль послал эмира Фахр эд-Дина Юсуфа, сына великого шейха, к императору, королю франков, дабы просить его прибыть в Акру; он обещал отдать ему многие города в Палестине, принадлежавшие мусульманам, если он поможет ему одолеть его брата Малика эль-Моаззима».

Император, хорошо говоривший по-арабски, заключил дружбу с эмиром Фахр эд-Дином Юсуфом, увидев реальный шанс совершить победоносный крестовый поход и освободить Иерусалим.

Портовый город Бриндизи, выбранный в качестве отправного пункта, переполнился крестоносцами. Шестьдесят тысяч рыцарей и их слуг должны были собраться в пылающем зное августа в долинной котловине портового города, причем надо сказать, к средневековым данным о численности войск следует относиться осторожно. Английские и французские крестоносцы уже отправились под предводительством епископов Экстера и Винчестера походом в Святую землю, как и контингент фризов, выбравших морской путь через Испанию.

И случилось так, что от солнечного зноя, «при котором могла бы расплавиться руда», разразилась эпидемическая лихорадка, смертельная для непривычных к такой жаре жителей северных стран. Многие тысячи воинов под предводительством герцога Лимбургского взошли на суда, пытаясь избежать опасной болезни. 8 сентября 1227 года императорская галера подняла якорь и покинула Бриндизи с императором и его родственником, ландграфом Людвигом IV Тюрингским, супругом святой Елизаветы, на борту. Ландграф уже был болен. Так они прибыли в Оранто, где ландграф скончался. В ужасе от его кончины, Фридрих II покинул флот, отправившийся далее под командованием патриарха Иерусалимского, Герольда Лозаннского, в Акру.

Фридрих, тоже охваченный лихорадкой, по совету магистра Тевтонского ордена Германа фон Зальца и врачей отправился на лечение в курортное место Поццуоли.

Папа Григорий IX не колебался. Императорских посланников, прибывших доложить о болезни императора, не допустили к нему. Двенадцать лет подряд Фридрих обманывал курию, изобретая все новые отговорки. Фридрих исчерпал кредит доверия, и папа больше не верил ему. 29 сентября папа Григорий наложил анафему на вероломного императора-крестоносца, на этот раз, возможно, и не виноватого.

Отлучение от церкви последовало 10 октября в Аньяни на основании большой энциклики:

«…Апостольский престол, дабы уничтожить извергов, которых выращивает на своей груди, думая выкормить сыновей, и разгромить вражескую власть, дабы усмирить ярость бури, вырастил питомца, а именно императора Фридриха… Когда он приехал в Германию, намереваясь взять в свои руки бразды правления империей, ему сопутствовали некоторые, как верилось, обнадеживающие предзнаменования, но в действительности они оказались обманными знаками. По собственному решению, без напутствия и ведома апостольского престола он взвалил крест себе на плечи и торжественно похвалялся отправиться на спасение Святой земли…»

Здесь прорвалась злость, пережитая папой Григорием, племянником великого Иннокентия III, когда Фридрих без повеления и одобрения святого престола принял крест в Аахене и таким образом сделал папский крестовый поход императорским.

«Следует добавить, он и другие крестоносцы должны были быть отлучены от церкви, если они не отправятся в определенный срок. Но император все время испрашивал отсрочку и получал ее…

Когда же после его частых требований многие тысячи крестоносцев под страхом отлучения от церкви в установленный срок поспешили в портовый город Бриндизи, поскольку все другие порты император использовал для собственной выгоды, он не сдержал обещаний, письменно данных апостольскому престолу и крестоносцам относительно переезда, снаряжения и содержания… Христианское воинство так долго удерживалось в жаре летнего зноя в убийственной местности и в отравленном заразой воздухе, что не только большая часть народа, но и немалое количество дворян и предводителей умерло от лихорадки, острой жажды и других ужасных причин. Среди них и благородный ландграф Людвиг Тюрингский, и блаженной памяти епископ Аугсбургский».

Теперь, когда Фридриху понадобилось доверие святого отца, оно оказалось исчерпанным. Папа сделал императора ответственным за все: за адское пекло месяца августа, за выбор города Бриндизи да и за эпидемию тоже! Фридрих обвинялся в смерти паломников, ландграфа и епископа Аугсбургского. Объяснения императора, что он и сам заболел, не принимались.

В послании христианским королям и князьям всего мира император защищается. Он разбередил в себе старые раны, раз напоминает князьям о том, что его мать, императрица Констанция, оставила его под опекой церкви, дабы сохранить наследное государство. «Но, — восклицает он, — Наше наследное государство было открыто для всех завоевателей, и, подобно кораблю без руля в бурю, наследство опекуемого разбилось без руки рулевого…»

Он жалуется на апостольский престол, помогавший в ущерб его правам получить империю Оттону IV, в конце концов противопоставившему себя церкви и готовому вторгнуться в наследное государство Фридриха. И тут он высказывает мысль, которую постоянно будет повторять, о том, что стал императором по Божьему произволу: «Поскольку не нашли никого другого, захотевшего бы принять императорский сан вопреки Нам и Нашим правам… князья призвали Нас, по их выбору Нам и была передана корона империи… Ибо всемогущий Бог знает, когда Мы вопреки человеческому разумению и без чьей-либо помощи прибыли в Германию, это навлекло на Нашу особу много опасностей».