Уже в норманский период наметилась тенденция к превращению короля в фактического, а не только номинального сеньора всех феодалов. Теперь же устанавливался порядок передачи ленов по наследству только с разрешения королевской курии. В отношении лиц, нарушивших закон, Фридрих предписывал юстициарию: «Нам угодно, чтобы ты, найдя такого рода безрассудных людей, лишил их земель». В Мельфийские конституции включалось постановление Рожера II о том, что непосредственные вассалы могут вступать в брак и выдавать замуж своих дочерей лишь с согласия курии. Это постановление приобрело большое значение, так как за женщинами признавалось право наследовать имущество отца или брата. 10 лет спустя Фридрих распространил запрещение вступать в брак без разрешения короны на всех феодалов — вассалов второй руки, кроме самых мелких.
В XIII веке рыцарство по-прежнему являлось широким слоем. В письмах Фридриха упоминаются ленники, которые держат до сотой части феода, или же «бедные феодалы», владеющие леном, на котором сидят от 1–3 до 10 вилланов. Таких рыцарей было немало. Фридрих II пытался поставить возможно большее число рыцарей в непосредственную зависимость от себя. Остальных рыцарей он стремился охранить от насилия со стороны сеньоров.
Среди конституций, изданных после 1231 года, имелся закон, запрещавший сеньорам «угнетать своих вассалов вопреки правосудию» и противозаконно отнимать у них имущество. Интересам мелких феодалов отвечала и проводимая государством политика в отношении крестьян. Рыцари могли откупаться от военной службы, и в системе военных сил Фридриха большую роль играли наемные рыцари. Они использовались как в самой стране (в гарнизонах многочисленных укреплений), так и за ее пределами (в войнах в Северной Италии.) Рыцари занимали, наряду с лицами бюргерского происхождения, часть мест в государственном аппарате — в качестве судей, нотариусов и т д, а нередко даже самые ответственные должности, например юстициариев.
Землевладение церкви, выросшее в норманский период и особенно во время опекунства Иннокентия III, резко сократилось после возврата земель и привилегий короне. Церковь утратила право приобретать или получать в дар как феоды, так и земли, свободные от феодальных служб (исключение составляли владения, полученные по завещанию, которые ей, однако, разрешалось держать лишь в течение года).
Поясняя эту меру в письме Папе, который жаловался на конфискацию некоторых земель у госпитальеров и тамплиеров, Фридрих заявил: «И это было постановлено издавна потому, что если бы им, госпитальерам и тамплиерам, было разрешено свободно и на вечные времена покупать или принимать земли на правах частной собственности, они бы в короткий срок., скупили и приобрели всё Сицилийское королевство» Монте Кассино и другие монастыри и церкви лишились права высшей юрисдикции. Клирики по всем вопросам, кроме церковных, отвечали перед государственным судом Фридрих давал церкви только привилегии, не нарушавшие целостности государства.
Даже в период мирных отношений с папством Фридрих II влиял на выборы епископов.
В 1239–1250 годах, во время яростной борьбы с римской курией, епископы, аббаты и клирики, являвшиеся сторонниками Папы, арестовывались или изгонялись из королевства; был создан епископат, полностью изолированный от Рима.
Продолжая и в своей политике по отношению к сицилийским городам традиции норманской династии, Фридрих действовал гораздо более решительно и непримиримо, экономические привилегии городов шли вразрез с его торговой и фискальной политикой, а сохранившиеся кое-какие политические права были несовместимы с существованием сильного государства. В 1240 году, отдавая приказ об осаде непокорного Беневенто, он пишет. «Жители Беневенто более думают о себе и собственном благе, чем об удовлетворении <желаний> нашего Величества. Вследствие этого мы хотим, чтобы все находящиеся внутри <города> до тех пор иссушались муками голода, пока этот жестокий голод и недостаток всего необходимого не принудят их научиться повиновению нашим приказам».
Уже в Капуанские ассизы был включен приказ, запрещавший городу иметь самоуправление. Главу города назначает камерарий, суд передается в руки юстициариев и королевских судей и должен вестись по нормам государственного права. Мельфийские конституции 1231 года вновь предписывают, чтобы все должностные лица в городе назначались королем (или его представителями). «Если же в дальнейшем какая-либо <городская> община <сама> поставит таковых, она будет разрушена навеки и все жители этого города будут навсегда превращены в крепостных». Лишь Неаполь, Салерно и Мессина сохранили остатки былых вольностей.
Торговые льготы раздавались городам значительно более скупо, чем в предшествовавшую эпоху.
Выступления городов жестоко подавлялись. Наиболее крупным из них было вспыхнувшее в 1232 году восстание Мессины, Сиракуз и некоторых других сицилийских городов. Когда вставший во главе войска Фридрих вступил в Мессину, он повесил и сжег вождей восстания. Некоторые сицилийские города (Ченторби и др.) подверглись полному разрушению. После взятия восставшего в 1240 году Беневенто его стены и башни были срыты. Когда жители небольшого города Читта-Сан-Анджело проявили, по выражению Фридриха, «злокозненность», король приказал стереть город с лица земли, часть жителейказнить, а остальных выселить (1239). «Мы желаем, чтобы это поселение навеки опустело», — писал Фридрих юстициарию.
Фискальную политику Фридрих II всецело подчинял главной цели — борьбе за империю, требовавшей огромных средств. Немалых денег стоило и содержание огромного аппарата управления, двора, строительство крепостей в королевстве.
Перенятую у норманнов разветвленную систему налогов и пошлин он дополнил новыми поборами, позаимствовав их большей частью у арабов. Он ввел прямой налог — коллекту, взимавшийся с 1235 года, за некоторыми исключениями, ежегодно; ее платили и феодалы, и церковь, и города. Коллекта ложилась тяжким бременем на жителей королевства, которым Фридрих рассылал письма с изъявлением своей горячей любви, неизменно заканчивая их требованием, чтобы они «радостно поспешили внести деньги». Одновременно Фридрих приказывал, чтобы сборщики коллекты конфисковывали у недоимщиков имущество и посылали их на галеры. На население возложили нелегкую обязанность строить укрепления.
Государство извлекало большую прибыль из торговли зерном — главным предметом вывоза. Пошлины на ряд товаров значительно повысились. Налоговый гнет подрывал экономику Сицилийского королевства. Развитие ремесла не поощрялось; ремесленные изделия, в которых нуждались государство, армия, двор, ввозились в основном из других стран.
После умиротворения Германии, покорения южной Италии и возобновления союзных отношений с папой главными противниками Фридриха стали ломбардцы. Последние годы царствования Фридриха II ознаменовали начало упадка Южной Италии.
Многие города и вельможи изменяли ему. В сентябре 1247 года в Германии был избран королем Вильгельм, граф Голландский. Фридрих стал подозрительным и начал прислушиваться к клеветникам. В мае 1249 года в сражении у реки Фоссальты был разбит и взят в плен сын Фридриха Энцио. В сентябре сторонники Папы взяли Модену. В декабре 1250 года во время подготовки похода в Ломбардию Фридрих вдруг почувствовал упадок сил. 13 декабря он умер на руках своего побочного сына Манфреда.
