К осени 1959 года давление оппозиционных юнионистских сил на правительство резко возросло, что заставило его несколько ослабить преследования баасистов. Дело Саддама было возвращено из трибунала в военный суд. После почти 6-месячного пребывания в тюрьме суд оправдал его, сняв все обвинения.

После выхода из тюрьмы Саддам уехал в родную деревню аль-Авджа, но там не задержался. Его вызвали в Багдад, где Баас готовила покушение на Абдель Керима Касема, и Саддам был отобран руководством партии в состав специальной группы, которая должна была осуществить этот замысел.

6 октября 1959 года Саддам и четверо его товарищей совершили покушение на Касема. Но премьер отделался легким ранением. Во время отступления Саддам был ранен в левую ногу пулей, выпущенной полицейским-регулировщиком, оказавшимся проворнее охранников, но ему удалось скрыться.

Дядя и братья Саддама с помощью местной организации ПАСВ переправляют его в главный цент баасизма — Дамаск. Пробыв в Сирии около четырех месяцев и установив связи со многими деятелями партии Баас, 21 февраля 1960 года Саддам самолетом отправился в столицу Египта, Каир. Начался новый период в его жизни.

Проучившись год в известной средней школе Каср ан-Нил и получив аттестат зрелости, Саддам поступил на юридический факультет Каирского университета, где учился в течение двух лет. Одним из немногих развлечений, которому молодой Саддам уделял достаточно большое количество времени, была игра в шахматы, где он достиг довольно высокого мастерства.

В Каире Саддам из борца-террориста вырос в заметного партийного функционера, став членом руководящего комитета ПАСВ в Египте, превратившегося в крупнейший после Сирии и Ирака центр баасизма.

8 февраля 1963 года ПАСВ во главе созданного ею «Социалистического блока» (в который, наряду с ней, вошли несколько иракских юнионистских организаций) захватила власть в Багдаде. На следующий же день Касем был расстрелян. Баасисты, продержавшиеся у власти девять месяцев, превзошли своей жестокостью и беспощадностью коммунистов, безжалостно сводя счеты с последними и их сторонниками. Десятки тысяч человек из всех слоев общества оказались в концентрационных лагерях.

В первые же дни после переворота Саддам вернулся в Багдад. Здесь он был назначен на почетный и достаточно высокий пост члена Центрального крестьянского бюро, но до верхнего слоя партии, ее правящей элиты, было еще очень далеко.

Саддам тщательно изучает опыт коммунистического движения, уделяя особое внимание вопросам организационной структуры партии, вникает в сталинские методы установления контроля над партийным и государственным аппаратом.

Феномен Хусейна возник не в силу его влияния на офицерский корпус, а благодаря контролю над аппаратом партии. Его сила заключалась в организаторском таланте, позволившем создавать строгую партийную структуру, подбирать и расставлять исполнительных, дельных и преданных людей, плести хитроумные интриги против опасных соперников и устранять их, умело использовать племенные, клановые, региональные и семейные связи и противоречия. При этом он не был разборчив в средствах, ставя превыше всего дело партии и идеи баасизма.

В качестве активного члена партии С. Хусейн принимал участие во всех баасистских собраниях, что дало ему возможность стать заметной фигурой на региональном съезде, где он был избран делегатом на национальный форум.

VI общеарабский съезд ПАСВ имел определяющее значение в политической карьере Хусейна. Его деятельность на партийном форуме не могла остаться незамеченной, и, более того, она произвела сильное впечатление на Мишеля Афляка — основателя и генерального секретаря партии. Старейшина партии увидел в Саддаме именно те качества, которых ему самому не хватало для роли идеального лидера Исповедуя те же принципы и правила, что и Афляк, Хусейн, прежде всего, был человеком действия.

Через несколько недель после общеарабского съезда ПАСВ сбылось предсказание Саддама, высказанное им на этом форуме: в ноябре произошел очередной военный переворот, возглавляемый генералом Арефом.

После свержения баасистов, перешедших на нелегальное положение, продолжилась острая борьба между различными фракциями и группами ПАСВ. В это время Саддам приступает к созданию фактически новой партии. В сложных условиях подполья баасисты под руководством С. Хусейна сумели, в определенной мере, консолидировать свои силы и совершили две попытки захвата власти в Багдаде, правда неудачные. С. Хусейн был арестован, закован в кандалы и заключен в одиночную камеру. Вместе с другими партийными функционерами в июле 1966 года он совершает побег.

Хусейн вновь с энергией и настойчивостью приступил к перестройке и восстановлению первичных организаций — халька (кружков) и фирка (групп), а на их основе — общей структуры партии. На ее чрезвычайном региональном съезде, проходившем в условиях исключительной секретности в сентябре 1966 года, секретарем партии стал аль-Бакр, а его заместителем — Хусейн. Он был ответствен за деятельность багдадской, а также женской и крестьянской организаций ПАСВ Но более существенным являлось то, что ему было поручено возглавить Специальный аппарат (аль-Джихаз аль-Хас) партии. Этой организации, известной первоначально лишь узкому кругу партийных функционеров под кодовым наименованием «Джихаз ханин», предстояло сыграть исключительную роль в жизни не только Саддама и партии, но и всей страны. «Ханин» была детищем Саддама, его изобретением, к созданию которого он приступил еще в 1964 году, вскоре после того, как стал членом регионального руководства партии. Это был тайный аппарат, состоявший из наиболее преданных кадров и занимавшийся вопросами разведки и контрразведки. В известном смысле, саддамовский Специальный аппарат стал своеобразным прообразом, ядром будущего баасистского режима в Ираке, постепенно расширяя свою структуру и устанавливая контроль над всеми сферами общественной жизни.

17 июля 1968 года ПАСВ при поддержке офицеров-небаасистов совершила успешный переворот, устранив Арефа. А 30 июля баасисты отстранили своих союзников-насеристов в результате второго, уже «домашнего», тщательно подготовленного переворота. Верховная власть в стране перешла к Совету Революционного командования (СРК) во главе с аль-Бакром, генеральным секретарем ПАСВ, который также занял посты президента страны и верховного главнокомандующего. С. Хусейн как помощник генеральногосекретаря партии стал заместителем председателя СРК, твечающим за внутреннюю безопасность.

Хусейну удалось осуществить далеко идущий план; расколоть ряды Иранской Коммунистичекой партии (ИКП) и Демократической партии Курдистана (ДПК), столкнуть их друг с другом и нанести сокрушительный удар по этим двум основным политическим оппонентам ПАСВ.

Система чистки среди должностных лиц высшего ранга, старой гвардии ПАСВ и высокопоставленных политических и военных деятелей стала обычной практикой второго баасистского режима. Постоянно расширяя и совершенствуя «Джихаз Ханин», Саддам использовал его для того, чтобы не только устранить и уничтожить любую группу или индивидуума, которые угрожали господству ПАСВ извне, но и ликвидировать многочисленные фракции и группы внутри самой партии, железной рукой сплачивая ее на основе единомыслия. На ответственные должности в партии, армии и госаппарате назначались лица, связанные с Хусейном родственными либо неформальными узами по принципу личной преданности.

Баасисты с самого начала фактически проводили курс на переход к однопартийной системе, опирающейся на армию и расширявшуюся систему госбезопасности. Политика монополизации власти партии усиливалась по мере постепенного вытеснения из высшего руководства партии «военных» функционеров (сторонников аль-Бакра) «гражданскими» (клевретами С. Хусейна) Реальная власть все более ощутимо переходила от аль-Бакра к С. Хусейну, который был на 25 лет моложе генерала. К 1977 году партийные организации провинций (лив), секретные службы, командование армии и министры уже отчитывались непосредственно перед Саддамом.