Кроме военного дела и судостроения большое развитие получила еще одна игра — «сумасброднейший, всешутейший и всепьянейший собор». В октябре 1691 года Петр сочинил для него устав. Во главе его 1 января 1692 года поставил своего бывшего учителя Никиту Зотова с титулом «святейший кир Ианикита, архиепископ Пресбурхский и всея Яузы и всего Кукуя патриарх» и «князь-папа». (Пресбургом называлась крепость на Яузе, которую штурмовало потешное войско, Кукуй — ручей, протекавший по Немецкой слободе, которая по нему тоже называлась «Кукуй»).

Конклав «собора» состоял из 12 кардиналов. Сам Петр исполнял обязанности протодиакона. Каждый член собора имел кличку. У Петра она была — Пахом Пихай. Первой заповедью членов «собора» было ежедневное пьянство. При приеме нового члена вместо «веруешь ли?» спрашивали: «пьешь ли?». Некоторые обряды были верхом неприличия. «Собор» действовал от случая к случаю и непременно по праздникам, устраивая «Бахусовы пиры» и «побоища с Ивашкой Хмельницким».

В 1689 году Петру исполнилось 17 лет, и теперь он мог претендовать на реальную власть. Сторонники Софьи пытались заручиться поддержкой стрельцов, чтобы не допустить перехода власти к Петру, а может быть, и убить его. В ночь с 7 на 8 августа 1689 года, получив внезапно известие о сборе стрельцов в Кремле, Петр скрылся в Троице-Сергиевом монастыре. На его сторону перешли солдатский и несколько стрелецких полков. Софью не поддержал никто, и она была заточена в Новодевичий монастырь.

Мать женила Петра на Евдокии Лопухиной, девушке из захудалого дворянского рода.

Отношения у них сразу не сложились. Даже после рождения в 1690 году сына Алексея Петр все свободное время проводил в Немецкой слободе у своей любовницы Анны Монс (по некоторым данным, она была любовницей Лефорта, уступившего ее своему юному другу, друзья Петра и в дальнейшем делились с ним своими подругами). Любовь Петра к Анне Монс, начавшаяся около 1692 года, продолжалась до начала 1703 года, когда, разбирая бумаги утонувшего под Шлиссельбургом саксонского посланника Кенигсека, Петр узнал об их связи, после чего немедленно порвал с Анной.

В 1694 году после смерти царицы Натальи Петр взял власть в свои руки. Его соправитель царь Иван участия в государственных делах не принимал, к тому же через два года он умер.

Первый военный поход Петра в качестве государя оказался неудачным. В 1695 году русская армия двинулась к Азову, где находились турки. Казалось, этот поход для Петра был продолжением потешных боев, поэтому не приходится удивляться, что он закончился провалом. Взять крепость ему не удалось.

Петр сделал выводы из поражения. В первую очередь, он принялся создавать флот.

На верфи в Воронеже было заложено несколько кораблей, причем царь лично принимал участие в их постройке. К весне 1696 года была готова целая эскадра: 2 больших корабля, 23 галеры и 4 брандера. С их помощью русские захватили Азов. Так было положено начало славной 300-летней истории Российского флота.

Во время Азовских походов Петр как государственный деятель проявил себя хорошим организатором; он не падал духом при неудаче, не терял самообладания. Именно Азовские походы Петр считал началом своей военной службы.

Теперь можно было строить базу для флота на берегу Азовского моря (Таганрог) и снаряжать посольство в Западную Европу 20 октября 1696 года Боярская дума утвердила решения царя: разместить гарнизон в Азове, послать 20 000 человек для строительства Таганрога и «морским судам быть!». 4 ноября дума приняла еще одно решение Петра, владельцы 100 и более дворов крепостных крестьян объединяются в «кумпанства», и каждое из них (по 10 000 дворов светских владельцев и по 8 000 дворов церковных землевладельцев) дает деньги на постройку одного корабля. Посадские люди (то есть купцы и ремесленники в городах) все вместе оплачивают постройку 14 кораблей. Всего таким способом предстояло за два года построить 52 военных корабля. 22 ноября Петр приказал послать за границу для обучения морской службе и кораблевождению молодых людей из боярских и дворянских родов.

Через несколько дней из Москвы в Западную Европу отправилось Великое посольство. Его возглавляли Ф. Лефорт, Ф. Головин и П. Возницын. В свите примерно из 250 человек находился царь, путешествующий инкогнито под именем Петра Михайлова.

Вместе с ним ехали 35 молодых волонтеров. Официальной целью Великого посольства было укрепление союза против Турции и Крыма. Но скрыть присутствие царя за границей, конечно, не удалось — слишком заметной он был фигурой.

В Бранденбурге Петр учился артиллерийскому делу, он получил аттестат «огнестрельного мастера». В Амстердаме более четырех месяцев царь проработал на верфях, после чего отбыл в Англию, где задержался еще на три месяца. Месяцы пребывания в Европе Петр провел с максимальной пользой: он интересовался музеями и анатомическими театрами, обсерваториями и монетными дворами, фортификацией и литейным делом, общался с государственными мужами, учеными, дипломатами, простыми моряками и корабелами.

Попутно Петр нанял на русскую службу более 900 специалистов: от вице-адмирала до корабельного повара. Однако восстание стрельцов вынудило его вернуться в Россию. Хотя большую часть армии составляли полки «иноземного строя», стрельцы по-прежнему представляли грозную силу. После взятия Азова Петр не распустил стрелецкие полки, а направил их на западную границу. Стрелецкий полковник Циклер вместе с окольничим Соковниным и стольником Федором Пушкиным попытались взбунтовать стрельцов против царя.

Для подавления мятежа на западные границы из-под Азова были направлены четыре московских стрелецких полка. Ходоки из стрельцов предварительно побывали в столице, чем воспользовались сторонники Софьи, призвавшие стрельцов идти к Москве. Мятежники двинулись на столицу, но на реке Истре были разбиты силами Шеина и Гордона.

Вернувшись в Россию, Петр провел тщательное расследование заговора, в результате выявилась связь стрельцов с Софьей. Петр присутствовал при невероятно жестоких пытках стрельцов и лично допрашивал их, а когда основной розыск закончился, сам наравне с палачами рубил головы приговоренным и заставил это делать своих ближайших соратников. Всего было казнено свыше тысячи стрельцов; некоторых повесили на стенах Новодевичьего монастыря перед окнами Софьи, постриженной в монахини. Полки московских стрельцов были расформированы, стрельцы с семьями разосланы по разным городам, где их приписали к посадам в качестве ремесленников и торговцев (но в гарнизонах других городов стрельцы существовали до 1713 года, когда были включены в солдатские полки).

Петру еще не раз приходилось иметь дело с народными волнениями. В 1705 году было жестоко подавлено восстание в Астрахани, а в 1707–1708 годах — восстание К. И Булавина.

Сразу после возвращения из-за границы Петр приступил к реформам, начав с преобразований в быту указами о бритье бород и ношении платья европейского образца (крестьяне и посадские люди, пожелавшие сохранить бороды, должны были платить специальный налог). Летосчисление велось теперь не от сотворения мира, а от Рождества Христова; новый год праздновался не в сентябре, а 1 января.

Посадские люди вышли из ведения грабивших их воевод: в городах учреждались органы посадского самоуправления — земские избы, подчиненные московской Ратуше, им был передан сбор налогов.

Одновременно Петр заканчивал начатые за границей переговоры о союзе против Швеции. В 1697 году после смерти польского короля Яна Собеского Россия и Австрия добились избрания на польский престол саксонского курфюрста Августа II. В 1699 году, в ожидании скорой смерти испанского короля и войны между Австрией и Францией (сыновья австрийского императора и французского короля были племянниками испанского короля и оба претендовали на его престол), Австрия, Польша и Венеция, союзники России против Турции, заключили с последней мир. Петр оказался перед выбором: либо продолжать войну с Турцией самостоятельно, либо найти союзников и начать войну со Швецией за выход к Балтийскому морю.