Чтобы проверить слухи и составить подлинное представление о возможном своем противнике, глава Хорезмского государства хорезмшах Мухаммед отправил в Монголию одно за другим два посольства. Через некоторое время Чингисхан направил ответное посольство, во главе которого был поставлен хорезмский купец Махмуд Ялавач, находившийся на службе у Чингисхана. Посольство Чингисхана застало хорезмшаха в Бухаре, где и было им принято.
В 1218 году Чингисхан направил в столицу Хорезмского государства Ургенч новый посольский караван с дипломатическими и торговыми целями. Однако в дальнейшем отношения между Чингисханом и хорезмшахом обострились и вылились в вооруженную борьбу.
В 1218 году монгольские войска заняли Восточный Туркестан и Семиречье. Техническое оснащение войска Чингисхана для своего времени было довольно совершенным. Наряду с конницей и пехотой в монгольском войске имелось много осадных стенобитных и камнеметных машин. У Чингисхана были также метательные снаряды, бросавшие глиняные сосуды с горючей жидкостью, в состав которой входила нефть.
Вместе с тем Чингисхан проводил в Средней Азии испытанную им в войне с Китаем политику истребления мирного населения городов и селений в ответ на малейшую попытку дать отпор и обращал в рабство ремесленников.
Зимой 1219/1220 года Чингисхан во главе основных сил двинулся в глубь Мавераннахра к Бухаре. Захватив Бухару, Чингисхан отдал этот богатый и культурный город на разграбление своим воинам.
Все персидские хроники пишут, что разграбление Бухары было чудовищным святотатством, в котором проявилось ужасающее презрение монголов к побежденным, их религии и культуре. Они рассказывают, что монгольские всадники оскверняли святые места, выбрасывали в нечистоты священные книги корана, и что хан ворвался в главную мечеть, приняв ее за дворец шаха. Перед повергнутыми в ужас верующими он верхом на коне бросил своим офицерам, что пора кормить лошадей. Сотни горожан предпочли покончить с собой, чем терпеть издевательства захватчиков. Мужчины убивали своих жен, чтобы над ними не глумился враг. Кади Садр-ад-дин, имам Рох-ад-дин и другие высокопоставленные лица Бухары покончили с собой.
Джувейни обессмертил эту резню, заставив Чингисхана произнести следующие слова: «Я скажу вам, что я — бич Аллаха, и если бы вы не были великими грешниками, Аллах не послал бы меня на ваши головы».
В марте 1220 года монгольскими войсками был занят древний и богатый город Средней Азии Самарканд. После завоевания монголами Самарканд обезлюдел так же сильно, как и Бухара.
Затем Чингисхан начал поход на столицу Хорезма Ургенч. Осада города началась в самом конце 1220 года или в начале 1221-го. Жители проявили подлинную любовь к родному городу, упорно и героически, обороняя его от захватчиков. Только потеряв много тысяч своих воинов, после четырех-пяти-месячной осады войска Чингисхана смогли овладеть столицей Хорезмского государства. Разъяренные победители перебили огромное число горожан, а ремесленников отослали на работы в тыл монгольского войска.
Последним из крупных городов Средней Азии, чье население оказало героическое сопротивление монгольским войскам, был Мерв. Он был взят в 1221 году. В течение четырех суток жители должны были оставить свой город. Монголы выбрали среди них 400 ремесленников и некоторое количество детей, чтобы сделать из них рабов. Остальные были казнены: для этого их распределили по всем воинским частям: каждый воин, принимавший участие в осаде, должен был зарубить мечом от 300 до 400 человек! В окрестностях города десятки тысяч крестьян спрятались в глубине пещер, пытаясь спастись от гигантской бойни, устроенной монголами. Ибн-аль-Асир говорит о 700 000 убитых, в то время как Джувейни, превосходя его в этом страшном подсчете, сообщает, что некий Из-ад-Дин Нассаба «в сопровождении нескольких других провел тринадцать дней и тринадцать ночей, считая людей, убитых в городе. Учитывая только тех, чьи тела были в самом деле найдены, и не считая тех, кто был убит в гротах и пещерах, в деревнях и в пустынных местах, насчитали более 1,3 миллиона убитых».
Еще недавно цветущая, культурная страна теперь обезлюдела. Большинство городов лежало в развалинах. Весть о нашествии Чингисхана на Среднюю Азию широко распространилась по всему Ближнему Востоку.
В 1221 году монголы (татары в русских летописях) вторглись в Азербайджан, а затем и в земли Грузии. Захватив город Шемаху, монголы проникли через горы на Северный Кавказ и оттуда дошли до Крыма, где захватили Судак.
В 1223 году на берегу реки Калки монголы разбили войско, русских князей. Причина поражения русского войска заключалась в том, что русские князья в самый опасный момент не смогли отрешиться от внутренней разобщенности. Монголы, однако, не задержались в южнорусских степях, а двинулись в сторону Средней Волги, к устью Камы, в направлении к булгарскому княжеству. Дальнейшее продвижение не принесло им успеха. Булгары устроили засаду, нанесли монгольским войскам чувствительное поражение и прекратили их дальнейшее наступление.
Осенью 1225 года Чингисхан вернулся на родину и последние полтора года жизни провел в походе против государства тангутов. Тангуты потерпели поражение.
Тангутские города были ограблены и сожжены. Храмы, дворцы и библиотеки были обращены в развалины.
Чингисхану было 64 года, когда он в 1219 году выступил в поход на Запад.
Прошагав к своей славе по горам трупов в Монголии, тангутском государстве, Северном Китае, он не мог не думать о жизни и смерти. Он видел, как легко обрывается человеческая жизнь, и хотел найти способ продлить собственную, а то и познать тайну бессмертия. Еще в Северном Китае он слышал, что этой тайной, возможно, владеют даосы. Даосы проповедовали культ бессмертия различными способами с использованием магии, алхимии и в какой-то мере средств китайской медицины. Большой славой при Чингисхане пользовался даосский монах Чан Чунь (Цю Чуцзи). Чингисхан слышал о Чан Чуне и, находясь в западном походе, с берегов Иртыша вызвал его к себе, чтобы воспользоваться секретами даосов и узнать тайну бессмертия Чан Чунь согласился прибыть в ставку Чингисхана, с одной стороны, безусловно, подчиняясь силе, с другой — возможно, надеясь повлиять на грозного хана и уменьшить кровопролитие.
16 мая 1222 года Чан Чунь прибыл к Чингисхану, преодолев громадный путь через Северный Китай, Монголию, Восточный Туркестан и Семиречье к берегам Аму-Дарьи. После обычного обмена приветствиями Чан Чуню было позволено сесть, ему подали еду, и Чингис задал ему тот вопрос, на который страстно желал получить ответ: «Святой муж! Ты пришел издалека, какое у тебя есть лекарство для вечной жизни, чтобы снабдить меня им?»
Монах ответил: «Есть средства хранить свою жизнь, но нет лекарства бессмертия».
Ответ его был правдив и прост. Он не требовал особых истолкований, и Чингисхан понял, что и ему, грозному владыке Востока и Запада, уготована «всеобщая участь».
В самый разгар тангутского похода, в 1227 году, Чингисхан умер Он был похоронен в обстановке строгой тайны своими наследниками. Великий хан умер вблизи Желтой реки (Хуанхэ) на территории нынешнего Китая. Его войска убивали любое живое существо, которое было свидетелем траурной процессии. Марко Поло в описании своего путешествия подробно рассказал, как более 20 000 человек были убиты только за то, что оказались очевидцами такой похоронной кавалькады хана Менгу, другого чингизида. Все животные и рабы, которые могли понадобиться хану в загробной жизни, были похоронены вместе с ним. Как утверждает местная легенда, в могилах было также зарыто огромное количество золота и серебра.
Еще при жизни Чингисхана огромные земли, входившие в Монгольскую империю, были поделены между четырьмя его сыновьями. Преемником Великого хана стал его третий сын Угэдэй. На курултае царевичей и кочевой знати он был избран ханом. После избрания устроили торжественный пир в честь нового хана. Тогда же «духу» Чингисхана принесли в жертву 40 красивых девушек из семей монгольской знати.